rtracklayer

doi：10.18129/b9.bioc.rtracklayer

R接口到基因组注释文件和UCSC基因组浏览器

生物导体版本：版本（3.6）

可扩展与多个基因组浏览器（目前内置UCSC）交互的框架，并以各种格式（目前GFF，BED，BEDGRAPH，BEDGRAPH，BED15，WIG，WIG，BIGWIG和2位内置）操纵注释轨道。用户可以向/从受支持的浏览器导出/导入跟踪，以及查询并修改浏览器状态，例如当前视口。

作者：迈克尔·劳伦斯，文斯·凯里，罗伯特·绅士

维护者：迈克尔·劳伦斯（Michael Lawrence）

安装

要安装此软件包，请启动R并输入：

##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”）bioclite（“ rtracklayer”）

文档

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browsevignettes（“ rtracklayer”）

PDF	R脚本	rtracklayer
PDF		参考手册
文本		消息
文本		安装
文本		执照

细节

生物浏览	注解，，，，DataImport，，，，软件，，，，可视化
版本	1.38.3
在生物导体中	Bioc 2.2（R-2.7）（10年）
执照	Artistic-2.0 +文件许可证
要看	R（> = 3.3），方法，基因组机（> = 1.21.20）
进口	XML（> = 1.98-0），生物基因（> = 0.13.8），S4VECTORS（> = 0.13.13），iranges（> = 2.11.12），xvector（> = 0.9.4），GenomeInfodB（> = 1.3.14），生物弦（> = 2.43.7），Zlibbioc，，，，rcurl（> = 1.4-2），rsamtools（> = 1.17.8），基因组签名（> = 1.5.4），工具
链接	S4VECTORS，，，，iranges，，，，xvector
建议	BSGENOME（> = 1.33.4），人类系统，，，，microRNA（> = 1.1.1），GeneFilter，，，，林玛，，，，org.hs.eg.db，，，，hgu133plus2.db，，，，GenomicFeatures，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，运行
系统要求
增强
URL
取决于我	BSGENOME，，，，芯片，，，，CoverageView，，，，腹带，，，，Eatonetalchipseq，，，，外表，，，，Genextender，，，，Genomicfiles，，，，grohmm，，，，吉他，，，，Helloranges，，，，IDEOVIZ，，，，甲基赛克，，，，R3CSEQ，，，，区域人，，，，Ripseeker，，，，拼接器
进口我	AnnotationHubdata，，，，Annotatr，，，，atacseqqc，，，，舞会礼服，，，，Biseq，，，，分支机构，，，，BSGENOME，，，，卡格，，，，卡斯珀，，，，cexor，，，，Chipenrich，，，，chipenrich.data，，，，Chipseeker，，，，ChromheatMap，，，，Chromswitch，，，，CNER，，，，彗星，，，，compgo，，，，共识，，，，contibait，，，，Conumee，，，，CustomProdb，，，，深布鲁尔，，，，德芬德，，，，diffloop，，，，dmchmm，，，，Ensembldb，，，，Erma，，，，esatac，，，，Fourcseq，，，，funcisnp，，，，funcisnp.data，，，，GenBankr，，，，基因贡献，，，，Genelendatabase，，，，基因组化，，，，GenomicFeatures，，，，基因组间，，，，Genotypeeval，，，，GGBIO，，，，ggtools，，，，GMAPR，，，，哥特，，，，GQTLBASE，，，，Greylistchip，，，，GVIZ，，，，Gwascat，，，，Hiannotator，，，，HITC，，，，htseqgenie，，，，同工型间分析仪，，，，核粒子，，，，Madseq，，，，Medips，，，，metagene，，，，甲基分析，，，，甲基库，，，，Motifbreakr，，，，主题，，，，NADFINDER，，，，NORMR，，，，PBase，，，，PGA，，，，probamr，，，，属属，，，，QSEA，，，，准，，，，RCAS，，，，叙事，，，，补偿，，，，区域人，，，，repitools，，，，肋骨蛋白，，，，rnaprobr，，，，怒吼，，，，seqplots，，，，sgseq，，，，soggi，，，，SVM2CRM，，，，TFBSTOOLS，，，，TrackViewer，，，，transcriptr，，，，tsrchitect，，，，变体，，，，变体工具，，，，Wavcluster，，，，WigglePlotr
建议我	高山，，，，AnnotationHub，，，，Biocfilecache，，，，Biovizbase，，，，Chippeakanno，，，，Cindex，，，，Compepitools，，，，crisprvariants，，，，DSQTL，，，，埃尔默，，，，epivizrdata，，，，fdb.fantom4.promoters.hg19，，，，基因组签名，，，，基因组机，，，，geuvadistranscriptexpr，，，，Goseq，，，，inpas，，，，InteractiveSplay，，，，metaseqr，，，，甲基菌，，，，Mirbaseconverter，，，，动机，，，，突变模式，，，，狭窄，，，，Onechannelgui，，，，有机体，，，，pasillatranscriptexpr，，，，图片，，，，ping，，，，PQSFINDER，，，，R453plus1toolbox，，，，林戈，，，，rmat，，，，rnbeads，，，，RSVSIM，，，，签名者，，，，相似，，，，三元，，，，TSSI，，，，TVTB
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	rtracklayer_1.38.3.tar.gz
Windows二进制	rtracklayer_1.38.3.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	rtracklayer_1.38.3.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rtracklayer
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/rtracklayer/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.6的旧源软件包	来源存档