normr

DOI:10.18129 / B9.bioc.normr

ChIP-seq数据的归一化和差分调用

Bioconductor版本:Release (3.6)

ChIP-seq和类似数据的稳健规范化和差异调用程序。读取计数被联合建模为具有用户指定数量的组件的二项式混合模型。拟合的背景估计说明了某些区域富集的影响，因此代表了适当的零假设。这种可靠的背景被用来识别显著富集或枯竭的区域。

作者:Johannes Helmuth [aut, cre]， Ho-Ryun Chung [aut]

维护者:Johannes Helmuth < Helmuth at molgen.mpg.de>

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文档

超文本标记语言	R脚本	normR包介绍
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细节

biocViews	对齐，贝叶斯，ChIPSeq，分类，DataImport，DifferentialPeakCalling，FunctionalGenomics，遗传学，MultipleComparison，归一化，PeakDetection，预处理，RIPSeq，软件
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(1.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.3.0)
进口	方法，统计，utils, grDevices，并行，GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges，Rcpp(> = 0.11),qvalue(> = 2.2),bamsignals(> = 1.4),rtracklayer(> = 1.32)
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，testthat(> = 1.0),knitr，rmarkdown
SystemRequirements	c++ 11
增强了	BiocParallel
URL	https://github.com/your-highness/normR
BugReports	https://github.com/your-highness/normR/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	normr_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	normr_1.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	normr_1.4.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/normr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/normr/
软件包下载报告	下载数据