- 首页
- Bioconductor 3.7
- 3.7软件包
Bioconductor软件包
Bioconductor版本:3.7
| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| a4 | Tobias Verbeke, Willem Ligtenberg | 自动Affymetrix阵列分析伞包 |
| a4Base | Tobias Verbeke, Willem Ligtenberg | 自动Affymetrix阵列分析基础包 |
| a4Classif | Tobias Verbeke, Willem Ligtenberg | 自动Affymetrix阵列分析分类包 |
| a4Core | Tobias Verbeke, Willem Ligtenberg | 自动Affymetrix阵列分析核心包 |
| a4Preproc | Tobias Verbeke, Willem Ligtenberg | 自动Affymetrix阵列分析预处理包 |
| a4Reporting | Tobias Verbeke, Willem Ligtenberg | 自动Affymetrix阵列分析报告包 |
| ABAEnrichment | 施特菲·格罗特 | 人类大脑区域基因表达的富集 |
| ABarray | 孙永明 | 应用生物系统基因组调查微阵列(AB1700)基因表达数据的微阵列质量保证和统计数据分析。 |
| ABSSeq | Wentao杨 | 摘要:基于绝对表达差异建模的RNA-Seq分析新方法 |
| acde | 胡安·巴勃罗·阿科斯塔 | 差异表达基因的人工成分检测 |
| aCGH | 季米特洛夫彼得 | 阵列比较基因组杂交数据的类和函数。 |
| ACME | 肖恩·戴维斯 | 微阵列富集计算算法(ACME) |
| ADaCGH2 | 雷蒙Diaz-Uriarte | 基于并行计算和ff对象的aCGH实验大数据分析 |
| 适应 | Weixin蔡 | 高维多重测试的数据自适应统计 |
| adSplit | 克劳迪奥·Lottaz | 注解驱动的集群 |
| affxparser | 卡斯珀丹尼尔汉森 | Affymetrix文件解析SDK |
| affy | Rafael A. Irizarry | Affymetrix寡核苷酸阵列方法 |
| affycomp | Rafael A. Irizarry | 图形工具箱评估Affymetrix表达措施 |
| AffyCompatible | 马丁•摩根 | Affymetrix GeneChip软件兼容性 |
| affyContam | 诉凯利 | affymetrix细胞文件数据的结构化损坏 |
| affycoretools | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 功能有用的那些做重复分析与Affymetrix基因芯片 |
| AffyExpress | 李学军 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affyILM | 米里亚姆·克罗尔和法布里斯·伯杰 | 背景减法和Langmuir等温线的线性模型 |
| affyio | 本Bolstad | 解析Affymetrix数据文件的工具 |
| affylmGUI | 戈登•史密斯 | 带有Affymetrix微阵列的limma封装GUI |
| affyPara | 马库斯Schmidberger | Affymetrix寡核苷酸阵列并行预处理方法 |
| affypdnn | Laurent Gautier | 探测依赖最近邻(PDNN)的affy包 |
| affyPLM | 本Bolstad | 拟合探针级模型的方法 |
| affyQCReport | 克雷格Parman | 生成affyBatch对象的QC报告 |
| AffyRNADegradation | 马里奥Fasold | 分析和纠正由于RNA降解导致的微阵列数据中的探针位置偏差 |
| AGDEX | 桂兰兰妮高 | 差异表达分析协议 |
| agilp | 本尼链 | 安捷伦表达式阵列处理包 |
| AgiMicroRna | 佩德罗Lopez-Romero | Agilent microRNA芯片的加工及差异表达分析 |
| 目标 | 埃里克·R·帕奎特 | 目的:乳腺癌固有分子亚型的绝对分配 |
| ALDEx2 | 格雷格Gloor | 考虑样本变异的差异丰度分析 |
| AllelicImbalance | Jesper R Gadin | 研究等位基因特异性表达 |
| 高山 | 迈克尔的爱 | 高山 |
| 阿尔萨斯 | 罗恩Wehrens | 用于混合物化学自动探测的ALS |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 备选CDF环境(又名问题集映射) |
| AMOUNTAIN | 李董 | 多层加权基因共表达网络的主动模块:一种连续优化方法 |
| amplican | 大船瓦伦 | CRISPR实验的自动分析 |
| ampliQueso | 米甲Okoniewski | 扩增子富集板分析 |
| AnalysisPageServer | 布拉德·弗里德曼 | 一个框架，用于通过web共享来自R的交互式数据和图表 |
| anamiR | Ti-Tai王 | miRNA和mRNA表达数据的集成分析包 |
| Anaquin | 泰德黄 | 亮片的统计分析 |
| AneuFinder | 亚伦Taudt | 单细胞测序数据拷贝数变异分析 |
| 曾帮工 | 马天乐 | 复杂患者聚类的亲和网络融合 |
| annaffy | 科林·a·史密斯 | 注释工具Affymetrix生物元数据 |
| annmap | 克里斯Wirth | 基因组注释和可视化包有关Affymetrix阵列和NGS分析。 |
| 注释 | Bioconductor Package维护者 | 微阵列注释 |
| AnnotationDbi | Bioconductor Package维护者 | 注释数据库接口 |
| AnnotationFilter | Bioconductor维护者 | 过滤生物导体注释资源的设施 |
| AnnotationForge | Bioconductor Package维护者 | 构建注释数据库包的代码 |
| AnnotationFuncs | 斯蒂芬·麦金农·爱德华兹 | 注释翻译功能 |
| AnnotationHub | Bioconductor Package维护者 | 客户端访问AnnotationHub资源 |
| AnnotationHubData | Bioconductor Package维护者 | 将公共数据资源转换为Bioconductor数据结构 |
| annotationTools | 亚历山大·库恩 | 注释微阵列和执行跨物种基因表达分析使用平面文件数据库。 |
| annotatr | 雷蒙德·g·卡瓦尔坎特 | 基因组区域到基因组注释的注释 |
| anota | Ola拉尔森 | 翻译活性分析(ANOTA)。 |
| anota2seq | 克里斯蒂安·欧特林，朱莉·洛伦特 | 一般适用的转录组翻译效率分析使用anota2seq |
| antiProfiles | 赫克托，科拉达，b队 | 基因表达反谱的实现 |
| apComplex | 丹尼斯Scholtens | 使用AP-MS蛋白数据估计蛋白复合体成员 |
| apeglm | Anqi朱 | GLM系数的近似后验估计 |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 仅使用基本R数据类型的微阵列数据规范化和可视化的轻量级方法 |
| ArrayExpress | ugi Sarkans | 访问EBI的ArrayExpress微阵列数据库并构建Bioconductor数据结构:ExpressionSet, AffyBatch, NChannelSet |
| ArrayExpressHTS | Angela Goncalves, Andrew Tikhonov | ArrayExpress高通量测序处理管道 |
| arrayMvout | 诉凯利 | 表达式阵列QA的多变量异常值检测 |
| arrayQuality | 艾格尼丝Paquet | 点阵阵列质量评估 |
| arrayQualityMetrics | 迈克•史密斯 | 微阵列数据集的质量指标报告 |
| ArrayTools | 亚瑟•李 | geneChip分析包 |
| ArrayTV | 埃坦Halper-Stromberg | 阵列波校正的实现 |
| ARRmNormalization | 让-菲利普•福丁 | Illumina甲基化数据的自适应稳健回归归一化 |
| 一只 | 张倩 | 祖先特异性等位基因频率估计 |
| ASEB | Likun王 | 预测乙酰化赖氨酸位点 |
| ASGSCA | 海拉Romdhani | 基于广义结构方程模型的多snp与多性状关联研究 |
| 亚瑟士 | 流行Lefort | 复杂光谱的自动统计识别 |
| ASpli | 给曼奇尼 | 利用RNA-Seq分析选择性剪接 |
| 资产 | Samsiddhi保护好 | 一个基于子集的异质性状和亚型关联分析的R包 |
| 分配 | 沈颖，W. Evan Johnson, David Jenkins, Mumtehena Rahman | 自适应签名选择与集成(分配) |
| ATACseqQC | Jianhong欧 | ATAC-seq质量控制 |
| 吸引 | 塞缪尔·齐默尔曼 | 寻找代表考夫曼吸引子景观驱动因素的基因表达模块的方法 |
| AUCell | 莎拉Aibar | AUCell:分析单细胞RNA-seq数据中的“基因集”活性(例如，鉴定具有特定基因特征的细胞) |
| BaalChIP | 圣地亚哥之行 | BaalChIP:癌症基因组中等位基因特异性转录因子结合的贝叶斯分析 |
| BAC | 拉斐尔Gottardo | 芯片实验的贝叶斯分析 |
| 培根 | 马丁·范·伊特森 | 利用经验零分布控制关联研究中的偏差和膨胀 |
| 贝德 | Andreas Neudecker | RNA测序数据中差异表达的贝叶斯分析 |
| BadRegionFinder | 莎拉Sandmann | BadRegionFinder:一个R/Bioconductor包，用于识别覆盖不良的区域 |
| 袋 | 亚历杭德罗Quiroz-Zarate | 基因集选择的贝叶斯方法 |
| 舞会礼服 | 杰克傅 | 灵活的，同型水平的差异表达分析 |
| bamsignals | 亚历山德罗Mammana | 从bam文件中提取读取计数信号 |
| banocc | 艾玛Schwager | 成分协方差的贝叶斯分析 |
| basecallQC | 托马斯•卡罗尔 | 与Illumina基础调用和解复用输入和输出文件的工作 |
| BaseSpaceR | 贾里德·奥康奈尔 | BaseSpace RESTful API的R SDK |
| Basic4Cseq | 卡罗琳沃尔特 | Basic4Cseq:一个R/Bioconductor包，用于分析4C-seq数据 |
| 基础知识 | Catalina A. Vallejos, Nils Eling | 单细胞测序数据的贝叶斯分析 |
| BasicSTARRseq | 安妮卡方式 | 对STARR-seq数据的基本峰值调用 |
| BatchQC | Solaiappan Manimaran | 批处理效果质量控制软件 |
| BayesKnockdown | 威廉·查德·杨 | BayesKnockdown: Knockdown数据边缘的后验概率 |
| BayesPeak | 乔纳森·凯恩斯 | ChIP-seq数据的贝叶斯分析 |
| baySeq | 托马斯·j·哈德卡斯尔 | 计数数据中差异表达模式的经验贝叶斯分析 |
| BBCAnalyzer | 莎拉Sandmann | BBCAnalyzer:用于可视化碱基计数的R/Bioconductor包 |
| BCRANK | 亚当Ameur | 从排序DNA序列预测结合位点一致性 |
| bcSeq | 嘉兴林 | 高通量shRNA和CRISPR筛选中的快速序列定位 |
| beachmat | 亚伦Lun | 编译生物导体处理各种矩阵类型 |
| beadarray | 马克·邓宁 | Illumina BeadArray数据的质量评估和低级分析 |
| beadarraySNP | 1月东 | Illumina SNP头阵列归一化和报告 |
| BeadDataPackR | 迈克•史密斯 | 压缩Illumina BeadArray数据 |
| BEARscc | 本杰明Schuster-Boeckler | 单细胞簇鲁棒性的贝叶斯ERCC评估 |
| 击败 | 凯末尔Akman | BS-Seq计数分析工具包 |
| BEclear | 大卫粗声粗气地说 | 修正DNA甲基化数据中的批处理效应 |
| bgafun | 伊恩•华莱士 | BGAfun方法鉴定特异性测定蛋白家族残基 |
| BgeeDB | Julien Wollbrett, Julien Roux, Andrea Komljenovic, Frederic Bastian | Bgee数据库的注释和基因表达数据检索 |
| BGmix | 亚历克斯·列文 | 差异基因表达的贝叶斯模型 |
| bgx | 欧内斯特Turro | 贝叶斯基因表达 |
| 六氯 | 丰富的野蛮 | 贝叶斯层次聚类 |
| BicARE | 皮埃尔Gestraud | 双聚类分析与结果探索 |
| BiFET | Ahrim梦想 | 无偏置足迹富集测试 |
| BiGGR | Anand K. Gavai, Hannes Hettling | 在R中使用代谢重建数据库进行基于约束的建模 |
| bigmelon | 泰勒·j·戈里·斯通 | 用于大型实验的Illumina甲基化阵列分析 |
| bigmemoryExtras | 彼得·m·哈弗蒂 | 对bigmemory包的扩展，增加了安全性、方便性和因子类 |
| bioassayR | 泰勒辅助工 | 小分子生物活性的交叉靶标分析 |
| Biobase | Bioconductor Package维护者 | 生物基:生物导体的基础功能 |
| biobroom | John D. Storey和Andrew J. Bass | 将Bioconductor对象转换为整洁的数据框架 |
| bioCancer | 卡里姆Mezhoud | 交互式多组学癌症数据可视化与分析 |
| BiocCaseStudies | Bioconductor Package维护者 | 生物医学研究:支持案例研究专著 |
| BiocCheck | Bioconductor Package维护者 | 生物导体特定包装检查 |
| BiocFileCache | Lori牧羊人 | 跨会话管理文件 |
| BiocGenerics | Bioconductor Package维护者 | Bioconductor的S4通用函数 |
| biocGraph | Florian Hahne | 生物信息学中的图形示例和用例 |
| BiocInstaller | Bioconductor Package维护者 | 安装/更新Bioconductor、CRAN和github软件包 |
| BiocOncoTK | VJ凯里 | 一般癌症基因组学的生物导体组件 |
