systemPipeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.systemPipeR

systemPipeR: NGS工作流和报表生成环境

Bioconductor版本:Release (3.6)

R包用于构建和运行自动化端到端分析工作流程，用于广泛的下一代序列(NGS)应用，如RNA-Seq, ChIP-Seq, VAR-Seq和核糖核酸- seq。重要的特性包括跨不同NGS应用程序的统一工作流接口、自动生成报告，以及支持在本地计算机或计算集群上运行R和命令行软件，例如NGS对齐器或峰值/变量调用器。一个一致实现的样本注释基础设施促进了复杂样本集和实验设计的有效处理。使用systemPipeR的说明在概述(HTML)中给出。下面链接的其余插图是常见NGS用例的工作流模板。

作者:托马斯·吉克

维护者:托马斯·吉克<托马斯。网址ucr。edu>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##如果https:// url不支持，尝试http:// ("//www.andersvercelli.com/biocLite.R")

文档

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browseVignettes(“systemPipeR”)

PDF	R脚本	ChIP-Seq工作流模板
PDF	R脚本	Ribo-Seq工作流模板
PDF	R脚本	RNA-Seq工作流程模板
PDF	R脚本	VAR-Seq工作流模板
超文本标记语言	R脚本	概述装饰图案
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，ChIPSeq，报道，DataImport，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，基础设施，MethylSeq，质量控制，RNASeq，RiboSeq，单核苷酸多态性，测序，软件
版本	1.12.0
在Bioconductor中	BioC 3.0 (R-3.1)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Rsamtools，Biostrings，ShortRead、方法
进口	BiocGenerics，GenomicRanges，GenomicFeatures，SummarizedExperiment，VariantAnnotation，rjson，ggplot2、网格limma，刨边机，DESeq2，GOstats，GO.db，注释，pheatmap，BatchJobs
链接
建议	猿，RUnit，BiocStyle，knitr，rmarkdown，biomaRt，BiocParallel
SystemRequirements	systemPipeR可用于运行外部命令行软件(例如short - read aligners)，但需要在系统上安装相应的工具。
增强了
URL	http://tgirke.github.io/systemPipeR
这取决于我
进口我	DiffBind
建议我	systemPipeRdata
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	systemPipeR_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	systemPipeR_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	systemPipeR_1.12.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/systemPipeR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/systemPipeR/
软件包下载报告	下载数据