tigre

DOI:10.18129 / B9.bioc.tigre

表达重建的高斯过程转录因子推断

Bioconductor版本:Release (3.6)

tigre包实现了我们的高斯过程微分方程模型方法，用于从单输入基序网络分析基因表达时间序列。该包可用于从已知靶基因的表达测量中推断未观察到的转录因子(TF)蛋白浓度，或用于对TF的候选靶点进行排序。

作者:Antti Honkela, Pei Gao, Jonatan Ropponen, Miika-Petteri Matikainen, Magnus Rattray, Neil D. Lawrence

维护者:Antti Honkela < Antti。在helsinki.fi honkela >

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("tigre")

文档

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browseVignettes(“tigre”)

PDF	R脚本	tigre快速指南
PDF	R脚本	tigre用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，GeneExpression，GeneRegulation，微阵列，NetworkInference，软件，TimeCourse，转录
版本	1.32.0
Bioconductor自	BioC 2.6 (R-2.11)(8年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (> = 2.11.0),BiocGenerics，Biobase
进口	方法,AnnotationDbi，gplots，图形，grDevices, stats, utils，注释，DBI，RSQLite
链接
建议	drosgenome1.db，彪马，光民，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ahonkela/tigre
BugReports	https://github.com/ahonkela/tigre/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	tigre_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	tigre_1.32.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	tigre_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tigre
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/tigre/
包下载报告	下载数据