qvalue

DOI:10.18129 / B9.bioc.qvalue

错误发现率控制的q值估计

Bioconductor版本:Release (3.6)

这个包从同时测试许多假设中得到一个p值列表，并估计它们的q值和局部FDR值。测试的q值度量当特定测试被称为显著性时产生的假阳性的比例(称为错误发现率)。局部FDR在给定检验的p值的前提下，度量零假设为真的后验概率。各种各样的图自动生成，允许人们做合理的意义切断。最近，一些数学结果显示了该软件估计的q值的保守精度。该软件可应用于基因组学、脑成像、天体物理学和数据挖掘等方面的问题。

作者:约翰·d·斯托里，由安德鲁·j·巴斯、艾伦·达布尼和大卫·罗宾逊贡献

维护者:John D. Storey ， Andrew J. Bass

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("qvalue")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“qvalue”)

PDF	R脚本	qvalue包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	MultipleComparisons，软件
版本	2.10.0
Bioconductor自	BioC 1.6 (R-2.1)或更早的版本(> 13年)
许可证	LGPL
取决于	R (> = 2.10)
进口	样条函数,ggplot2、网格reshape2
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL	http://github.com/jdstorey/qvalue
取决于我	anota，CancerMutationAnalysis，ChimpHumanBrainData，DEGseq，DrugVsDisease，metaseqR，prot2D，r3Cseq，SSPA，webbioc
进口我	Anaquin，anota，anota2seq，冠军，clusterProfiler，derfinder，剂量，边缘，erccdashboard，IHWpaper，methylKit，msmsTests，MWASTools，netresponse，normr，OPWeight，Rnits，风景，sRAP，subSeq，synapter，触发，webbioc
建议我	biobroom，LBE，maanova，PREDA，RNAinteractMAPK，RnBeads
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	qvalue_2.10.0.tar.gz
Windows二进制	qvalue_2.10.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	qvalue_2.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qvalue
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/qvalue/
包下载报告	下载数据