qusage

DOI:10.18129 / B9.bioc.qusage

qusage:基因表达的定量集分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

该包是(Yaari G. et al, nucleacids Res, 2013)中描述的基因表达定量集分析(QuSAGE)方法的实现。这是一种新型的基因集富集型测试，旨在为基因表达研究提供更快、更准确、更容易理解的测试。qusage使用Wu等人提出的方差膨胀因子技术解释基因间相关性(Nucleic Acids Res, 2012)。此外，qusage不是简单地用一个数字(P值)评估与零假设的偏差，而是用一个完整的概率密度函数(PDF)量化基因集活性。从这个PDF中，可以很容易地提取P值和置信区间。保存PDF还允许事后分析(例如，成对比较基因集活性)，同时保持统计可追溯性。最后，虽然qusage与现有方法(例如LIMMA)的单个基因统计数据兼容，但实现了一种基于welch的方法，该方法被证明可以提高特异性。如有疑问，请联系Chris Bolen (cbolen1@gmail.com)或Steven Kleinstein (steven.kleinstein@yale.edu)

作者:Christopher Bolen和Gur Yaari，由Juilee Thakar, Hailong孟，Jacob Turner, Derek Blankenship和Steven Kleinstein贡献

维护者:Christopher Bolen

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“qusage”)

文档

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browseVignettes(“qusage”)

PDF	R脚本	运行qusage
PDF		参考手册

细节

biocViews	GeneSetEnrichment，微阵列，RNASeq，软件
版本	2.12.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(4.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 2.10)，limma(>= 3.14)，方法
进口	跑龙套,Biobase，nlme，lsmeans
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://clip.med.yale.edu/qusage
全靠我
进口我
建议我	SigCheck
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	qusage_2.12.0.tar.gz
Windows二进制	qusage_2.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	qusage_2.12.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qusage
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/qusage/
软件包下载报告	下载数据