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DOI:10.18129 / B9.bioc.recoup

一个用于创建复杂基因组剖面图的R包

Bioconductor版本:Release (3.6)

recop计算并绘制从下一代测序技术派生的短序列读取生成的信号剖面。所提供的剖面图要么是汇总曲线剖面图，要么是热图剖面图。目前，recop支持从ChIP-Seq和RNA-Seq实验中获得的基因组轮廓图。该包使用ggplot2和ComplexHeatmap图形工具分别用于曲线和热图覆盖剖面。

作者:Panagiotis Moulos < Moulos at fleming.gr>

维护器:Panagiotis Moulos < Moulos at fleming.gr>

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite(" recop ")

文档

超文本标记语言	R脚本	介绍补偿包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，报道，GeneExpression，预处理，质量控制，RNASeq，测序，软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(两年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	GenomicRanges，GenomicAlignments，ggplot2，ComplexHeatmap
进口	BiocGenerics，biomaRt，circlize，图形，grDevices，方法，rtracklayer，plyr统计,跑龙套
链接
建议	网格,GenomeInfoDb，Rsamtools，BiocStyle，knitr，rmarkdown，动物园，RUnit，BiocInstaller，BSgenome，RSQLite，RMySQL
SystemRequirements
增强了	平行
URL	https://github.com/pmoulos/recoup
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	recoup_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	recoup_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	recoup_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recoup
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/recoup/
包下载报告	下载数据