| BioCor | Lluís Revilla Sancho | 功能相似 |
| BiocParallel | Bioconductor Package维护者 | 用于平行评价的生物导体设施 |
| BiocSklearn | VJ凯里 | 接口python sklearn通过Rstudio网状 |
| BiocStyle | Bioconductor Package维护者 | 小插图和其他Bioconductor文档的标准样式 |
| BiocVersion | Bioconductor Package维护者 | 设置相应版本的Bioconductor软件包 |
| biocViews | Bioconductor Package维护者 | R包存储库的分类视图 |
| BiocWorkflowTools | 迈克•史密斯 | 帮助开发Bioconductor工作流包的工具 |
| bioDist | Bioconductor Package维护者 | 不同的距离测量 |
| biomaRt | 迈克•史密斯 | 与生物医学数据库的接口(例如Ensembl, COSMIC, Wormbase和Gramene) |
| biomformat | 保罗·j·麦克默迪 | BIOM文件格式的接口包 |
| BioMVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)类使用Biobase |
| biomvRCNS | 杨杜 | 多变量生物数据的拷贝数研究与分割 |
| 生命网络 | 马库斯> | 生物网络功能分析例程 |
| BioNetStat | 维尼Jardim | 生物网络分析 |
| BioQC | 吉涛张大卫 | 检测基因组表达谱的组织异质性 |
| BioSeqClass | 李红 | 生物序列分类 |
| biosigner | Philippe Rinaudo, Etienne Thevenot | 从组学数据中发现签名 |
| Biostrings | h .页面 | 生物弦的有效操纵 |
| biosvd | 安妮·戴曼，马修·布劳尔 | 软件包用于高通量数据处理，异常值检测，噪声去除和动态建模 |
| biotmle | 尼玛赫亚兹 | 生物标志物发现的有节制和有针对性的统计学习 |
| biovizBase | 迈克尔•劳伦斯 | 用于基因组数据可视化的基本图形实用程序。 |
| BiRewire | 安德里亚·米兰球迷 | 二部图(或二元事件矩阵)随机化的高性能例程，无向和有向符号图保持度分布(或边际总数) |
| birta | 本尼迪克特·扎克，霍尔格·弗莱希 | 转录活性调控的贝叶斯推断 |
| birte | Holger Froehlich | 调控对表达影响的贝叶斯推断(biRte) |
| BiSeq | 卡佳Hebestreit | 处理和分析亚硫酸盐序列数据 |
| BitSeq | Antti Honkela, Panagiotis Papastamoulis | RNA-seq数据的转录表达推断和差异表达分析 |
| blima | Vojtěch Kulvait | 用于检测器(头)级Illumina微阵列的预处理和分析工具 |
| BLMA | 锡阮 | BLMA:一个双水平元分析包 |
| bnbc | 腌鱼Fletez-Brant | Hi-C数据的带宽归一化和批量校正 |
| BPRMeth | Chantriolnt-Andreas Kapourani | 模拟高阶甲基化谱 |
| 大脑 | 彼得亚雷Dittwald | 令人困惑的递归算法同位素分布计算 |
| BrainStars | Itoshi NIKAIDO | 查询BrainStars的基因表达数据和图表(B*) |
| 分歧点 | 贝丝信号 | 电子剪接分支点的预测 |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推断 |
| BridgeDbR | 大多Willighagen | 在R中使用BridgeDb标识符映射框架的代码 |
| BrowserViz | 保罗·香农 | BrowserViz:使用websockets和JSON的交互式R/浏览器图形 |
| BrowserVizDemo | 保罗·香农 | BrowserVizDemo:如何子类化BrowserViz |
| BSgenome | h .页面 | 有效表示全基因组及其snp的软件基础设施 |
| bsseq | 卡斯珀丹尼尔汉森 | 分析，管理和存储亚硫酸盐测序数据 |
| BubbleTree | Todd Creasy, Wei Zhu | BubbleTree:利用下一代测序数据直观可视化阐明肿瘤非整倍性和体细胞嵌合体的克隆性 |
| BufferedMatrix | 本Bolstad | 保存在临时文件中的矩阵数据存储对象 |
| BufferedMatrixMethods | 本Bolstad | 利用BufferedMatrix对象的微阵列数据相关方法 |
| BUMHMM | Alina Selega | 基于结构探测实验数据的修正概率计算管道 |
| bumphunter | Rafael A. Irizarry | 撞猎人 |
| 公共汽车 | 远华刘 | 基因网络重构 |
| 咖啡馆 | 桑德博伦 | 表达数据中的染色体畸变查找器 |
| CAGEfightR | 马尔特Thodberg | 利用Bioconductor对基因表达(CAGE)数据进行Cap分析 |
| 篮球选手 | Vanja Haberle, Charles Plessy | 对CAGE (Cap Analysis of Gene Expression)测序数据进行分析，精确定位转录起始位点，挖掘启动子组 |
| CALIB | 回族赵 | 从微阵列数据估计绝对表达水平的校准模型 |
| 相机 | 史蒂芬诺依曼 | 收集质谱数据的注释相关方法 |
| 癌症 | 卡里姆Mezhoud | 一个用于访问和建模MSKCC癌症基因组数据的图形用户界面。 |
| cancerclass | 丹尼尔Kosztyla | 基于高维分子数据的诊断测试的开发和验证 |
| CancerInSilico | 托马斯D.谢尔曼，埃拉娜J.费蒂格 | 一个用于肿瘤进展计算建模的R界面 |
| CancerMutationAnalysis | Simina M. Boca | 癌症突变分析 |
| CancerSubtypes | Taosheng徐 | 基于多个基因组数据集的癌症亚型识别、验证和可视化 |
| 萤石 | 凯特琳麦克休 | 执行染色体血统差异(CAnD)分析 |
| caOmicsV | 亨利张 | 多维癌症基因组数据可视化 |
| 红衣主教 | 凯莉·a·比米斯 | 用于统计分析的质谱成像工具箱 |
| 卡斯珀 | 大卫Rossell | 基于成对末端Reads的选择性剪接的表征 |
| 催化剂 | 海伦娜·l·克罗威尔 | 细胞术数据分析工具 |
| 类别 | Bioconductor Package维护者 | 类别分析 |
| categoryCompare | 罗伯特·m·弗莱 | 基于特征注解的高通量实验元分析 |
| CausalR | 格林·布拉德利，史蒂文·巴雷特 | 因果网络分析方法 |
| cbaf | 阿尔曼Shahrisa | 多个自动功能的cbioportal.org |
| ccfindR | 小君吸引 | 癌症克隆查找器 |
| ccmap | 亚历克斯·皮克林 | 组合连通性映射 |
| CCPROMISE | 学苑曹 | 两种高维遗传数据的典型相关PROMISE分析 |
| ccrepe | 艾玛·施瓦格，克雷格·贝尔斯基，乔治·温加特 | ccrepe_and_nc.score |
| cellbaseR | 穆罕默德·奥·阿卜杜拉 | 从高性能Cellbase web查询标注数据 |
| cellGrowth | 朱利安Gagneur | 拟合细胞群生长模型 |
| cellHTS2 | 约瑟夫·巴里 | 基于细胞筛选的分析——修订后的cellHTS |
| cellity | Tomislav Ilicic | 单细胞RNA-seq数据的质量控制 |
| CellMapper | 布拉德那里提取 | 预测在特定细胞类型中选择性表达的基因 |
| CellNOptR | A.Gabor | 基于先验知识网络和扰动数据的信号网络布尔逻辑模型训练 |
| cellscape | 玛雅史密斯 | 在单个单元格树的上下文中研究单个单元格副本编号配置文件 |
| CellScore | 南希Mah | 从转录谱中评估细胞身份的工具 |
| cellTree | 大卫duVerle | 单细胞RNA-seq数据作为分层树结构的推理和可视化 |
| CEMiTool | 举行Nakaya | 共表达模块识别工具 |
| CexoR | 佩德罗情歌 | 在ChIP-exo复制中发现高分辨率蛋白质- dna相互作用的R包 |
| CFAssay | 赫伯特Braselmann | 菌落形成试验的统计分析 |
| CGEN | 威廉-惠勒 | 用于遗传流行病学病例对照研究分析的R包 |
| CGHbase | 马克·范德威尔 | CGHbase:用于arrayCGH数据分析的基本函数和类。 |
| CGHcall | 马克·范德威尔 | 调用阵列CGH肿瘤谱的像差。 |
| cghMCR | j .张 | 找到显示共同增益/损失的染色体区域 |
| CGHnormaliter | 巴特·p·p·范·侯特 | 具有不平衡像差的阵列CGH数据的归一化。 |
| CGHregions | 会发生Vosse | 最小信息丢失的阵列CGH数据降维方法。 |
| 冠军 | 元田 | Illumina HumanMethylation450和EPIC芯片分析甲基化管道 |
| 负责 | 本杰明·梅恩 | CHARGE:基因表达数据中R的染色体评估 |
| 魅力 | 彼得村上 | CHARM芯片DNA甲基化数据分析 |
| ChemmineOB | 托马斯Girke | R接口到OpenBabel功能的子集 |
| ChemmineR | 托马斯Girke | Cheminformatics Toolkit for R |
| 别致的 | 卡门·玛丽亚·利维 | ChIP-Seq数据的质量控制管道 |
| 芝加哥 | 米哈伊尔·Spivakov | 芝加哥:捕获基因组组织的Hi-C分析 |
| 嵌合体 | 拉斐尔·A·卡洛杰罗 | 用于聚变产物二次分析的包 |
| chimeraviz | Stian Lagstad | 基因融合的可视化工具 |
| ChIPanalyser | 帕特里克·马丁 | 芯片分析仪:预测转录因子结合位点 |
| ChIPComp | 李陈 | 多个ChIP-seq数据集的定量比较 |
| chipenrich | 雷蒙德·g·卡瓦尔坎特 | ChIP-seq峰值数据的基因集富集 |
| ChIPexoQual | 雷内·韦尔奇 | ChIPexoQual |
| ChIPpeakAnno | 朱丽华，朱丽，欧建红 | 对从ChIP-seq、ChIP-chip实验或任何实验中鉴定的峰进行批量注释，得到大量的染色体范围 |
| ChIPQC | 汤姆·卡罗尔，罗里·斯塔克 | ChIPseq数据的质量指标 |
| ChIPseeker | Guangchuang余 | 芯片搜索器芯片峰注释，比较，和可视化 |
| chipseq | Bioconductor Package维护者 | chipseq:分析芯片序列数据的包 |
| ChIPseqR | 彼得汉保格 | 在高通量测序数据中鉴定蛋白质结合位点 |
| ChIPSeqSpike | 尼古拉斯Descostes | ChIP-Seq数据缩放根据峰值控制 |
| ChIPsim | 彼得汉保格 | ChIP-seq实验模拟 |
| ChIPXpress | 乔治·吴 | ChIPXpress:利用公开可用的基因表达谱，从ChIP-seq和ChIP-chip数据中增强转录因子靶基因鉴定 |
| 筷子 | Hin-Tak梁 | “snp。矩阵'和'X.snp '。矩阵的类 |
| chroGPS | 奥斯卡雷纳 | 可视化表观基因组 |
| chromDraw | Jan Janecka | chromDraw是一个R包绘制方案的核型在线性和圆形的时尚。 |
| ChromHeatMap | 蒂姆·f·雷纳 | 通过基因组坐标绘制热图 |
| chromPlot | 凯伦·y·奥罗斯蒂卡 | 基因组数据的全球可视化工具 |
| chromstaR | 亚伦Taudt | ChIP-Seq数据的组合和差异染色质状态分析 |
| chromswitch | 《杰莎 | 从表观基因组数据中检测染色质状态开关的R包 |
| chromVAR | 艾丽西亚Schep | 区域间的染色质变异 |
| CHRONOS | 帕诺斯Balomenos | CHRONOS:一种微rna介导的亚通路富集分析的时变方法 |
| CINdex | 看门人尤里卡 | 染色体不稳定性指数 |
| cisPath | Likun王 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络的可视化和管理。 |
| ClassifyR | 达里奥Strbenac | 交叉验证分类问题的框架，应用于差异变异性和差异分布测试 |
| cleanUpdTSeq | 莎拉·谢泼德;欧建红;朱丽华 | 该软件包将假定的聚腺苷化位点分类为真或假/内部寡核苷酸引物 |
| 切肉刀 | 塞巴斯蒂安·吉布 | 多肽序列的切割 |
| clippda | Stephen Nyangoma | 用于临床蛋白质组分析数据分析的软件包 |
| 限幅器 | 保罗•马提尼 | 利用路径拓扑的基因集分析 |
| Clomial | Habil Zare | 推断肿瘤的克隆组成 |
| 单克隆 | Irina Ostrovnaya | 单克隆测试 |
| clonotypeR | 查尔斯·普莱西 | T细胞抗原受体序列高通量分析 |
| 凯 | 诺亚·霍夫曼 | 局部相似阈值分类 |
| clstutils | 诺亚·霍夫曼 | 执行分类分配的工具。 |
| clustComp | 奥罗拉多浪迪警官 | 聚类比较包 |
| clusterExperiment | 伊丽莎白Purdom | 比较单细胞测序的聚类 |
| ClusterJudge | Adrian Pasculescu | 基于互信息的聚类方法质量判断 |
| clusterProfiler | Guangchuang余 | 基因和基因簇功能谱的统计分析和可视化 |
| clusterSeq | 托马斯·j·哈德卡斯尔 | 通过鉴定共表达模式的高通量测序数据聚类 |
| ClusterSignificance | 杰森·T·瑟维斯 | ClusterSignificance包提供了一些工具，用于评估降维数据表示中的类簇是否与排列数据有分离 |
| clusterStab | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 计算微阵列数据的集群稳定性分数 |
| CMA | Christoph Bernau | 基于微阵列的分类综合 |
| cn.farms | Andreas Mitterecker | cn。用于拷贝数估计的因子分析 |
| cn.mops | 京特·Klambauer | cn.mops- Mixture of Poissons for CNV detection in NGS data |
| CNAnorm | 斯特凡诺拜里 | 癌症样本中拷贝数畸变的归一化方法 |
| cn | 通用电气谭 | CNE检测与可视化 |
