嘘

DOI:10.18129 / B9.bioc.scater

用于R基因表达数据的单细胞分析工具包

Bioconductor版本:Release (3.6)

一组工具，用于对单细胞RNA-seq基因表达数据进行各种分析，重点是质量控制。

作者:Davis McCarthy [aut, cre]， Kieran Campbell [aut]， Aaron Lun [aut, ctb]， Quin Wills [aut]， Vladimir Kiselev [ctb]

维护者:Davis McCarthy < Davis at ebi.ac.uk>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“scater”)

文档

超文本标记语言	R脚本	对散射包的介绍
超文本标记语言	R脚本	散点数据可视化方法
超文本标记语言	R脚本	表达式量化和导入
超文本标记语言	R脚本	质量控制与散布
超文本标记语言	R脚本	从SCESet到singlecelexperiment的转换
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DataImport，DataRepresentation，DimensionReduction，GeneExpression，基础设施，归一化，预处理，质量控制，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组，可视化
版本	1.6.3
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(2年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.4)，Biobase，ggplot2，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment
进口	biomaRt，BiocGenerics，data.table，dplyr，刨边机，ggbeeswarm、网格limma，矩阵，matrixStats，方法，并行，plyr，reshape2，rhdf5，rjson，S4Vectors，闪亮的，shinydashboard统计数据,tximport跑龙套,冬青，Rcpp
链接	Rhdf5lib，Rcpp，beachmat
建议	BiocStyle，beachmat，cowplot，集群，命运，knitr，单片眼镜，mvoutlier，rmarkdown，Rtsne，testthat，magrittr
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/scater/
BugReports	https://support.bioconductor.org/
全靠我	飞溅
进口我	食物
建议我	单片眼镜，SC3，激流回旋
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	scater_1.6.3.tar.gz
Windows二进制	scater_1.6.3.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	scater_1.6.3.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scater
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scater/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档