Bioconductor版本:Release (3.6)
scoreInvHap可以得到已知反演样本的反演状态。scoreInvHap使用SNP数据作为输入,需要以下关于反演的信息:不同单倍型的基因型频率、区域SNP与反演状态之间的R2以及参考中的杂合子基因型。该软件包包括两个著名的反演数据(8p23和17q21.31)和另外两个区域的数据。
作者:Carlos Ruiz [aut, cre], Juan R. Gonzalez [aut]
维护者:Carlos Ruiz < Carlos . Ruiz at isglobal.org>
引文(从R内,输入引用(“scoreInvHap”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“scoreInvHap”)
超文本标记语言 | R脚本 | 使用scoreInvHap调用单倍型反转 |
参考手册 | ||
文本 | 许可证 |
biocViews | 遗传学,GenomicVariation,单核苷酸多态性,软件 |
版本 | 1.0.0 |
许可证 | 文件许可 |
取决于 | R (>= 3.4.0) |
进口 | Biostrings、方法、snpStats,VariantAnnotation,GenomicRanges,BiocParallel、图形、SummarizedExperiment |
链接 | |
建议 | testthat,knitr,BiocStyle,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | scoreInvHap_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | scoreInvHap_1.0.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | scoreInvHap_1.0.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scoreInvHap |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/scoreInvHap/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
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