拉姆瓦斯

doi：10.18129/b9.bioc.ramwas

富含甲基团的快速甲基团协会研究管道富集平台

生物导体版本：版本（3.6）

Ramwas为全甲基团关联研究（MWAS）提供了完整的工具集。它是专门为基于富集的甲基化测定的数据而设计的，但也可以应用于其他数据。分析管道包括七个步骤：（1）扫描BAM文件的扫描对齐的读取，（2）计算质量控制度量，（3）创建甲基化评分（覆盖范围）矩阵，（4）用于捕获批处理效果和检测的主要成分分析在离群值中，（5）在校正顶级PC和已知协变量的同时，（6）重大发现的注释以及（7）使用弹性网的多标记分析（甲基化风险评分）的关联分析。此外，Ramwas还包括用于甲基化和基因型数据联合分析的工具。

作者：Andrey A Shabalin [AUT，CRE]，Shaunna L Clark [aut]，Mohammad W Hattab [aut]，Karolina a aberg [aut]，Edwin J C G van den Oord [aut]

维护者：Andrey a shabalin

安装

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文档

html	R脚本	1.概述
html	R脚本	2. CPG集
html	R脚本	3. BAM质量控制措施
html	R脚本	4.甲基化和基因型数据的联合分析
html	R脚本	5.分析来自其他来源的数据
html	R脚本	6. RAMWAS参数
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	批处理效应，，，，覆盖范围，，，，DNAMETHYLATY，，，，差甲基化，，，，正常化，，，，预处理，，，，委托人，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件，，，，可视化
版本	1.2.0
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（1年）
执照	LGPL-3
要看	r（> = 3.3.0），方法，Filematrix
进口	图形，统计，utils，消化，，，，Glmnet，，，，克恩斯门茶，grdevices，基因组签名，，，，rsamtools， 平行，Biomart，，，，生物弦，，，，生物基因
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，潘德，，，，生物使用，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37，，，，bsgenome.ecoli.ncbi.20080805
系统要求
增强
URL	//www.andersvercelli.com/packages/ramwas/
BugReports	https://github.com/andreyshabalin/ramwas/issues
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源包	ramwas_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	ramwas_1.2.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	ramwas_1.2.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ramwas
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/ramwas/
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