### R代码从vignette源的pbcmc-vignette。Rnw“# # #编码:utf - 8 ################################################### ### 代码块1号:加速 ################################################### texec <矩阵(ncol = 2, nrow = 7, byrow = TRUE, c(7、3.35、6、3.07,5、2.97、4、2.79、3、2.71、2、1.89、1、1.00))colnames (texec) < - c(“核心”,“加速”)texec < -as.data.frame (texec)库(ggplot2) p < -ggplot (data = texec, aes (x =核心,y =加速))+ geom_point(大小= 2)+ geom_abline(斜率= 1,拦截= 0)+ # geom_smooth (se = FALSE) + geom_line(颜色=“蓝色”,线型=“冲”)+ ylab(“加速”)+ xlab(“核心”)+ theme_bw p () ################################################### ### 代码块2号:一般选择R ################################################### 选项(提示= " R > ",继续= " + ",宽度= 70,useFancyQuotes = FALSE,数字= 4)suppressMessages pbcmc(图书馆” ")) ################################################### ### 代码块3号:加载数据集 ################################################### 库(pbcmc)库(BiocParallel) < -loadBCDataset对象(类= PAM50库名=“nki verbose = TRUE)对象 ################################################### ### 代码块数量4:PAM50微阵列数据 ################################################### 库(“breastCancerNKI”)(“nki数据 ") ################################################### ### 代码块5号:与微阵列PAM50 data2 ################################################### ## 表达式M < exprs (nki)[1:5,下降= FALSE)头(M) # #注释基因< -fData (nki) [c(“探针”、“NCBI.gene。符号”、“EntrezGene.ID”)负责人(基因)# #的额外信息(可选)目标< -pData (nki)(1:5,下降= FALSE)头(目标 ) ################################################### ### 代码块6号:PAM50自己的数据 ################################################### M < -pam50质心基因< -pam50质心美元。映射名称(基因)<-c("probe"， "NCBI.gene. "符号”、“EntrezGene.ID”)对象< -PAM50 (exprs = M,注释=基因)对象 ################################################### ### 代码块7号:探索插槽 ################################################### 头(exprs(对象))# #基因表达值为每个主题 ################################################### ### 代码块8号:探索slots2 ################################################### (注释(对象)# #强制注释字段头(目标(对象)# #的临床数据,如果可用。################################################### ### 代码块9号:工作流 ################################################### 对象<滤液(对象,详细= TRUE) <分类对象(对象,std =“没有”,verbose = TRUE)对象<置换(对象,nPerm = 10000, pCutoff = 0.01, =“罗斯福”,corCutoff = 0.1, = TRUE,种子= 1234567890,verbose = TRUE, BPPARAM = BPPARAM ()) ################################################### ### 代码块10号: Permutation results ################################################### object ################################################### ### code chunk number 11: Summary ################################################### summary(object) ################################################### ### code chunk number 12: SubjectReport ################################################### subjectReport(object, subject=1) ################################################### ### code chunk number 13: Session Info ################################################### sessionInfo()