| CNORdt | 答:业务 | 附加到CellNOptR:离散时间处理 |
| CNORfeeder | F.Eduati | 集成CellNOptR以添加缺失的链接 |
| CNORfuzzy | t . Cokelaer | 附加到CellNOptR:模糊逻辑 |
| CNORode | 大卫戴安娜 | ODE附加到CellNOptR |
| CNPBayes | 雅各布·凯里 | 拷贝数多态性的贝叶斯混合模型 |
| CNTools | j .张 | 通过样本矩阵将段数据转换为区域，以便进行其他高级计算分析。 |
| cnvGSA | 约瑟夫·卢戈 | (罕见)拷贝数变异的基因集分析 |
| CNVPanelizer | 托马斯•沃尔夫 | 靶向测序应用中可靠的CNV检测 |
| CNVrd2 | 黄丹源 | CNVrd2:一种基于读取深度的方法，用于从下一代测序数据中检测复杂的共同拷贝数变异并进行基因分型。 |
| CNVtools | 克里斯·巴恩斯 | 一个包来测试遗传关联与CNV数据 |
| cobindR | 曼Benary | 发现转录因子结合位点的共发生基序 |
| CoCiteStats | Bioconductor Package维护者 | 基于共引的不同检验统计量。 |
| codelink | 迭戈Diez | 码链微阵列数据的操作 |
| 食典委 | 江刘宇超(音) | 全外显子组测序的归一化和拷贝数变异检测方法 |
| coexnet | 胡安·大卫·赫内奥 | coexnet:一个从微阵列数据构建co -表达式网络的R包 |
| CoGAPS | Elana J. Fertig, Thomas D. Sherman | 模式集中的协调基因活性 |
| cogena | Zhilong贾 | 共表达基因集富集分析 |
| coGPS | 迎迎魏 | 癌症异常基因谱集 |
| COHCAP | 查尔斯·沃登 | 用于Illumina甲基化阵列和靶向BS-Seq数据的CpG岛分析管道 |
| 彗星 | Tiphaine马丁 | 彗星:区域表观基因组关联扫描(EWAS)结果和DNA共甲基化模式的可视化 |
| 指南针 | 格雷格Finak | 单细胞的组合多功能性分析 |
| compcodeR | 夏洛特Soneson | RNAseq数据仿真、差异表达分析及差异表达方法性能比较 |
| compEpiTools | 卡马尔•基 | 计算表观基因组学工具 |
| CompGO | 阿什利J.华登伯格 | 一个用于。bed文件注释的R管道，比较基因集和数据可视化之间的GO术语富集 |
| ComplexHeatmap | Zuguang顾 | 制作复杂的热图 |
| 承认 | 戴安娜低 | 荧光信号的细胞排序 |
| ConsensusClusterPlus | 马特·威尔克森 | ConsensusClusterPlus |
| consensusOV | 本杰明Haibe-Kains | 基于基因表达的高级别浆液性卵巢癌亚型分类 |
| consensusSeekeR | 阿斯特丽德Deschenes | 使用基因组位置和基因组范围检测一组经验中的共识区域 |
| contiBAIT | 基兰奥尼尔 | 利用链序列数据改进早期构建基因组组装 |
| conumee | Volker Hovestadt | 利用Illumina DNA甲基化阵列增强拷贝数变异分析 |
| 转换 | 杨尔华(Jean) | 转换微阵列数据对象 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 执行癌症异常值分析的功能。 |
| copynumber | Gro流行病学 | 基于惩罚最小二乘回归的单道和多道拷贝数数据分割。 |
| 文案 | 托马斯Kuilman | 使用非目标读取从目标测序复制数量信息 |
| CoRegNet | 雷米总 | CoRegNet:共同调控网络的重建和综合分析 |
| Cormotif | 迎迎魏 | 相关基序拟合 |
| CorMut | 振鹏李 | 根据选择压力检测相关突变 |
| CORREP | Dongxiao朱 | 多元相关估计和统计推断程序。 |
| coseq | 安德里亚·劳 | 测序数据的共表达分析 |
| cosmiq | 大卫·菲舍尔，克里斯蒂安·潘斯 | cosmiq -将单个质量组合成数量 |
| COSNet | 马可Frasca | 高度不平衡图节点标签预测的代价敏感网络 |
| CountClust | 库什戴伊 | 利用隶属度模型聚类和可视化RNA-Seq表达数据 |
| covEB | c . Pacini | 块对角协方差矩阵的经验贝叶斯估计 |
| CoverageView | 埃内斯托•罗伊 | 覆盖可视化包 |
| covRNA | 劳拉的城市 | 转录组数据的多变量分析 |
| cpvSNP | 凯特琳麦克休 | 基因集分析方法，SNP关联p值存在于给定基因集中的基因 |
| cqn | 卡斯珀丹尼尔汉森 | 条件分位数归一化 |
| CRImage | Henrik Failmezger，袁银银 | 使用一个包对细胞进行分类并计算肿瘤细胞密度 |
| CRISPRseek | 朱丽华 | CRISPR-Cas9基因组编辑系统中靶向特异性引导rna的设计 |
| crisprseekplus | 高山Kucukural | crisprseekplus |
| CrispRVariants | 海伦林赛 | 用于计数和可视化目标位置突变的工具 |
| crlmm | Benilton S Carvalho, Robert Scharpf, Matt Ritchie | Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina阵列的基因型调用(CRLMM)和拷贝数分析工具 |
| crossmeta | 亚历克斯·皮克林 | 微阵列数据的跨平台元分析 |
| CSAR | 何塞·M·穆尼诺 | 用于ChIP-seq数据分析的统计工具 |
| csaw | 亚伦Lun | ChIP-Seq分析 |
| CSSP | 钱德勒左 | ChIP-Seq统计功率 |
| ctc | 安东尼·卢卡斯 | 集群和树的转换。 |
| CTDquerier | 卡莱斯Hernandez-Ferrer | 包CTDbase数据查询，可视化和下游分析 |
| ctsGE | 米甲Sharabi-Schwager | 时间序列基因表达数据的聚类 |
| 腰带 | A.高夫 | 袖扣高通量测序数据的分析，探索，操作和可视化。 |
| customProDB | 王小静，文博 | 从NGS数据生成定制的蛋白质数据库，重点关注RNA-Seq数据，用于蛋白质组学搜索 |
| CVE | Andreas模拟 | 癌症变异探索者 |
| 周期 | 马提亚Futschik | 周期表达式模式在时间序列数据中的意义 |
| cydar | 亚伦Lun | 使用质量细胞术进行差异丰度分析 |
| CytoDx | Zicheng胡 | 无细胞门控的流式细胞术数据对临床结果的稳健预测 |
| cytofkit | Jinmiao Chen, Matthew Myint报道 | Cytofkit:一个集成的细胞计数数据分析管道 |
| cytolib | 迈克江 | 用于表示门控细胞术并与之交互的c++基础结构 |
| CytoML | 迈克江 | openCyto的GatingML接口 |
| dada2 | 本杰明·卡拉汉 | 准确，高分辨率的样本推断从扩增子测序数据 |
| dagLogo | Jianhong欧 | dagLogo |
| daMA | Jobst Landgrebe | 析因双色微阵列数据的有效设计与分析 |
| DaMiRseq | Mattia基 | RNA-seq数据挖掘:归一化、特征选择和分类 |
| DAPAR | 撒母耳Wieczorek | 蛋白质丰度与R的差异分析工具 |
| 飞镖 | 郑世杰 | 基于关联网络拓扑的去噪算法 |
| DBChIP | 库恩梁 | 转录因子与ChIP-seq的差异结合 |
| dcGSA | Jiehuan太阳 | 纵向基因表达谱的距离相关基因集分析 |
| DChIPRep | 贝恩德•克劳斯 | DChIPRep -染色质修饰ChIP-Seq数据的复制分析 |
| ddCt | 吉涛张大卫 | 实时荧光定量PCR (qRT-PCR)分析的ddCt算法 |
| ddPCRclust | 本尼迪克特G.布林克 | ddPCR数据聚类算法 |
| debrowser | 高山Kucukural | 交互式差分表达式分析浏览器 |
| 解读 | 埃里克·赖特 | 用于管理、分析和操纵生物序列的工具 |
| DEComplexDisease | “孟 | 基于双聚类分析的复杂疾病差异表达分析和DEGs调查工具 |
| DeconRNASeq | Ting龚 | mRNA-Seq数据异构组织样本的反褶积 |
| decontam | 本杰明·卡拉汉 | 识别标记基因和宏基因组测序数据中的污染物 |
| DEDS | 肖渊源 | 微阵列数据的距离汇总差分表达 |
| 位深蓝 | 菲利佩·阿尔布雷希特，马库斯名单 | 位深蓝 |
| deepSNV | 莫里茨Gerstung | 深测序数据中亚克隆snv的检测。 |
| 反编排 | Andrzej Oleś | 差异基因表达数据格式转换器 |
| DEGraph | 洛朗•雅各布 | 图上的双样本检验 |
| DEGreport | 曾淡水沼泽 | DEG分析报告 |
| DEGseq | Likun王 | 从RNA-seq数据中鉴定差异表达基因 |
| DelayedArray | Herve页面 | 延迟对类数组对象的操作 |
| DelayedMatrixStats | 彼得希 | 应用于'DelayedMatrix'对象的行和列的函数 |
| deltaGseg | 戴安娜低 | deltaGseg |
| 需求 | Jung Hoon Woo, Mariano Alvarez | 需求 |
| 部 | 阿恩史密特 | 蛋白质组学数据的差异富集分析 |
| derfinder | 莱昂纳多Collado-Torres | 通过DER Finder方法在碱基对分辨率下对RNA-seq数据进行注释不可知的差异表达分析 |
| derfinderHelper | 莱昂纳多Collado-Torres | Derfinder帮助包 |
| derfinderPlot | 莱昂纳多Collado-Torres | derfinder的绘图函数 |
| DEScan2 | 达里奥Righelli | 差分富集扫描2 |
| DESeq | 西蒙•安德斯 | 基于负二项分布的差异基因表达分析 |
| DESeq2 | 迈克尔的爱 | 基于负二项分布的差异基因表达分析 |
| DEsingle | 逸苗 | DEsingle用于检测单细胞RNA-seq数据中的三种差异表达 |
| 命运 | 菲利普·安格勒 | 创建扩散贴图 |
| DEsubs | 阿里斯提迪斯G.弗拉哈提斯，帕诺斯·巴洛梅诺斯 | 图:一个R包，用于通过RNA-seq表达实验灵活地识别差异表达的亚通路 |
| DEXSeq | 亚历杭德罗雷耶斯 | RNA-Seq中外显子使用差异的推断 |
| dexus | 京特·Klambauer | DEXUS -在未知条件或无重复的RNA-Seq研究中鉴定差异表达 |
| DFP | 罗德里戈Alvarez-Glez | 基因选择 |
| DiffBind | 罗里斯塔克 | ChIP-Seq峰数据的差异结合分析 |
| diffcoexp | Wenbin魏 | 差异共表达分析 |
| diffcyt | 卢卡斯·韦伯 | 高分辨率聚类在高维细胞术中的差异发现 |
| diffGeneAnalysis | Choudary Jagarlamudi | 进行差异基因表达分析 |
| diffHic | 亚伦Lun | Hi-C数据的差分分析 |
| DiffLogo | •Treutler | DiffLogo:生物低聚基序的比较可视化 |
| diffloop | 迦勒Lareau | 从染色质拓扑数据中识别不同的DNA环 |
| diffuStats | 塞吉奥Picart-Armada | 生物网络上的扩散得分 |
| diggit | 马里亚诺·J·阿尔瓦雷斯 | 基因变异驱动细胞表型的推断 |
| 导演 | 凯瑟琳Icay | 多层次数据的动态可视化工具 |
| DirichletMultinomial | 马丁•摩根 | 微生物组数据的dirichlet -多项式混合模型机器学习 |
| 不和谐的 | 夏洛特Siska | 不调和法:一种新的微分相关方法 |
| dk | 杰弗里·t·李克 | 用于评估多个测试程序的双重Kolmogorov-Smirnov包。 |
| DMCHMM | Farhad Shokoohi | 隐马尔可夫模型差异甲基化CpG |
| DMRcaller | 尼古拉·拉杜·扎贝特 | 差异甲基化区域调用者 |
| DMRcate | Tim Peters | 甲基化阵列和测序空间分析方法 |
| DMRforPairs | 马丁Rijlaarsdam | DMRforPairs:使用基于阵列的甲基化谱识别独特样品之间的差异甲基化区域 |
| DMRScan | 克里斯蒂安·M·佩奇 | 差异甲基化区检测 |
| dmrseq | 基冈Korthauer | 亚硫酸氢盐全基因组序列差异甲基化区域的检测与推断 |
| DNABarcodes | Tilo Buschmann | 用于创建和分析下一代测序多路复用实验中使用的DNA条形码的工具 |
| DNAcopy | Venkatraman E. Seshan | DNA拷贝数数据分析 |
| DNAshapeR | Tsu-Pei赵 | DNA形状特征的高通量预测 |
| DominoEffect | Marija Buljan, Peter Blattmann | 蛋白质热点残基的鉴定与注释 |
| doppelgangR | 李维沃尔德伦 | 从基因组或元数据中识别可能的重复样本 |
| DOQTL | 丹尼尔•加蒂 | DO小鼠的基因分型与QTL定位 |
| Doscheda | 布鲁诺Contrino | 下游化学蛋白质组学分析管道 |
| 剂量 | Guangchuang余 | 疾病本体语义与富集分析 |
| drawProteins | 保罗•布伦南 | 包绘制蛋白质原理图从Uniprot API输出 |
| DRIMSeq | 马格达雷娜Nowicka | RNA-seq中差异转录本的使用及dirichlet -多项式模型的tuQTL分析 |
| DriverNet | Jiarui叮 | 驱动:揭示癌症中调节转录网络的体细胞驱动突变 |
| DropletUtils | 亚伦Lun | 处理单细胞液滴数据的实用程序 |
| DrugVsDisease | j。Saez-Rodriguez | 用基因集富集分析比较疾病和药物谱 |
| dSimer | 彭倪 | 疾病相似度方法的整合 |
| DSS | 吴皓 | 序列数据的分散收缩 |
| DTA | Bjoern Schwalb | 动态转录组分析 |
| dualKS | Eric J. Kort，杨亚荣 | 双KS判别分析与分类 |
| DupChecker | “Quanhu盛” | 用于检查元分析中高通量基因组数据冗余的软件包 |
| dupRadar | Sergi Sayols, Holger Klein | RNA-Seq数据集中重复率的评估 |
| dyebias | 菲利普Lijnzaad | 用于校正玻片依赖性基因特异性染料偏差的GASSCO方法 |
