regionReport

DOI:10.18129 / B9.bioc.regionReport

生成一组基因组区域或DESeq2/edgeR结果的HTML或PDF报告

Bioconductor版本:Release (3.6)

生成HTML或PDF报告，以探索一组区域，如由derfinder执行的碱基对分辨率RNA-seq数据的注释不确定表达分析的结果。您还可以为DESeq2或edgeR结果创建报告。

作者:莱昂纳多·科拉多-托雷斯[aut, cre]，安德鲁·e·贾菲[aut]，杰弗里·t·莱克[aut, ths]

维护者:Leonardo Collado-Torres

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("regionReport")

文档

超文本标记语言	R脚本	基因组基本区域探索
超文本标记语言	R脚本	使用bumphunter结果的示例报告
超文本标记语言	R脚本	介绍regionReport
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，DifferentialPeakCalling，RNASeq，ReportWriting，测序，软件，转录，可视化
版本	1.12.2
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.2)
进口	BiocStyle(> = 2.5.19),derfinder(> = 1.1.0版),反编排，DESeq2，GenomeInfoDb，GenomicRanges，knitcitations(> = 1.0.1),knitr(> = 1.6),knitrBootstrap(> = 0.9.0)、方法RefManageR，rmarkdown(> = 0.9.5),S4Vectors，SummarizedExperiment
链接
建议	biovizBase，bumphunter(> = 1.7.6),derfinderPlot(> = 1.3.2),devtools(> = 1.6),DT，DESeq，刨边机，ggbio(> = 1.13.13),ggplot2、网格gridExtra，IRanges，mgcv，pasilla，pheatmap，RColorBrewer，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，晶须
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/leekgroup/regionReport
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/regionReport/
取决于我
进口我
建议我	重新计票
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	regionReport_1.12.2.tar.gz
Windows二进制	regionReport_1.12.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	regionReport_1.12.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regionReport
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/regionReport/
包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档