soGGi

DOI:10.18129 / B9.bioc.soGGi

将ChIP-seq, MNase-seq和motif的出现可视化为集合图

Bioconductor版本:Release (3.6)

soGGi包提供了一个工具集，用于从BAM和bigWig文件以及PWM、rlelist、GRanges和GAlignments Bioconductor对象中创建信号或motif出现的基因组间隔聚合/汇总图。soGGi允许在概要图对象上和之间进行规范化、转换和算术操作，以及通过GRanges对象和用户提供的元数据对图进行分组和分组。使用GGplot2库创建绘图，以允许对返回的绘图对象进行用户定义的操作。结合在一起，soGGi具有一套广泛的方法来可视化基因组数据的基因组间隔组，如基因、超增强子和转录因子结合事件。

作者:Gopuraja Dharmalingam, Tom Carroll

维护人员:Tom Carroll

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("soGGi")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“soGGi”)

PDF	R脚本	soggi
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，报道，测序，软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(3年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.2.0),BiocGenerics，SummarizedExperiment
进口	方法,reshape2，ggplot2，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，Biostrings，Rsamtools，GenomicAlignments，rtracklayer，preprocessCore，chipseq，BiocParallel
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	DChIPRep
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	soGGi_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	soGGi_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	soGGi_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/soGGi
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/soGGi/
包下载报告	下载数据