| DynDoc | Bioconductor Package维护者 | 动态文档工具 |
| EasyqpcR | Le Pape Sylvain | EasyqpcR用于低通量实时定量PCR数据分析 |
| easyRNASeq | 尼古拉斯Delhomme | RNA-Seq数据的计数汇总和规范化 |
| EBarrays | 明元 | 同时基因聚类和差异表达鉴定的统一方法 |
| EBcoexpress | 约翰·a·道森 | EBcoexpress用于差异共表达分析 |
| EBImage | Andrzej Oleś | 图像处理和分析工具箱的R |
| EBSEA | 阿尔发Mehmood | 基于外显子的基因表达分析策略 |
| EBSeq | 宁愣了 | 用于RNA-seq数据的基因和异构体差异表达分析的R包 |
| EBSeqHMM | 宁愣了 | 在有序RNA-seq实验中鉴定基因或异构体表达变化的贝叶斯分析 |
| ecolitk | Laurent Gautier | 大肠杆菌的元数据和工具 |
| EDASeq | 大卫。Risso | RNA-Seq的探索性数据分析和归一化 |
| 埃达 | Chia Kuan Hui Burton, Niranjan Nagarajan | 差异丰度分析的实验设计 |
| 边缘 | 约翰D.斯托里，安德鲁J.巴斯 | 差异基因表达的提取 |
| 刨边机 | 陈云顺，伦伦，马克·罗宾逊，戴维斯·麦卡锡，戈登·史密斯 | 数字基因表达数据的实证分析 |
| eegc | 小袁周 | 基于基因分类(egc)的工程评价 |
| 天哪 | 莎拉Ballouz | 通过联系和程度来扩大罪恶感 |
| EGSEA | 妈Alhamdoosh | 基因集富集分析集合 |
| eiR | 托马斯Girke | 加速小分子的相似性搜索 |
| eisa | 伽柏Csardi | 基于迭代签名算法的表达式数据分析 |
| 肘 | Graham Alvare, Zhang Xiangli | 肘部-用lOgit方法评估折叠变化 |
| 埃尔默 | 蒂亚戈·切德拉维·席尔瓦 | 利用癌症甲基组推断调控元件景观和转录因子网络 |
| EMDomics | Sadhika Malladi和Daniel Schmolze | 地球移动者的距离对基因组数据的差异分析 |
| EmpiricalBrownsMethod | 大卫·吉布斯 | 使用Brown的方法组合相关检验的p值 |
| ENCODExplorer | 查尔斯·乔利·波帕朗 | ENCODE元数据的编译 |
| ENmix | Zongli徐 | Illumina HumanMethylation450和MethylationEPIC珠片的数据预处理和质量控制 |
| EnrichedHeatmap | Zuguang顾 | 制作丰富的热图 |
| EnrichmentBrowser | 路德维希Geistlinger | 通过基于集合和基于网络的富集分析结果进行无缝导航 |
| enrichplot | Guangchuang余 | 功能富集结果的可视化 |
| ensembldb | 约翰内斯Rainer | 用于创建和使用基于ensemble的注释数据库的实用工具 |
| ensemblVEP | Bioconductor Package维护者 | 集成变量效应预测器的接口 |
| ENVISIONQuery | Alex Lisovich, Roger Day | 从ENVISION生物信息学数据门户检索到R |
| EpiDISH | 郑世杰 | 样本内异质性的表观遗传学分析 |
| epigenomix | 汉斯克莱因 | 表观遗传和基因转录数据归一化与混合模型整合 |
| epiNEM | 马丁Pirkl | epiNEM |
| epivizr | 赫克托，科拉达，b队 | R接口到epiviz web应用程序 |
| epivizrChart | 赫克托，科拉达，b队 | R接口到epiviz web组件 |
| epivizrData | 赫克托，科拉达，b队 | 数据管理API的epiviz交互式可视化应用程序 |
| epivizrServer | 赫克托，科拉达，b队 | 用于epivizr应用程序和包的WebSocket服务器基础设施 |
| epivizrStandalone | 赫克托，科拉达，b队 | 在R中运行Epiviz交互式基因组数据可视化应用程序 |
| erccdashboard | 莎拉·芒罗 | 评估ERCC对照差异基因表达实验 |
| erma | VJ凯里 | 表观基因组路线图冒险 |
| esATAC | 郑伟，张伟 | 一个易于使用的系统管道的ATACseq数据分析 |
| esetVis | 罗兰Cougnaud | expression_bioconductor对象的可视化 |
| eudysbiome | 小袁周 | 16S微生物数据的笛卡尔图和偶然性检验 |
| EventPointer | 胡安·巴勃罗·罗梅罗 | 使用结阵列和RNA-Seq数据有效识别备选剪接事件 |
| ExiMiR | Sylvain Gubian | R函数用于Exiqon miRNA阵列数据的归一化 |
| exomeCopy | 迈克尔的爱 | 外显子组测序读取深度的拷贝数变异检测 |
| exomePeak | 张琳，刘莲，贾斌，等 | 基于MeRIP-Seq数据的外显子组分析:峰值调用和差异分析 |
| ExperimentHub | Bioconductor Package维护者 | 客户端访问ExperimentHub资源 |
| ExperimentHubData | Bioconductor Package维护者 | 向ExperimentHub添加资源 |
| explorase | 迈克尔•劳伦斯 | GUI用于系统生物学数据的探索性数据分析 |
| ExpressionAtlas | 玛丽亚keay | 从EMBL-EBI Expression Atlas下载数据集 |
| ExpressionView | 伽柏Csardi | 可视化基因表达数据中识别的双聚类 |
| fabia。 | 然而Hochreiter | FABIA:双聚类获取的因子分析 |
| facopy | 大卫Mosen-Ansorena | 基于特征关联和基因集富集的癌症拷贝数变异分析 |
| factDesign | 丹尼斯Scholtens | 析因设计微阵列实验分析 |
| FamAgg | 约翰内斯Rainer | 家谱分析和家族聚集 |
| 农场 | Djork-Arne Clevert | 农场-稳健微阵列总结的因子分析 |
| fastLiquidAssociation | 蒂娜甘德森 | 液相关联的全基因组应用功能 |
| fastseg | 京特·Klambauer | Fastseg -一个快速分割算法 |
| fCCAC | 佩德罗情歌 | 功能典型相关分析评估核酸测序数据集之间的协方差 |
| fCI | Shaojun唐 | 转录组学和蛋白质组学差异表达分析的f-divergence截断指数 |
| fdrame | 有效率切尼克斯贝格 | 微阵列实验的FDR调整(FDR- ame) |
| 小伙子 | 塞吉奥Picart-Armada | 代谢组学数据的解释和丰富 |
| 有限元法 | 甄杨 | 功能性表观遗传模块的鉴定 |
| ffpe | 李维沃尔德伦 | FFPE微阵列表达数据的质量评估与控制 |
| FGNet | 莎拉Aibar | 生物富集分析衍生的功能基因网络 |
| fgsea | Alexey Sergushichev | 快速基因集富集分析 |
| FindMyFriends | 托马斯·林·彼得森 | 微生物比较基因组学研究进展 |
| FISHalyseR | Karesh Arunakirinathan, Andreas Heindl | FISHalyseR是用于自动FISH定量的软件包 |
| FitHiC | Ruyu谭 | 染色体内接触图谱的置信度估计 |
| flagme | 马克·罗宾逊，里卡多·罗莫利 | 代谢组学GC/MS数据分析 |
| 啪嗒啪嗒地响 | 埃尔莎伯纳德 | 基于套索的流问题快速异构体预测 |
| flowAI | 詹尼·摩纳哥 | 流式细胞术数据的自动和交互式质量控制 |
| flowBeads | 尼古拉·Pontikos | flowBeads:分析流珠数据 |
| flowBin | 基兰奥尼尔 | 结合多管流式细胞术数据进行分组 |
| flowcatchR | 费德里科•马里尼 | 用于分析体内显微镜成像数据的工具，聚焦于追踪流动的血细胞 |
| flowCHIC | 作者:约阿希姆·舒曼 | 使用直方图信息分析流式细胞术数据 |
| flowCL | 贾斯汀Meskas | 流式细胞术细胞群的语义标记 |
| flowClean | 腌鱼Fletez-Brant | flowClean |
| flowClust | Greg Finak, Mike Jiang | 流式细胞术聚类 |
| flowCore | M.Jiang | flowCore:流式细胞术数据的基本结构 |
| flowCyBar | 约阿希姆舒曼 | 使用门信息分析流式细胞术数据 |
| flowDensity | Mehrnoush马列 | 顺序流式细胞术数据门控 |
| flowFit | 大卫。Rambaldi | 估计细胞跟踪染料研究中的增殖 |
| flowFP | 草Holyst | 流式细胞术指纹识别 |
| flowMap | 萧乔文 | 利用弗里德曼-拉夫斯基测试在流式细胞术数据中绘制细胞群图，以便进行跨样本比较 |
| flowMatch | Ariful Azad | 流式细胞术中的匹配与meta聚类 |
| flowMeans | 尼玛Aghaeepour | 非参数流式细胞术数据门控 |
| flowMerge | 格雷格Finak | 流式细胞术数据的聚类合并 |
| flowPeaks | Yongchao通用电气 | 流数据聚类的R包 |
| flowPloidy | 泰勒史密斯 | 分析流式细胞仪数据以确定样品的倍性 |
| flowPlots | n .霍金斯 | flowPlots:门控流式细胞术数据的分析图和数据类 |
| flowQ | 迈克江 | 流式细胞术的质量控制 |
| flowQB | 约瑟夫Spidlen | 流式细胞仪灵敏度的自动二次表征:Q, B和CV内在计算 |
| FlowRepositoryR | 约瑟夫Spidlen | FlowRepository R接口 |
| FlowSOM | 苏菲·范·加森 | 使用自组织图可视化和解释细胞术数据 |
| flowStats | Greg Finak和Mike Jiang | 流式细胞术数据分析的统计方法 |
| flowTime | R.克莱·赖特 | 用流式细胞术注释和分析生物动力系统 |
| flowTrans | 格雷格Finak | 流式细胞术数据转换参数优化 |
| flowType | 尼玛Aghaeepour | 流式细胞术分析 |
| flowUtils | 约瑟夫Spidlen | 流式细胞术的实用程序 |
| flowViz | 迈克江 | 流式细胞术可视化 |
| flowVS | Ariful Azad | 流式细胞术(和微阵列)的方差稳定 |
| flowWorkspace | Greg Finak,Mike Jiang | 表示和交互与门控细胞术的基础设施 |
| fmcsR | 托马斯Girke | 容错最大公共子结构搜索 |
| focalCall | 奥斯卡Krijgsman | DNA拷贝数数据中焦像差的检测 |
| FourCSeq | 菲利克斯·a·克莱因 | 封装分析4C测序数据 |
| FRGEpistasis | Futao张 | 基于功能回归模型的数量性状上位性分析 |
| frma | 马修·n·麦考尔 | 冷冻RMA和条形码 |
| frmaTools | 马修·n·麦考尔 | 冷冻RMA工具 |
| FunChIP | 爱丽丝Parodi | 基于形状的ChIP-Seq峰的聚类和排列 |
| FunciSNP | 西蒙·g·库切 | 整合功能非编码数据集与遗传关联研究鉴定候选调控snp |
| funtooNorm | 凯瑟琳·克莱因 | Infinium HumanMethylation450头芯片试剂盒归一化程序 |
| GA4GHclient | Welliton Souza | 用于访问GA4GH API数据服务器的Bioconductor包 |
| GA4GHshiny | Welliton Souza | 用于与基于ga4gh的数据服务器交互的闪亮应用程序 |
| gaga | 大卫Rossell | 高通量数据分析的GaGa分层模型 |
| 计 | Weijun罗 | 一般适用于通路分析的基因集富集 |
| 群 | 克里斯托弗·裸 | 在R和Gaggle之间广播数据 |
| 盖亚 | 美国摩根氏菌属 | GAIA:用于显著染色体畸变基因组分析的R包。 |
| GAprediction | 乔恩·波林 | 利用Illumina HumanMethylation450数据预测胎龄 |
| 加菲尔德 | 瓦伦蒂娜Iotchkova | GWAS分析调节或功能信息富集与LD校正 |
| 空对空导弹 | Mattia基 | GARS:用于识别高维和挑战性数据集中变量的鲁棒子集的遗传算法 |
| GateFinder | 尼玛Aghaeepour | 流式细胞术中基于投影的门控策略优化 |
| 加乌乔人 | Alex Murison, Christopher Wardell | 克隆异质性和排序的遗传算法研究 |
| gcapc | Mingxiang腾 | 支持GC的峰值调用者 |
| gcatest | 魏浩，约翰·d·斯托里 | 基因型条件关联TEST |
| gCMAP | 托马斯Sandmann | 类似连接性图的分析工具 |
| gCMAPWeb | 托马斯Sandmann | 一个用于基因集富集分析的web界面 |
| gCrisprTools | 彼得哈 | 集合Crispr筛选QC和分析的功能套件 |
| gcrma | z吴 | 使用序列信息进行背景调整 |
| GDCRNATools | 李瑞东，曲涵 | gdcrnatols:一个R/Bioconductor包，用于整合分析GDC中的lncRNA, mRNA和miRNA数据 |
| GDSArray | 钱氏 | 将GDS文件表示为类似数组的对象 |
| gdsfmt | Xiuwen郑 | CoreArray基因组数据结构(GDS)文件的R接口 |
| geecc | 马库斯Boenn | 基因集富集分析扩展到偶然性立方 |
| 宝石 | 香港锅 | GEM:基因、环境和甲基化相互作用的快速关联研究 |
| genArise | 国际金融公司开发团队 | 微阵列分析工具 |
| genbankr | 盖伯瑞尔贝克 | 解析GenBank文件为语义上有用的对象 |
| GeneAnswers | 黄磊和冯刚 | 基因的综合解释 |
| geneAttribution | 亚瑟香肠 | 与遗传变异相关的候选基因的鉴定 |
| GeneBreak | 埃弗特·范登·布鲁克 | 基因断裂检测 |
| geneClassifiers | R柯伊伯 | 基因分类器的应用 |
| GeneExpressionSignature | 曹阳，李飞，鹿晗 | 基于基因表达特征的相似性度量 |
| genefilter | Bioconductor Package维护者 | 基因过滤器:从高通量实验中过滤基因的方法 |
