r3Cseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.r3Cseq

染色体构象捕获与下一代测序(3C-seq)分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

这个包是3C-seq分析的远程相互作用的数据分析的实现。

作者:Supat Thongjuea，英国牛津大学Weatherall分子医学研究所MRC分子血液学单元。在ndcls.ox.ac.uk thongjuea >

维护者:Supat Thongjuea < Supat。在ndcls.ox.ac.uk thongjuea >

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("r3Cseq")

文档

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browseVignettes(“r3Cseq”)

PDF	R脚本	r3Cseq
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	预处理，测序，软件
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (R-2.14)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	GenomicRanges，Rsamtools，rtracklayer，VGAM，qvalue
进口	方法,GenomeInfoDb，IRanges，Biostrings，data.table，sqldf，RColorBrewer
链接
建议	BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9.masked，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.masked，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18.masked，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked，BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn5.masked
SystemRequirements
增强了
URL	http://r3cseq.genereg.net
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	r3Cseq_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	r3Cseq_1.24.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	r3Cseq_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/r3Cseq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/r3Cseq/
包下载报告	下载数据