paxtoolsr

DOI:10.18129 / B9.bioc.paxtoolsr

PaxtoolsR:通过BioPAX和Pathway Commons从多个数据库访问路径

Bioconductor版本:Release (3.6)

该软件包提供了一组R函数，用于使用Paxtools和查询Pathway Commons (PC)分子相互作用数据库与BioPAX OWL文件进行交互，该数据库由Memorial Sloan-Kettering Cancer Center (MSKCC)的计算生物学中心托管。Pathway Commons数据库包括:BIND、BioGRID、CORUM、CTD、DIP、DrugBank、HPRD、HumanCyc、pristine、KEGG、MirTarBase、Panther、PhosphoSitePlus、Reactome、RECON、TRANSFAC。

作者:奥古斯丁·卢纳

维护者:Augustin Luna

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("paxtoolsr")

文档

超文本标记语言	R脚本	使用PaxtoolsR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，KEGG，网络，NetworkEnrichment，通路，Reactome，软件，SystemsBiology
版本	1.12.0
在Bioconductor中	BioC 3.0 (R-3.1)(3.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (>= 3.2)，rJava(> = 0.9 8),XML
进口	httr，igraph，plyr，rjson，R.utils，data.table，jsonlite
链接
建议	testthat，knitr，BiocStyle，rmarkdown，RColorBrewer，biomaRt，雌激素，affy，hgu95av2，hgu95av2cdf，limma，foreach，doSNOW平行,org.Hs.eg.db
SystemRequirements	Java (>= 1.6)
增强了
URL	https://github.com/BioPAX/paxtoolsr
这取决于我
进口我
建议我	RCy3
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	paxtoolsr_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	paxtoolsr_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	paxtoolsr_1.12.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/paxtoolsr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/paxtoolsr/
软件包下载报告	下载数据