SCDE

doi：10.18129/b9.bioc.scde

单细胞差异表达

生物导体版本：版本（3.6）

SCDE软件包实现了一组用于分析单细胞RNA-seq数据的统计方法。SCDE适合单细胞RNA-seq测量的单个误差模型。然后，这些模型可用于评估细胞组之间的差异表达以及其他类型的分析。SCDE软件包还包含宝塔框架，该框架应用途径和基因集过度分析分析以识别和表征基于转录特征的推定细胞亚群。以下出版物中详细介绍了差异表达分析的总体方法：“单细胞差异表达分析的贝叶斯方法”（Kharchenko PV，Silberstein L，Scadden DT，Scadden DT，自然方法，DOI：10.1038/NMETH.2967）。在以下预印中详细介绍了亚群鉴定和表征的总体方法：“通过途径和基因集过度分散分析来表征转录异质性”（Fan J，Salathia N，Liu R，Kaeser G，Kaeser G，Yung Y，Herman J，Herman J，Kaper f，Kaper f，Fan JB，Zhang K，Chun J和Kharchenko PV，自然方法，doi：10.1038/nmeth.3734）。

作者：Peter Kharchenko [AUT，CRE]，Jean Fan [AUT]

维护者：Jean Fan

安装

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文档

PDF		参考手册

细节

生物浏览	贝叶斯，，，，差异性，，，，rnaseq，，，，软件，，，，统计信息，，，，转录
版本	2.6.0
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（2年）
执照	GPL-2
要看	r（> = 3.0.0），flexmix
进口	RCPP（> = 0.10.4），rcpparmadillo（> = 0.5.400.2.0），MGCV，，，，车，，，，rjson，，，，大量的，，，，开罗，，，，rcolorbrewer，，，，EDGER，，，，Quantreg， 方法，nnet，，，，rmtstat，，，，极端，，，，pcamethods，，，，生物比较， 平行
链接	RCPP，，，，rcpparmadillo
建议	尼特，，，，CBA，，，，快速积分，，，，WGCNA，，，，go.db，，，，org.hs.eg.db，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	http://pklab.med.harvard.edu/scde
BugReports	https://github.com/hms-dbmi/scde/issues
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包装档案

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源包	scde_2.6.0.tar.gz
Windows二进制	scde_2.6.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	scde_2.6.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scde
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/scde/
软件包下载报告	下载统计