| genefu | 本杰明·海比-凯恩，马库斯·施罗德 | 乳腺癌中基于基因表达特征的计算 |
| GeneGA | 振鹏李 | 基于mRNA二级结构和密码子使用偏差，采用遗传算法设计基因 |
| GeneGeneInteR | 马修·艾米丽，Magalie Houee-Bigot | 在基因水平测试基因-基因相互作用的工具 |
| GeneMeta | Bioconductor Package维护者 | 高通量实验荟萃分析 |
| GeneNetworkBuilder | Jianhong欧 | 利用ChIP-chip/ChIP-seq和表达数据构建调控网络 |
| GeneOverlap | 李申，西奈山 | 测试和可视化基因重叠 |
| geneplast | 毛罗·卡斯特罗 | 同源基团的进化和可塑性分析 |
| geneplotter | Bioconductor Package维护者 | Bioconductor的图形相关功能 |
| geneRecommender | 格雷格已经 | 一种基因推荐算法，用于识别与基因查询集共表达的基因 |
| GeneRegionScan | Lasse Folkersen | GeneRegionScan |
| geneRxCluster | 查尔斯·贝瑞 | gRx差分聚类 |
| GeneSelectMMD | Weiliang邱 | 基因选择基于基因谱的边际分布，其特征是三组分多元分布的混合 |
| GeneSelector | 马丁Slawski | 排序基因表的稳定性和聚集性 |
| 《创世纪》 | Stephanie M. Gogarten, Matthew P. Conomos | 结构样本中的遗传估计和推断(GENESIS):分析具有群体结构和/或相关性样本的遗传数据的统计方法 |
| GeneStructureTools | 贝丝信号 | 剪接基因结构操作和分析工具 |
| geNetClassifier | 莎拉Aibar | 利用基因表达谱对疾病进行分类并建立相关基因网络 |
| GeneticsDesign | R基因工程 | 设计遗传学研究的功能 |
| GeneticsPed | 大卫·亨德森 | 系谱和遗传关系函数 |
| geneXtendeR | 波丹Khomtchouk | ChIP-seq数据的优化功能标注 |
| GENIE3 | Van Anh Huynh-Thu | 基于树集合的基因网络推断 |
| genoCN | 魏太阳 | 基因分型和拷贝数研究工具 |
| GenoGAM | Georg斯特里克 | 基于GAM的ChIP-Seq数据分析框架 |
| genomation | Altuna Akalin, Vedran Franke, Katarzyna Wreczycka | 基因组数据的总结、注释和可视化 |
| GenomeGraphs | 史蒂芬Durinck | 绘制来自Ensembl的基因组信息 |
| GenomeInfoDb | Bioconductor Package维护者 | 用于操纵染色体和其他“seqname”标识符的实用程序 |
| genomeIntervals | 朱利安Gagneur | 基因组区间操作 |
| 基因组 | 克里斯Stubben | 基因组测序计划元数据 |
| GenomicAlignments | Bioconductor Package维护者 | 短基因组序列的表示和操作 |
| GenomicDataCommons | 肖恩·戴维斯 | NIH / NCI基因组数据共享访问 |
| GenomicFeatures | Bioconductor Package维护者 | 用于制作和操作以文本为中心的注释的工具 |
| GenomicFiles | Bioconductor Package维护者 | 按文件或按范围进行分布式计算 |
| GenomicInteractions | 莉斯Ing-Simmons | 处理基因组相互作用数据的R包 |
| GenomicRanges | Bioconductor Package维护者 | 基因组间隔和沿基因组定义的变量的表示和操作 |
| GenomicScores | 罗伯特Castelo | 使用全基因组位置特定分数的基础设施 |
| GenomicTuples | 彼得希 | 基因组元组的表示和操作 |
| Genominator | 布拉德 | 分析，管理和存储基因组数据 |
| genoset | 彼得·m·哈弗蒂 | 一个用拷贝数分析方法进行的rangedsummarize实验 |
| genotypeeval | 詹妮弗·汤姆 | gVCF或VCF文件的QA/QC |
| genphen | 单Kitanovski | 一个量化的工具，基因型和表型之间的关联与贝叶斯推理和统计学习技术 |
| GenRank | Chakravarthi Kanduri | 基于趋同证据的候选基因优先排序 |
| GenVisR | 圣扎迦利斯基德莫尔 | 基因组可视化 |
| GEOmetadb | 杰克朱 | NCBI GEO元数据汇编 |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 从NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)获取数据 |
| GEOsubmission | 亚历山大·库恩 | 准备微阵列数据提交给GEO |
| gep2pep | 弗朗西斯科·纳波利塔诺 | 途径表达谱(pep)的创建与分析 |
| gespeR | 费边Schmich | 基因特异性表型估计器 |
| GEWIST | 邓伟强 | 基因环境互作搜索阈值 |
| GGBase | VJ凯里 | GGBase基础设施用于基因表达包GGtools |
| ggbio | 迈克尔•劳伦斯 | 基因组数据可视化工具 |
| ggcyto | 迈克江 | 使用ggplot可视化细胞计数数据 |
| GGtools | VJ凯里 | 基因表达遗传学分析软件和数据 |
| ggtree | Guangchuang余 | 一个R软件包，用于系统发育树及其协变量和其他相关数据的可视化和注释 |
| girafe | j . Toedling | 功能探索的基因组间隔和读取比对 |
| GISPA | 巴克提已经受理 | GISPA:基因集成集谱分析方法 |
| 很高兴 | 菲利普Hupe | DNA的得失分析 |
| Glimma | Shian苏 | 交互式HTML图形 |
| GlobalAncova | 曼胡默尔 | 计算组间差异基因表达的全局测试 |
| globalSeq | 阿明罗森伯格 | 检测RNA-Seq与高维数据之间的关联 |
| globaltest | Jelle Goeman | 与响应变量相关的协变量/特征的测试组及其在基因集测试中的应用 |
| gmapR | 迈克尔•劳伦斯 | GMAP/GSNAP/GSTRUCT套件的R接口 |
| GMRP | Yuan-De谭 | 基于gwas的孟德尔随机化与通径分析 |
| GOexpress | 凯文Rue-Albrecht | 使用基因本体注释可视化微阵列和RNAseq数据 |
| GOfuncR | 施特菲·格罗特 | 利用FUNC富集基因本体 |
| GOFunction | 王静 | go函数:从统计上显著的函数推导出生物学上相关的函数 |
| GoogleGenomics | 悉达多Bagaria | R客户端b谷歌基因组API |
| 还装有 | 莉迪亚Chrabaszcz | 为人类基因群找到最具特征的基因本体术语 |
| goProfiles | 亚历克斯·桑切斯 | goProfiles:一个R包，用于统计分析功能配置文件 |
| GOSemSim | Guangchuang余 | go术语语义相似度度量 |
| goseq | 纳迪亚·戴维森，安东尼·霍金斯 | 基因本体分析仪，用于RNA-seq和其他长度偏差数据 |
| GOSim | Holger Froehlich | 氧化石墨烯项与基因产物功能相似度的计算氧化石墨烯富集分析 |
| goSTAG | 布莱恩·d·贝内特 | 一个使用GO子树来标记和注释一组基因的工具 |
| GOstats | Bioconductor Package维护者 | 操作氧化石墨烯和微阵列的工具 |
| GOsummaries | Raivo Kolde | GO富集分析的词云摘要 |
| 哥特 | Borbala Mifsud | 二项检验用于Hi-C数据分析 |
| goTools | 艾格尼丝Paquet | 基因本体数据库的功能 |
| gpl | Bioconductor Package维护者 | 用广义偏最小二乘进行分类 |
| gprege | 阿尔弗雷多Kalaitzis | 基因表达时间序列的高斯过程排序与估计 |
| gQTLBase | VJ凯里 | gQTLBase:用于eQTL、mQTL和类似研究的基础设施 |
| gQTLstats | VJ凯里 | gQTLstats:用于eQTL和相关研究的计算效率分析 |
| 图 | Bioconductor Package维护者 | 一个处理图形数据结构的包 |
| GraphAlignment | 约翰·p·梅尔 | GraphAlignment |
| GraphAT | 托马斯LaFramboise | 图论关联测验 |
| 石墨 | Gabriele销售 | 来自路径拓扑环境的GRAPH交互作用 |
| GraphPAC | 格里高利Ryslik | 用图理论方法鉴定蛋白质中的突变簇。 |
| GRENITS | 爱德华·莫 | 利用时间序列进行基因调控网络推断 |
| GreyListChIP | 英国首相戈登•布朗(Gordon Brown) | 灰名单——基于芯片输入的掩模伪影区域 |
| GRmetrics | 尼古拉斯·克拉克，马里奥·梅德维多维奇 | 计算生长速率抑制(GR)指标 |
| groHMM | Anusha Nagari, Tulip Nandu, W. Lee Kraus | GRO-seq分析流水线 |
| GRridge | Mark A. van de Wiel | 使用协同数据进行更好的预测:自适应群正则化脊回归 |
| GSALightning | 张炳祥 | 快速基于置换的基因集分析 |
| GSAR | Yasir Rahmatallah, Galina Glazko | 基因集分析 |
| GSCA | 志诚记 | GSCA:基因集上下文分析 |
| GSEABase | Bioconductor Package维护者 | 基因集富集数据结构和方法 |
| GSEABenchmarkeR | 路德维希Geistlinger | 可重复的GSEA基准测试 |
| GSEAlm | 艾瑟夫巴德或者 | 线性模型工具集基因集富集分析 |
| gsean | Dongmin荣格 | 基于网络的基因集富集分析 |
| GSReg | Bahman Afsari, Elana J. Fertig | 基因集调控(GS-Reg) |
| GSRI | 朱利安格林 | 基因集调控指数 |
| GSVA | 贾斯汀Guinney | 基因集变异分析的微阵列和RNA-seq数据 |
| gtrellis | Zuguang顾 | 基因组水平的网格布局 |
| GUIDEseq | 朱丽华 | GUIDE-seq分析管道 |
| 吉他 | 贾孟 | 吉他 |
| Gviz | 罗伯特Ivanek | 沿着基因组坐标绘制数据和注释信息 |
| gwascat | VJ凯里 | 表示和建模EMBL-EBI GWAS目录中的数据 |
| GWASTools | Stephanie M. Gogarten, Adrienne Stilp | 全基因组关联研究工具 |
| h5vc | 保罗·西奥多·皮尔 | 使用hdf5后端管理对齐计数 |
| hapFabia | 然而Hochreiter | hafabia:在大量测序数据中以罕见变异为特征的非常短的血统识别(IBD) |
| 哈曼 | 杰森·罗斯 | 使用PCA和基于约束优化的技术从数据集中去除批处理效果 |
| Harshlight | 莫里吉奥Pellegrino | 微阵列芯片的“校正补片”程序 |
| HDF5Array | Herve页面 | HDF5后端DelayedArray对象 |
| HDTD | Anestis Touloumis | 高维转座数据中均值矩阵和协方差矩阵的统计推断 |
| 的热图 | 马尔科姆·佩里 | 灵活的热图功能基因组学和序列特征 |
| Heatplus | 亚历山大plone ( | 带有行和/或列协变量和彩色簇的热图 |
| HelloRanges | 迈克尔•劳伦斯 | 向床具使用者介绍*系列产品 |
| 帮助 | 里德·f·汤普森 | 帮助数据分析工具 |
| 哼哼 | HyungJun曹 | 多条件下鉴别差异表达基因的异质误差模型 |
| hiAnnotator | Nirav V Malani | 用于注释GRanges对象的函数 |
| HIBAG | Xiuwen郑 | HLA基因型的属性套袋植入 |
| HiCcompare | 约翰·斯坦斯菲尔德 | HiCcompare:多个Hi-C数据集的联合归一化和比较分析 |
| hicrep | 杨涛 | 测量Hi-C数据的重现性 |
| hierGWAS | 劳拉Buzdugan | 评估预测GWA研究的统计学意义 |
| HilbertCurve | Zuguang顾 | 制作二维希尔伯特曲线 |
| HilbertVis | 西蒙•安德斯 | 希尔伯特曲线可视化 |
| HilbertVisGUI | 西蒙•安德斯 | HilbertVisGUI |
| hipathia | 玛尔塔·r·伊达尔戈 | HiPathia:高通量通路分析 |
| hiReadsProcessor | Nirav V Malani | 从454/Illumina数据处理LM-PCR读数的功能 |
| HiTC | 尼古拉斯的仆人 | 高通量染色体构象捕获分析 |
| hmdbQuery | VJ凯里 | 探索人类代谢组数据库的实用程序 |
| HMMcopy | 丹尼尔·赖，索拉博·沙阿 | 副本数预测与校正GC和映射偏差的HTS数据 |
| hopach | 凯瑟琳·s·波拉德 | 分层有序分区和压缩混合(HOPACH) |
| hpar | 劳伦特与 | 人蛋白图谱 |
| HTqPCR | 海蒂Dvinge | 高通量qPCR数据自动分析 |
| HTSanalyzeR | 新王 | 高通量筛选的基因集过度表达、富集和网络分析 |
| HTSeqGenie | 延斯•里德 | 一个NGS分析管道。 |
| htSeqTools | 奥斯卡雷纳 | 高通量测序数据的质量控制、可视化和处理 |
| HTSFilter | 安德里亚·劳 | 过滤器复制高通量转录组测序数据 |
| HybridMTest | Demba Fofana | 混合多重测试 |
| hyperdraw | 保罗马雷尔 | 可视化Hypergaphs |
| 超图 | Bioconductor Package维护者 | 一个提供超图数据结构的包 |
| iASeq | 迎迎魏 | iASeq:整合多个测序数据集，用于检测等位基因特异性事件 |
| iBBiG | Aedin Culhane | 基因集的迭代二值双聚类 |
| ibh | Kircicegi Korkmaz | 基于互作的基因序列同质性评价 |
| iBMQ | 格雷格Imholte | eQTL数据的集成贝叶斯建模 |
| iCARE | 比尔·惠勒 | 个体化连贯绝对风险评估(iCARE)工具 |
