# #——风格,回声= FALSE,结果= '飞机 '--------------------------------- BiocStyle:减价 () ## ---- 回声= FALSE,结果= "隐藏 "------------------------------------------- # 确保任何错误导致小插图构建失败。library(knitr) opts_chunk$set(error=FALSE) ## ---- echo =FALSE --------------------------------------------------------- apiKey <- Sys.getenv("GOOGLE_API_KEY") if (nchar(apiKey) == 0){警告(粘贴("要构建此vignette，请设置环境变量"，"GOOGLE_API_KEY与公共API密钥从您的谷歌"，"开发者控制台之前加载GoogleGenomics包，"，“或运行GoogleGenomics::验证。”))knitr:: knit_exit () } ## ---- 消息= FALSE --------------------------------------------------------- 库(GoogleGenomics) #这个描述是身份验证包负载从GOOGLE_API_KEY env变量。#交互运行时，调用authenticate方法。# ?进行身份验证 ## -------------------------------------------------------------------------- 读< - getReads()长(读取 ) ## -------------------------------------------------------------------------- 类(读取)模式(读取 ) ## -------------------------------------------------------------------------- 名称(读[[1 ]]) ## -------------------------------------------------------------------------- 读[[1]]alignedSequence美元读[[1]]对齐位置referenceName美元美元读[[1]]对齐位置美元美元的地位 ## -------------------------------------------------------------------------- readsToGAlignments(读 ) ## -------------------------------------------------------------------------- # 改变“染色体”的价值观,“开始”或“结束”在这里如果你想阴谋#从不同的部分基因组比对。比对< - getReads (readGroupSetId =“CMvnhpKTFhD3he72j4KZuyc染色体=“chr13”,开始= 33628130 = 33628145,转换器= readsToGAlignments)比对# #——消息= FALSE --------------------------------------------------------- 图书馆(ggbio) # #——覆盖 -------------------------------------------------------------- alignmentPlot < - autoplot(校准、aes(颜色=链,填补=链)coveragePlot < - ggplot((校准,“农庄”))+ stat_coverage(颜色=“gray40”,填补=“天蓝色”)跟踪(alignmentPlot、coveragePlot xlab = "读取NA12893 rs9536314重叠 ") ## ---- 表意文字 -------------------------------------------------------------- ideogramPlot < - plotIdeogram(基因组=“hg19 subchr =“chr13”)ideogramPlot + xlim((农庄组织联盟。 ")) ## -------------------------------------------------------------------------- sessionInfo ()