zinbwave

DOI:10.18129 / B9.bioc.zinbwave

RNA-Seq数据的零膨胀负二项式模型

Bioconductor版本:Release (3.6)

实现一个通用和灵活的零膨胀负二项式模型，可用于提供单细胞RNA-seq数据的低维表示。该模型考虑了零通货膨胀(退出)、过度分散和数据的计数性质。该模型还考虑了库大小的差异，以及批处理效果和/或其他协变量，从而避免了对数据进行预规范化的需要。

作者:Davide Risso [aut, cre, cph]， Svetlana Gribkova [aut]， Fanny Perraudeau [aut]， Jean-Philippe Vert [aut]

维护者:Davide Risso < Risso。大卫在gmail.com>

安装

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文档

超文本标记语言	R脚本	zinbwave装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DimensionReduction，GeneExpression，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组
版本	1.0.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.4)，方法;SummarizedExperiment，SingleCellExperiment
进口	连系动词，glmnet，BiocParallel，softImpute统计数据,genefilter，刨边机
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，matrixStats，magrittr，scRNAseq，ggplot2，biomaRt，BiocStyle，Rtsne
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/drisso/zinbwave/issues
这取决于我
进口我
建议我	飞溅
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包档案

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源包	zinbwave_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	zinbwave_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	zinbwave_1.0.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zinbwave
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/zinbwave/
软件包下载报告	下载数据