| Icens | Bioconductor Package维护者 | 删减和截断数据的NPMLE |
| iCheck | Weiliang邱 | 高维Illumina mRNA表达数据的QC管道和数据分析工具 |
| iChip | Qianxing莫 | 基于隐式Ising模型的芯片数据贝叶斯建模 |
| iClusterPlus | 莫倩星，沈荣来 | 多类型基因组数据的整合聚类 |
| iCNV | 子路(周 | 集成拷贝数变异检测 |
| iCOBRA | 夏洛特Soneson | 排名和分配方法的比较和可视化 |
| 理想的 | 费德里科•马里尼 | 交互式差异表达分析 |
| IdeoViz | 信心派 | 沿着染色体表意文字绘制数据(连续/离散) |
| 染色体组型 | 卡尔·j·戴科马 | 染色体组型 |
| IdMappingAnalysis | Alex Lisovich, Roger Day | ID映射分析 |
| IdMappingRetrieval | Alex Lisovich, Roger Day | ID映射数据检索 |
| iGC | 梁波著王 | 基因表达和拷贝数改变的综合分析包 |
| igvR | 保罗·香农 | igvR:整合基因组学观察者 |
| IHW | Nikos Ignatiadis | 独立假设加权 |
| illuminaio | 卡斯珀丹尼尔汉森 | 解析Illumina微阵列输出文件 |
| imageHTS | 约瑟夫·巴里 | 基于高通量显微镜的筛选分析 |
| ima | Seonggyun汉 | 选择性剪接多组学数据的综合分析 |
| Imetagene | 奥黛丽勒马特 | metagene包的图形界面 |
| IMMAN | Minoo阿什蒂亚尼 | 基于映射和挖掘分析的Interlog蛋白网络重构 |
| ImmuneSpaceR | 免疫espace包维护程序 | 免疫空间数据库的一个薄包装 |
| immunoClust | 直到Soerensen | 免疫簇-流式细胞术中群体检测的自动化流水线 |
| IMPCdata | 杰里米·梅森 | 从IMPC数据库中检索数据 |
| ImpulseDE | 吉尔·桑德，尼尔·约瑟夫 | 脉冲模型在时间序列数据中检测DE基因 |
| ImpulseDE2 | 大卫·S·费舍尔 | 纵向计数数据集的差异表达分析 |
| 嫁祸于 | Balasubramanian纳史木汗 | impute:微阵列数据的输入 |
| InPAS | 欧建红，朱丽华 | 新的备选聚腺苷酸化位点(PAS)的鉴定 |
| INPower | 比尔·惠勒 | 一个R包，用于计算敏感性snp的数量 |
| 检查 | 斯特凡诺·德·普雷蒂斯 | 4sU-seq和RNA-seq时程数据分析 |
| InTAD | 康斯坦丁·Okonechnikov | 寻找TADs中表观遗传信号与基因表达的相关性 |
| intansv | 温么 | 结构变化的综合分析 |
| InteractionSet | 亚伦Lun | 存储基因组相互作用数据的基类 |
| interactiveDisplay | 肖恩Balcome | 包启用强大的亮网显示生物导体对象 |
| interactiveDisplayBase | 肖恩Balcome | 用于启用生物导体对象的强大闪亮web显示的基础包 |
| 感兴趣 | Ali Oghabian, Mikko Frilander | 内含子-外显子保留估计器 |
| InterMineR | InterMine团队 | 与InterMine-Powered数据库的R接口 |
| IntramiRExploreR | Surajit巴塔查里亚 | 预测果蝇基因内mirna的靶标 |
| 反演 | 亚历杭德罗卡塞雷斯 | 基因型数据的倒置 |
| 电离 | 迈克•史密斯 | 牛津纳米孔MinION数据的质量评估工具 |
| iPAC | 格里高利Ryslik | 蛋白质氨基酸聚类的鉴定 |
| 首次公开募股 | 托马斯Riebenbauer | XCMS数据处理参数的自动优化 |
| IPPD | 马丁Slawski | 基于模板匹配的蛋白质质谱同位素峰模式反褶积 |
| IRanges | Bioconductor Package维护者 | 在序列上操作间隔的基础结构 |
| IrisSpatialFeatures | 丹尼尔Gusenleitner | 基于多路中频图像的空间特征提取包 |
| iSEE | 费德里科•马里尼 | 交互式摘要实验资源管理器 |
| iSeq | Qianxing莫 | 基于隐式Ising模型的ChIP-seq数据贝叶斯分层建模 |
| 等压线 | Florian P Breitwieser | 等压标记的MSMS蛋白质组学数据的分析和定量 |
| IsoformSwitchAnalyzeR | 克里斯汀Vitting-Seerup | 一个R包来识别，注释和可视化异构体开关与功能后果(来自RNA-seq数据) |
| IsoGeneGUI | Setia Pramana | 进行微阵列数据剂量响应分析的图形用户界面 |
| 伊索尔德 | Christelle雷恩 | 等位基因依赖表达的综合统计 |
| isomiRs | 曾淡水沼泽 | 从小RNA-seq分析isomir和mirna |
| 斜体 | Guillem Rigaill | 斜体 |
| iterativeBMA | 杨家仪 | 迭代贝叶斯模型平均(BMA)算法 |
| iterativeBMAsurv | 杨家仪 | 生存分析的迭代贝叶斯模型平均(BMA)算法 |
| iterClust | 经由叮 | 迭代聚类 |
| iteremoval | 嘉成栓 | 特征选择的迭代去除方法 |
| iva | Seonggyun汉 | 影响选择性剪接的遗传变异的鉴定 |
| ivygapSE | VJ凯里 | Ivy-GAP数据的总结性实验 |
| IWTomics | 玛齐娅·A·克雷莫纳 | 组学数据的间隔检测 |
| JASPAR2018 | 通用电气谭 | JASPAR 2018的数据包 |
| joda | Ewa Szczurek | 利用知识量化基因解除管制的JODA算法 |
| JunctionSeq | 斯蒂芬·哈特利 | JunctionSeq:用于检测RNA-Seq数据中差异外显子和剪接连接使用的实用程序 |
| karyoploteR | Bernat凝胶 | 绘制显示任意数据的可定制线性基因组 |
| KCsmart | Jorma de Ronde | 多样本aCGH分析包使用核卷积 |
| 烤肉串 | 乌尔里希Bodenhofer | 基于核的生物序列分析 |
| KEGGgraph | 吉涛张大卫 | KEGGgraph: R和Bioconductor中KEGG通路的图方法 |
| KEGGlincs | 莎娜·怀特，马里奥·梅德维德维奇 | 可视化KEGG路径内的所有边缘并覆盖LINCS数据[选项] |
| keggorthology | VJ凯里 | 图支持KO, KEGG Orthology |
| KEGGprofile | 石林赵 | KEGG通路中多类型、多组表达数据的标注和可视化包 |
| KEGGREST | Bioconductor Package维护者 | 对KEGG的客户端REST访问 |
| kimod | M L Zingaretti | 集成多个Omics-Data的k-tables方法 |
| kissDE | Aurelie Siberchicot | 检索RNA-Seq数据中的条件特定变体 |
| lapmix | Yann Ruffieux | 芯片实验中的拉普拉斯混合模型 |
| LBE | 西里尔Dalmasso | 错误发现率的估计。 |
| ldblock | VJ凯里 | 种群中联动不平衡测量的数据结构 |
| LEA | Eric Frichot, Olivier Francois | LEA:景观与生态关联研究的R软件包 |
| LedPred | Aitor冈萨雷斯 | 从DNA中学习预测增强因子 |
| 莱斯 | 朱利安格林 | 识别微阵列数据平铺的差异效应 |
| lfa | 魏浩，约翰·d·斯托里 | 分类数据的逻辑因素分析 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 戈登•史密斯 | 带有两个彩色微阵列的limma封装GUI |
| 林肯 | Manuel Goepferich | lincRNAs与蛋白编码基因的共表达 |
| LineagePulse | 大卫·S·费舍尔 | 单细胞RNA-seq数据的差异表达分析和模型拟合 |
| Linnorm | 简顺恒业 | 线性模型和基于正态性的变换方法(Linnorm) |
| LiquidAssociation | Yen-Yi何 | LiquidAssociation |
| lmdme | 克里斯托瓦尔弗雷斯诺 | 设计多元实验的线性模型分解 |
| LMGene | 布莱斯Durbin-Johnson | LMGene软件用于基因表达阵列中差异表达基因的数据转换和鉴定 |
| LOBSTAHS | 詹姆斯•柯林斯 | 通过加合物层次序列筛选脂质和氧化脂质生物标志物 |
| loci2path | Tianlei徐 | loc2path:基于组织特异性表达qtl的基因组间隔调控注释 |
| logicFS | Holger Schwender | SNP相互作用的鉴定 |
| logitT | 托拜厄斯Guennel | logit-t包 |
| Logolas | 库什戴伊 | 具有字符串标识的EDLogo图和位置-权重矩阵的自适应缩放 |
| 哈哈 | 茵茵元 | 很多套索 |
| 萝拉 | 内森·谢菲尔德 | 基因座重叠分析富集基因组范围 |
| LowMACA | Stefano de Pretis, Giorgio Melloni | LowMACA -通过共识比对进行低频突变分析 |
| 简述 | Nitin耆那教徒的 | 局部池误差(LPE)方法分析微阵列数据的方法 |
| LPEadj | 卡尔Murie | 用基于样本量的无偏平差取代渐近方差平差的局部池误差(LPE)修正方法。 |
| lpNet | 佬司Kaderali | 网络推理的线性规划模型 |
| lpsymphony | 弗拉季斯拉夫•金 | 交响整数线性规划求解器 |
| 光民 | 杜攀，黄磊，冯刚 | Illumina甲基化和表达微阵列的BeadArray特异性方法 |
| LVSmiRNA | 斯特凡诺Calza | 安捷伦miRNA数据的LVS归一化 |
| LymphoSeq | 大卫·科菲 | 分析T细胞和B细胞受体的高通量测序 |
| M3C | 约翰克里斯多夫 | 蒙特卡洛一致聚类 |
| M3D | 汤姆·梅奥 | 识别不同测试组的不同甲基化区域 |
| M3Drop | 塔卢拉安德鲁斯 | 单细胞RNASeq缺失的Michaelis-Menten模型 |
| maanova | 基思·谢泼德 | 分析微阵列实验的工具 |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 可视化微阵列数据中的人工关联 |
| MACPET | Ioannis Vardaxis | 基于模型的对端数据分析 |
| made4 | Aedin Culhane | 使用ADE4对微阵列数据进行多变量分析 |
| MADSEQ | 于香港 | 利用大量平行测序数据的镶嵌非整倍体检测和定量 |
| maftools | Anand Mayakonda | 总结，分析和可视化MAF文件 |
| MAGeCKFlute | 吕张 | 汇集CRISPR功能基因筛选的整合分析管道 |
| maigesPack | Gustavo H. Esteves | 处理cDNA微阵列数据的功能，包括几种数据分析方法 |
| MAIT | 波尔Sola-Santos | 代谢组学数据的统计分析 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | CDF环境制作器 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | CGH微阵列标准化 |
| 外套 | Chris Berthiaume, Adrian Marchetti | 微生物组合标准化转录分析 |
| MantelCorr | 布莱恩Steinmeyer | 计算Mantel集群相关性 |
| mAPKL | 萨凯拉里欧Argiris | 基因表达数据的混合特征选择方法 |
| maPredictDSC | 阿迪·劳伦提乌·塔卡 | 使用微阵列数据进行表型预测:在IMPROVER诊断签名挑战赛中最佳整体团队的方法 |
| mapscape | 玛雅史密斯 | mapscape |
| marray | 杨尔华(Jean) | 双色斑点微阵列数据的探索性分析 |
| 马提尼 | 赫克托耳Climente-Gonzalez | 集成网络的GWAS |
| maSigPro | 玛丽亚·何塞·努埃达 | 基因表达谱在时间过程中的显著差异 |
| maskBAD | 迈克尔Dannemann | 结合亲和力差异的屏蔽探针 |
| MassArray | 里德·f·汤普森 | MassArray数据的分析工具 |
| massiR | 山姆Buckberry | massiR:微阵列样本性别标识符 |
| MassSpecWavelet | 杜潘 | 基于小波算法的质谱处理 |
| 桅杆 | 安德鲁McDavid | 基于模型的单细胞转录组学分析 |
| 火柴盒 | Luigi Marchionni, Anuj Gupta | 用于计算、比较和绘制特征的有序向量之间的一致性的实用程序。不同的基因组实验)。该软件包包括顶层通信(CAT)分析。 |
| MatrixRider | 埃琳娜格拉希 | 获得给定序列上结合位点矩阵的总亲和力和占有率 |
| 事 | 凯莉·a·比米斯 | 一个在磁盘上使用二进制数据进行快速原型设计的框架 |
| MaxContrastProjection | 简·萨奥尔 | 执行3D图像沿z维到2D的最大对比度投影 |
| MBAmethyl | 王涛 | 基于模型的DNA甲基化数据分析 |
| 工商管理硕士 | 奥列格Mayba | 软件包包含使用基于等位基因特异性表达检测的meta分析的ASE分析功能 |
| MBCB | 杰夫•艾伦 | 基于模型的天线阵背景校正 |
| mBPCR | P.M.V. Rancoita | DNA拷贝数估计的贝叶斯分段常数回归 |
| mbt | Yuan-De谭 | 多重Beta t检验 |
| mcaGUI | 韦德·k·科普兰 | 微生物群落分析GUI |
| MCbiclust | 罗伯特•边沁 | 基因表达数据和相关方法的海量相关双聚类 |
| MCRestimate | 马克•约翰内斯 | 交叉验证的误分类误差估计 |
| mCSEA | 乔迪Martorell-Marugan | 甲基化CpGs集富集分析 |
| mdgsa | 大卫褐煤 | 多维基因集分析。 |
| mdp | 举行Nakaya | 分子扰动程度计算分数转录组数据样本基于他们的扰动从控制 |
| mdqc | 加芙Cohen-Freue | 微阵列马氏距离质量控制 |
| 联合化疗 | 杰克M . .傅 | 靶向测序三人组从头缺失的检测 |
| 餐 | 卡洛斯Ruiz-Arenas | 进行甲基化分析 |
| MeasurementError.cor | 坞城叮 | 相关系数的测量误差模型估计 |
| MEDIPS | 卢卡斯查韦斯 | DNA IP-seq数据分析 |
