zFPKM

DOI:10.18129 / B9.bioc.zFPKM

一套促进zFPKM转换的函数

Bioconductor版本:Release (3.6)

对RNA-seq FPKM数据进行zFPKM变换。该算法基于Hart et al.， 2013 (Pubmed ID 24215113)的出版物。参考文献推荐使用zFPKM > -3筛选表达基因。用编码开/闭染色体数据验证。适用于使用FPKM或TPM的基因水平数据。似乎不能很好地校准成绩单水平数据。

作者:Ron Ammar [aut, cre]， John Thompson [aut]

维护者:Ron Ammar < Ron。Ammar在bms.com>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("zFPKM")

文档

超文本标记语言	R脚本	zFPKM变换简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	FeatureExtraction，GeneExpression，RNASeq，软件
版本	1.0.0
许可证	GPL-3 |文件LICENSE
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	使彻底失败，dplyr，ggplot2，tidyr，SummarizedExperiment
链接
建议	knitr，limma，刨边机，GEOquery，stringr，printr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ronammar/zFPKM/
BugReports	https://github.com/ronammar/zFPKM/issues
这取决于我
进口我
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包档案

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源包	zFPKM_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	zFPKM_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	zFPKM_1.0.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/zFPKM
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/zFPKM/
软件包下载报告	下载数据