variancePartition

DOI:10.18129 / B9.bioc.variancePartition

量化和解释多层次基因表达实验中的各种变异

Bioconductor版本:Release (3.6)

量化和解释基因表达实验中生物和技术变异的多种来源。使用线性混合模型量化可归因于个体、组织、时间点或技术变量的基因表达变化。

作者:Gabriel E. Hoffman

维护者:Gabriel E. Hoffman < Gabriel。霍夫曼在mssm。edu b>

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PDF	R脚本	1)使用variancePartition的教程
PDF	R脚本	2)额外的可视化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，RNASeq，回归，软件
版本	1.8.1
在Bioconductor中	BioC 3.2 (R-3.2)(2.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	ggplot2，foreach，Biobase、方法
进口	质量，pbkrtest(> = 0.4 4),迭代器样条函数,colorRamps，gplots，reshape2，lme4-10年(> = 1.1),doParallel，limma、grDevices、graphics、utils、stats
链接
建议	刨边机，dendextend，tximport，tximportData，舞会礼服，DESeq2，readr，knitr，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
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进口我
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包档案

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源包	variancePartition_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	variancePartition_1.8.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	variancePartition_1.8.1.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/variancePartition
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/variancePartition/
软件包下载报告	下载数据
bioc3.6的旧源包	源存档