| MEDME | 马狄亚 | MeDIP富集模拟实验数据 |
| MEIGOR | 何塞Egea | MEIGO -生物信息学全局优化的元启发式方法 |
| MergeMaid | 于宁波钟 | 合并女仆 |
| Mergeomics | Zeyneb库尔特 | 组学数据的整合网络分析 |
| MeSHDbi | 露崎引人入胜 | DBI从sqlite文件构造mesh相关包 |
| 网格 | Guangchuang余 | MeSH富集与语义分析 |
| meshr | 露崎引人入胜 | 进行MeSH富集分析的工具 |
| 墨西拿 | 马克Pinese | 单基因分类器和异常耐药检测两组差异表达和生存问题。 |
| metaArray | 遭受崔 | 整合微阵列数据进行荟萃分析 |
| 金属底座 | 拉斐尔Aggio | Metab:一个用于GC-MS生成的代谢组学数据高通量分析的R包。 |
| metabomxtr | 迈克尔Nodzenski | 一个包运行混合模型的截断代谢组学数据与正态或对数正态分布 |
| MetaboSignal | 安德里亚罗德里格斯马丁内斯，拉斐尔阿亚拉 | 代谢信号:一个基于网络的方法覆盖和探索代谢和信号通路KEGG |
| metaCCA | 安娜Cichonska | 基于统计的全基因组关联研究的多变量荟萃分析 |
| MetaCyto | Zicheng胡 | MetaCyto:用于细胞术数据荟萃分析的软件包 |
| metagene | 查尔斯·乔利·波帕朗 | 一种用于生成元地块的包 |
| metagenomeFeatures | 内森·d·奥尔森 | 标记-基因序列分类注释的探索 |
| metagenomeSeq | 约瑟夫·保尔森 | 稀疏高通量测序的统计分析 |
| MetaGxOvarian | 迈克尔·佐恩 | 转录组卵巢癌数据集 |
| metahdep | 约翰·r·史蒂文斯 | 元分析中的层次依赖性 |
| metaMS | 罗恩Wehrens | 基于ms的代谢组学注释管道 |
| MetaNeighbor | Manthan沙 | 单细胞复制性分析 |
| metaSeq | 露崎引人入胜 | 多个研究中RNA-Seq计数数据的meta分析 |
| metaseqR | Panagiotis Moulos | 结合多种统计算法对RNA-Seq数据进行分析和结果报告的R包。 |
| metavizr | 赫克托，科拉达，b队 | 用于交互式宏基因组学数据分析和可视化的metaviz web应用程序接口 |
| MetCirc | 托马斯Naake | 在高分辨率MS/MS代谢组学数据中导航质谱相似性 |
| methimpute | 亚伦Taudt | 基于模拟的基于WGBS数据的完整甲基组重建 |
| methInheritSim | 帕斯卡Belleau | 模拟全基因组遗传亚硫酸盐测序数据 |
| MethPed | 海伦娜卡伦 | 用于儿童脑肿瘤亚型鉴定的DNA甲基化分类工具 |
| MethTargetedNGS | 穆罕默德·艾哈迈德·贾米尔 | 对下一代测序数据进行甲基化分析 |
| methVisual | 阿里Zackay | DNA甲基化数据的可视化和统计方法 |
| methyAnalysis | 杜攀，黄磊，冯刚 | DNA甲基化数据分析和可视化 |
| MethylAid | 范·特尔森先生 | 大型Illumina DNA甲基化阵列数据集的可视化和交互式质量控制 |
| methylInheritance | 阿斯特丽德Deschenes | 基于置换的分析将保守的差异甲基化元素从一代到下一代与治疗效果联系起来 |
| methylKit | Altuna Akalin, Alexander Gosdschan | 高通量亚硫酸盐测序结果的DNA甲基化分析 |
| MethylMix | 奥利弗Gevaert | MethylMix:鉴定甲基化驱动的癌症基因 |
| methylMnM | 燕周 | 检测不同甲基化水平(DMR) |
| methylPipe | 卡马尔•基 | 碱基分辨率DNA甲基化数据分析 |
| MethylSeekR | 卢卡斯汉堡 | Bis-seq数据的分割 |
| methylumi | 肖恩·戴维斯 | 处理Illumina甲基化数据 |
| methyvim | 尼玛赫亚兹 | 差异甲基化分析的目标变量重要性 |
| mfa | 基兰•坎贝尔 | 基因组分岔建模的贝叶斯分层混合因子分析 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 时间序列基因表达数据的软聚类 |
| MGFM | Khadija El Amrani | 微阵列基因表达数据中的标记基因查找器 |
| MGFR | Khadija El Amrani | RNA-seq数据中的标记基因查找器 |
| mgsa | 塞巴斯蒂安·鲍尔 | 基于模型的基因集分析 |
| MiChip | 乔纳森•布莱克 | 芯片解析和汇总功能 |
| 微生物组 | 狮子座拉赫蒂 | 微生物分析 |
| 微 | 《詹姆斯·f·里德》 | 处理microrna的数据和功能 |
| MIGSA | 胡安·c·罗德里格斯 | 大量和综合基因集分析 |
| mimager | 亚伦Wolen | 微成像仪:芯片成像仪 |
| 含羞草 | 格雷格Finak | 用于单细胞检测的混合模型 |
| MineICA | 安妮Biton | 基因组学数据获得的ICA分解分析 |
| minet | 帕特里克·e·迈耶 | 互信息网络 |
| minfi | 卡斯珀丹尼尔汉森 | 分析Illumina Infinium DNA甲基化阵列 |
| MinimumDistance | Robert B Scharpf | Case-Parent Trios中De Novo CNV检测包 |
| MiPP | Sukwoo金 | 误分类，后分类 |
| 米拉 | 约翰·劳森 | 基于甲基化的调控活性推断 |
| 海市蜃楼 | Y-h。田口方法 | MiRNA基因表达排序 |
| miRBaseConverter | Taosheng徐 | 一个全面和高效的工具，用于转换和检索不同miRBase版本的mirna信息 |
| miRcomp | 马修·n·麦考尔 | 评估和比较miRNA表达估计方法的工具 |
| mirIntegrator | 戴安娜·迪亚兹 | 将microRNA表达整合到信号通路中进行通路分析 |
| miRLAB | 苏德乐 | 探索miRNA-mRNA关系的干燥实验室 |
| miRmine | 科维奇Randjelovic | 数据包使用miRmine数据库中的miRNA-seq数据集作为rangedsummarizeexperiment |
| miRNAmeConverter | Stefan J. Haunsberger | 转换miRNA名称到不同miRBase版本 |
| miRNApath | 詹姆斯·m·沃德 | miRNApath: miRNA表达数据的途径富集 |
| miRNAtap | Maciej Pajak | miRNAtap: microRNA目标-汇总预测 |
| miRsponge | Junpeng张 | miRNA海绵相互作用网络和模块的鉴定与分析 |
| Mirsynergy | 李越 | Mirsynergy |
| missMethyl | 贝琳达·菲普森，约瓦娜·马克西莫维奇，安德鲁·朗斯代尔 | 分析Illumina人甲基化芯片数据 |
| missRows | 冈萨雷斯Ignacio | 多组数据集成中缺失个体的处理 |
| mitoODE | 格雷戈勒加索尔 | “全基因组RNAi活细胞成像测定中表型的动态建模”中描述的微分方程模型的实现 |
| MLInterfaces | 诉凯利 | 统一接口到R机器学习程序的数据在Bioconductor容器 |
| 中长期规划 | 韦贝克托拜厄斯 | 中长期规划 |
| MLSeq | Gokmen Zararsiz | RNA-Seq数据的机器学习接口 |
| MMDiff2 | Gabriele Schweikert | ChIP-Seq数据集的统计测试 |
| MmPalateMiRNA | 家伙布鲁克 | 小鼠上颚miRNA表达分析 |
| 这种款式 | 李董 | MODA:加权基因共表达网络的模块差异分析 |
| mogsa | 陈孟 | 多组学数据整合聚类和基因集分析 |
| 单片眼镜 | 科尔杰尔 | 单细胞RNA-Seq的聚类、差异表达和轨迹分析 |
| MoonlightR | Antonio Colaprico, Catharina Olsen | 从组学数据中识别癌基因和抑癌基因 |
| 拖把 | 菲利普es | 基于模型的周期性筛选 |
| 马赛克 | 东峻涌 | 基于模型的ChIP-Seq一、二样本分析与推断 |
| motifbreakR | 西蒙·格特·库切 | 预测转录因子结合位点上单核苷酸多态性的破坏性 |
| motifcounter | 沃尔夫冈•科普 | 用于分析DNA序列中TFBSs的R包 |
| MotifDb | 保罗·香农 | 蛋白质- dna结合序列基序注释集 |
| motifmatchr | 艾丽西亚Schep | 快速图案匹配在R |
| motifRG | Zizhen么 | 鉴别基序发现包，专为高通量测序数据集设计 |
| motifStack | Jianhong欧 | 为单个或多个DNA, RNA和氨基酸序列绘制堆叠标志 |
| MotIV | Eloi Mercier, Raphael Gottardo | 基序鉴定与验证 |
| MPFE | 康拉德的负担 | 亚硫酸盐测序数据对扩增子甲基化模式分布的估计 |
| mpra | 莱斯利敏 | 分析大量并行报告分析 |
| mQTL。核磁共振 | Lyamine Hedjazi | 代谢组学定量性状位点定位的1H NMR数据 |
| msa | 乌尔里希Bodenhofer | 多序列比对 |
| msgbsR | 本杰明·梅恩 | msgbsR:甲基化敏感基因分型测序(MS-GBS) R功能 |
| MSGFgui | 托马斯·林·彼得森 | MSGFplus的闪亮GUI |
| MSGFplus | 托马斯·林·彼得森 | R和MS-GF+之间的接口 |
| msmsEDA | 约瑟Gregori | 光谱计数法对LC-MS/MS数据进行探索性数据分析 |
| msmsTests | 约瑟夫·格雷戈里·丰特 | LC-MS/MS差异表达试验 |
| MSnbase | 劳伦特与 | 质谱和蛋白质组学的基本函数和类 |
| MSnID | 弗拉德Petyuk | 探索和评估LC-MSn蛋白质组学鉴定置信度的实用程序 |
| msPurity | 托马斯·n·劳森 | 代谢组学中基于质谱碎片化的前体离子纯度自动评价 |
| MSstats | 之一Meena崔 | 无标签或基于标签的蛋白质组学实验中DDA、SRM和DIA的蛋白质显著性分析 |
| MSstatsQC | Eralp人偶 | 蛋白质组学实验纵向系统适宜性监测与质量控制 |
| MSstatsQCgui | Eralp人偶 | 一个图形用户界面的MSstatsQC包 |
| Mulcom | 克劳迪奥·Isella | 计算Mulcom测试 |
| MultiAssayExperiment | 马塞尔·拉莫斯 | Bioconductor中集成多组学实验的软件 |
| multiClust | 内森软件 | multiClust:一个识别癌症转录组中生物学相关簇的r包 |
| MultiDataSet | 卡洛斯Ruiz-Arenas | MultiDataSet和ResultSet的实现 |
| MultiMed | Simina M. Boca | 同时检测多种生物介质 |
| multiMiR | 马特Mulvahill | 整合与疾病和药物相关的多个microrna靶标数据库 |
| multiOmicsViz | 王静 | 沿着染色体绘制一个组学数据对其他组学数据的影响 |
| 多屏幕 | Mizanur Khondoker | 用于组合多个扫描的R包 |
| 乘 | 凯瑟琳·s·波拉德 | 基于重采样的多重假设检验 |
| 肌肉 | Alex T. Kalinka | 基于MUSCLE的多序列比对 |
| MutationalPatterns | Francis Blokzijl, Roel Janssen | 突变过程的全基因组综合分析 |
| MVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)类 |
| MWASTools | 安德里亚罗德里格斯马丁内斯，拉斐尔阿亚拉 | mwastols:一种用于全代谢组关联研究的集成管道 |
| mygene | Adam Mark, Cyrus Afrasiabi, Wu Chunlei | 访问MyGene。Info_服务 |
| myvariant | 亚当·马克，吴春蕾 | 访问MyVariant.info变量查询和注释服务 |
| mzID | 托马斯·林·彼得森 | 一个用于R的mzIdentML解析器 |
| mzR | Steffen Neumann, Laurent Gatto, Qiang Kou | 解析器用于netCDF, mzXML, mzData和mzML和mzIdentML文件(质谱数据) |
| NADfinder | 欧建红，朱丽华 | 调用宽峰测序数据 |
| NanoStringDiff | 翟婷婷，王红 | NanoString nCounter数据的差异表达分析 |
| NanoStringQCPro | 罗伯特•齐曼 | NanoString mRNA基因表达数据的质量指标和数据处理方法 |
| NarrowPeaks | 佩德罗情歌 | 基于形状的ChIP-seq变异的功能PCA分析 |
| ncdfFlow | 迈克江 | ndfflow:为流式细胞术数据提供基于HDF5存储的包。 |
| NCIgraph | 洛朗•雅各布 | 来自NCI通路数据库的通路 |
| ndexr | Florian奥尔 | NDEx R客户端库 |
| nem | Holger Froehlich | (动态)嵌套效应模型和确定性效应传播网络重建表型层次 |
| netbenchmark | 加索尔Bellot | 几种基因网络推理方法的基准测试 |
| netbiov | Shailesh tripathi | 一个用于可视化复杂生物网络的软件包 |
| nethet | 尼古拉斯·斯泰德，弗兰克·唐德林杰 | 用于高维生物网络异质性探索的生物导体包 |
| NetPathMiner | 艾哈迈德穆罕默德 | NetPathMiner用于生物网络构建，路径挖掘和可视化 |
| netprioR | 费边Schmich | 基于网络的基因优先排序模型 |
| netReg | 西蒙Dirmeier | 网络正则化回归模型 |
| netresponse | 狮子座拉赫蒂 | 功能网络分析 |
| NetSAM | Bing张 | 网络序列化和模块化 |
| netSmooth | 乔纳森Ronen | 用于scRNAseq的网络平滑 |
| networkBMA | 杨家仪 | 基于贝叶斯模型平均的回归网络推理 |
| NGScopy | 小贝赵 | NGScopy:下一代测序中拷贝数变异的检测 |
| nnNorm | 阿迪·劳伦提乌·塔卡 | 基于鲁棒神经网络的cDNA微阵列数据空间和强度归一化 |
| NOISeq | 索尼娅Tarazona | RNA-seq数据的探索性分析和差异表达 |
| nondetects | Valeriia Sherina | qPCR数据中未检测到 |
