phyloseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.phyloseq

处理和分析高通量微生物组普查数据

Bioconductor版本:Release (3.6)

Phyloseq提供了一组类和工具，以促进微生物组普查数据的导入、存储、分析和图形化显示。

作者:Paul J. McMurdie ， Susan Holmes < Susan at stat.standford.edu >，由Gregory Jordan和Scott Chamberlain贡献

维护者:Paul J. McMurdie

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("phyloseq")

文档

超文本标记语言	R脚本	分析装饰图案
超文本标记语言	R脚本	在结直肠癌数据中的phyloseq和DESeq2
超文本标记语言	R脚本	phyloseq基本装饰图案
超文本标记语言	R脚本	常见问题(FAQ)
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，聚类，GeneticVariability，宏基因组，微生物组，MultipleComparison，测序，软件
版本	1.22.3
Bioconductor自	BioC 2.10 (R-2.15)(6年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	ade4(> = 1.7.4),猿(> = 5.0),Biobase(> = 2.36.2),BiocGenerics(> = 0.22.0),biomformat(> = 1.0.0),Biostrings(> = 2.40.0),集群(> = 2.0.4),data.table(> = 1.10.4),foreach(> = 3),ggplot2(> =魅惑,igraph(>= 1.0.1)， methods (>= 3.3.0)，乘(> = 2.28.0),plyr(> = 1.8.3),reshape2(> = 1.4.1),尺度(> = 0.4.0),素食主义者(> = 2.4)
链接
建议	BiocStyle(> = 2.4),DESeq2(> = 1.16.1),genefilter(> = 1.58),knitr(> = 1.16),metagenomeSeq(> = 1.14),rmarkdown(> = 1.6),testthat(> = 1.0.2中)
SystemRequirements
增强了	doParallel(> = 1.0.10)
URL	http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0061217
BugReports	https://github.com/joey711/phyloseq/issues
取决于我	微生物组，战
进口我	metavizr，PathoStat
建议我	curatedMetagenomicData，philr
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	phyloseq_1.22.3.tar.gz
Windows二进制	phyloseq_1.22.3.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	phyloseq_1.22.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phyloseq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/phyloseq/
包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档