| normalize450K | 乔纳森·亚历山大·海斯 | Illumina Infinium 450K数据的预处理 |
| NormqPCR | 詹姆斯·珀金斯 | RT-qPCR数据归一化功能 |
| normr | 约翰内斯·赫尔穆特 | ChIP-seq数据的归一化和差分调用 |
| npGSEA | 杰西卡·拉森 | 基因集富集分析的排列近似方法(非排列GSEA) |
| 特种加工 | 远华刘 | 利用常微分方程(ODE)方法预测基因网络 |
| nucleoSim | 阿斯特丽德Deschenes | 生成合成核小体图 |
| 诊断 | 里卡德Illa | 核小体定位包 |
| 推动 | n .院长 | 正常均匀差异基因表达检测 |
| NuPoP | 中正大学王 | 核小体定位预测的R包 |
| occugene | 奥利弗将 | 多项式占用分布的函数 |
| OCplus | 亚历山大plone ( | 微阵列实验的工作特性加上样本大小和局部fdr |
| odseq | 何塞·吉梅内斯 | 多序列比对中的异常值检测 |
| OGSA | 迈克尔·f·奥克斯 | 离群基因集分析 |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 寡核苷酸阵列预处理工具 |
| oligoClasses | Benilton Carvalho和Robert Scharpf | 类用于oligo和crlmm支持的高吞吐量数组 |
| 奥林 | 马提亚Futschik | 优化双色微阵列的局部强度依赖归一化 |
| OLINgui | 马提亚Futschik | 图形用户界面的OLIN |
| OmaDB | Klara Kaleb, Adrian Altenhoff | 用于OMA REST API的R包装器 |
| omicade4 | 陈孟 | 组学数据集的多重共惯性分析 |
| OmicCircos | 胡应 | 组学数据的高质量圆形可视化 |
| omicplotR | 丹尼尔Giguere | 使用闪亮的应用程序对Omic数据集进行视觉探索 |
| omicRexposome | 卡莱斯Hernandez-Ferrer | 暴露和基因组数据关联和集成分析 |
| OmicsMarkeR | 小查尔斯·e·德特曼 | 组学数据集的分类和特征选择 |
| omicsPrint | 戴维的猫 | 交叉基因组基因指纹 |
| 奥纳西斯 | 尤金尼亚Galeota | OnASSIs本体标注和语义相似度软件 |
| oncomix | 丹尼尔·皮克 | 从肿瘤正常mRNA表达数据中识别肿瘤亚群中过表达的基因 |
| OncoScore | Daniele Ramazzotti | 一个识别潜在致癌基因的工具 |
| OncoSimulR | 雷蒙Diaz-Uriarte | 肿瘤上位性进展的正向遗传模拟 |
| oneSENSE | 陈永基 | 非线性随机嵌入的一维单表达式(OneSENSE) |
| ontoProc | VJ凯里 | 解剖、细胞系等本体的处理 |
| openCyto | 迈克江 | 流式细胞术数据的分层门控管道 |
| openPrimeR | 马蒂亚斯•多尔 | 多重PCR引物设计与分析 |
| openPrimeRui | 马蒂亚斯•多尔 | 多重PCR引物设计与分析的闪亮应用 |
| oposSOM | 亨利Loeffler-Wirth | 转录组数据综合分析 |
| oppar | Soroor Hediyeh zadeh | R的异常值分布和通路分析 |
| OPWeight | 穆罕默德哈桑 | 具有独立信息的最优p值加权 |
| OrderedList | 克劳迪奥·Lottaz | 有序基因表的相似性 |
| ORFik | Kornel Labun | 基因组学中的开放阅读框架 |
| Organism.dplyr | 马丁•摩根 | 基于dplyr的生物导体注释资源访问 |
| OrganismDbi | Biocore数据团队 | 软件，使不同的数据库包的平滑接口 |
| OSAT | 李彦 | OSAT:最佳样本分配工具 |
| Oscope | 宁愣了 | Oscope -一个用于识别非同步单细胞rna序列中振荡基因的统计管道 |
| OTUbase | 丹尼尔·贝克 | 提供OTU数据分析的结构和功能 |
| OutlierD | Sukwoo金 | 利用分位数回归对高通量数据的M-A散点图进行离群值检测 |
| PAA | Michael Turewicz, Martin Eisenacher | 蛋白质阵列分析仪 |
| PADOG | 阿迪·劳伦提乌·塔卡 | 重叠基因降权通路分析(PADOG) |
| paircompviz | 米甲Burda | 多重对比测验可视化 |
| pandaR | 约瑟夫·n·保尔森，丹·施劳赫 | 熊猫算法 |
| panelcn.mops | Gundula Povysil | 针对NGS面板数据的CNV检测工具 |
| PAnnBuilder | 李红 | 蛋白质注释数据包构建器 |
| panp | 华伦 | 负链匹配问题集的存在-缺失调用 |
| PANR | 新王 | 后验关联网络和功能模块从丰富的基因扰动表型推断 |
| PanVizGenerator | 托马斯·林·彼得森 | 生成PanViz可视化从你的泛基因组 |
| 爸爸 | 拉斐尔Aggio | 基于代谢组学数据预测代谢途径活性 |
| parglms | VJ凯里 | 支持glm / gee的并行估计 |
| 拙劣的模仿 | VJ凯里 | 参数化和抗性异常值检测 |
| Path2PPI | 奥利弗•菲利普 | 通路相关蛋白-蛋白相互作用网络的预测 |
| pathifier | Assif Yitzhaky | 量化癌症途径的放松管制 |
| PathNet | 杰森·b·史密斯 | 一个R包路径分析使用拓扑信息 |
| PathoStat | Solaiappan Manimaran, Yue Zhao | 病理统计微生物组分析包 |
| pathprint | Sokratis Kariotis | 基因表达序列分析的路径指纹图谱 |
| pathRender | 文斯凯里 | 呈现分子通路 |
| pathVar | 塞缪尔·齐默尔曼 | 方法寻找具有显著差异变异性的途径 |
| pathview | Weijun罗 | 基于路径的数据集成和可视化工具集 |
| PathwaySplice | 爱民严 | 一个无偏剪接通路分析的R包 |
| paxtoolsr | 奥古斯汀卢娜 | PaxtoolsR:通过BioPAX和Pathway Commons从多个数据库访问路径 |
| Pbase | 塞巴斯蒂安·吉布，劳伦·加托 | 操纵和探索蛋白质和蛋白质组学数据 |
| pbcmc | 克里斯托瓦尔弗雷斯诺 | 基于排列的分子分类置信度 |
| pcaExplorer | 费德里科•马里尼 | 使用主成分方法的RNA-seq数据交互式可视化 |
| pcaGoPromoter | Morten汉森 | pcaGoPromoter用于分析DNA微阵列数据 |
| pcaMethods | 亨宁Redestig | 一个PCA方法的集合 |
| PCAN | 马修·佩奇和帕特里斯·戈达尔 | 表型一致分析(PCAN) |
| pcot2 | 莎拉的歌 | 主坐标和霍特林的t平方法 |
| PCpheno | 诺尔温·勒穆尔 | 表型和细胞组织单位 |
| pcxn | Sokratis Kariotis | 利用pcxnData包探索、分析和可视化函数 |
| pdInfoBuilder | Benilton卡瓦略 | 平台设计信息包生成器 |
| PECA | 托米-芬兰语 | 探针级表达式变化平均 |
| pepStat | 格雷戈里·C·伊姆霍尔特 | 肽芯片的统计分析 |
| pepXMLTab | 小菁王 | 解析pepXML文件和基于肽FDR的过滤器。 |
| perturbatr | 西蒙Dirmeier | 高通量遗传扰动筛选的统计分析 |
| PGA | 文博，徐绍航 | 通过定制的RNA-Seq数据库鉴定新肽包 |
| pgca | 加芙Cohen-Freue | PGCA:连接从MS/MS数据创建的蛋白质组的算法 |
| PGSEA | 卡尔Dykema | 参数化基因集富集分析 |
| phantasus | Alexey Sergushichev | 可视化和交互式基因表达分析 |
| PharmacoGx | 本杰明Haibe-Kains | 大规模药物基因组学数据分析 |
| phenoDist | 西安张 | 表型距离测量 |
| phenopath | 基兰•坎贝尔 | 具有异质遗传和环境背景的基因组轨迹 |
| phenoTest | Evarist星球 | 以高效、结构化、快速和可扩展的方式测试基因表达与表型之间关联的工具。我们也提供工具做GSEA(基因集富集分析)和拷贝数变异。 |
| PhenStat | 哈米德Haselimashhadi | 表型数据的统计分析 |
| philr | 贾斯汀·西尔弗曼 | 基于系统发育划分的宏基因组数据ILR转换 |
| phosphonormalizer | 索拉博Saraei | 补偿了磷蛋白质组学中位数归一化带来的偏差 |
| phyloseq | 保罗·j·麦克默迪 | 高通量微生物组普查数据的处理和分析 |
| π | 海方 | 利用遗传证据在基因和通路水平上优先考虑药物靶点 |
| 钢琴 | 列夫Varemo | 组学数据综合分析平台 |
| pickgene | 布莱恩·s·杨德尔 | 微阵列表达数据分析的自适应基因选择 |
| 图片 | 升Sauteraud | ChIP-seq的概率推断 |
| Pigengene | Habil Zare | 从基因表达数据推断生物学特征 |
| 平 | 升Sauteraud | 基于mase或超声短读数据的核小体定位的概率推断 |
| 一品脱的量 | olli - pekka Huovilainen | 功能基因组数据的两两整合 |
| pkgDepTools | 生物导体核心团队 | 软件包依赖工具 |
| plateCore | 埃罗尔应变 | 基于平板流式细胞术的统计工具和数据结构 |
| plethy | 丹尼尔底部 | 用于探索和分析呼吸测量数据的R框架 |
| plgem | 诺曼·帕夫卡 | 利用幂律全局误差模型(PLGEM)检测微阵列和蛋白质组学数据集中的差异表达 |
| 钳子 | Crispin米勒 | 实现Affymetrix PLIER算法 |
| PLPE | Soo-heang Eo | 配对高通量数据差分表达式的局部池错误测试 |
| 赢钱 | Gwenael G.R. Leday to | 片段线性回归样条(PLRS)用于DNA拷贝数与基因表达之间的关系 |
| plw | 马格努斯搁浅地 | 探测水平局部调节加权t检验。 |
| plyranges | 斯图尔特•李 | 操作GenomicRanges的流畅接口 |
| pmm | 安娜Drewek | 并行混合模型 |
| podkat | 乌尔里希Bodenhofer | 位置相关核关联测试 |
| pogo | VJ凯里 | 药物基因组学本体支持 |
| 聚酯 | 傅杰克，杰夫·韭菜 | 模拟RNA-seq读取 |
| Polyfit | 康拉德的负担 | 附加到DESeq以改进p值和q值 |
| 帖子 | 学苑曹 | 高维数据的正交空间投影检验 |
| PowerExplorer | 徐巧 | RNA-Seq和蛋白质组学数据的功率估计工具 |
| powerTCR | 希拉里·科赫 | 基于模型的TCR库比较分析 |
| PPInfer | Dongmin荣格 | 利用蛋白质相互作用网络推断功能相关蛋白 |
| ppiStats | Bioconductor Package维护者 | 蛋白质-蛋白质相互作用统计包 |
| pqsfinder | 雅罗西克亲爱的 | 潜在四重体形成序列的识别 |
| 普拉达 | Florian Hahne | 基于细胞功能分析的数据分析 |
| prebs | Karolis Uziela | 对RNA-seq数据进行探针区域表达估计，以提高微阵列的可比性 |
| PREDA | 弗朗西斯科·法拉利 | 岗位相关数据分析 |
| predictionet | Benjamin Haibe-Kains, Catharina Olsen | 为(但不限于)基因组数据设计的预测网络的推理 |
| preprocessCore | 本Bolstad | 预处理函数的集合 |
| 奖 | Daryanaz Dargahi | 奖品:一个基于层次分析法的优先级估计R包 |
| proBAMr | 小菁王 | 为shotgun蛋白质组学数据中的psm生成SAM文件 |
| 过程 | 小春就李 | Ciphergen SELDI-TOF处理 |
| procoil | 乌尔里希Bodenhofer | 卷曲卷曲蛋白的寡聚化预测 |
| ProCoNA | 大卫·吉布斯 | 蛋白共表达网络分析(ProCoNA) |
| proFIA | 亚历克西斯Delabriere | FIA-HRMS数据的预处理 |
| profileScoreDist | 帕尔O.韦斯特马克 | 配置文件得分分布 |
| 后代 | 迈克尔·舒伯特 | 从基因表达推断活性的通路响应基因 |
| pRoloc | 劳伦特与 | 空间蛋白质组学的统一生物信息学框架 |
| pRolocGUI | 劳伦·加托，丽莎·M·布雷克尔斯 | 空间蛋白质组学数据的交互式可视化 |
| 承诺 | Stan Pounds，我是曹学元 | 投射到最有趣的统计证据上 |
| 适当的 | 吴皓 | RNAseq的前瞻性功效评估 |
| 道具 | Lichy汉 | 概率路径评分(PROPS) |
| Prostar | 撒母耳Wieczorek | 为DAPAR提供GUI |
| prot2D | Sebastien Artigaud | 2D凝胶电泳体积数据统计工具 |
| proteinProfiles | 朱利安格林 | 蛋白质分析 |
| ProteomicsAnnotationHubData | 劳伦特与 | 将公共蛋白质组学数据资源转换为Bioconductor数据结构 |
| proteoQC | 博温 | 蛋白质组学数据质量控制的R包 |
| ProtGenerics | 劳伦特与 | 生物导体蛋白质组学基础设施的S4通用功能 |
| PSEA | 亚历山大·库恩 | 群体特异性表达分析。 |
| psichomics | 努诺·Saraiva-Agostinho | 可选剪接量化、分析和可视化的图形界面 |
| PSICQUIC | 保罗·香农 | 蛋白质组学标准倡议公共查询接口 |
| psygenet2r | Alba Gutierrez-Sacristan | psygenet2r -用于查询PsyGeNET和执行精神疾病共病研究的R包 |
| 彪马 | Xuejun刘 | 微阵列分析中的传播不确定性(包括Affymetrix传统的3'阵列和外显子阵列以及人类转录组阵列2.0) |
| PureCN | 马库斯·里斯特 | 基于目标短读测序的拷贝号调用和SNV分类 |
| pvac | 吕军，Pierre R. Bushel | 基于pca的Affymetrix阵列基因滤波 |
| pvca | 李将鹰 | 主方差成分分析(PVCA) |
| Pviz | 升Sauteraud | 使用Gviz的肽段注释和数据可视化 |
| PWMEnrich | 罗伯特Stojnic | PWM富集分析 |
| pwOmics | 麻仁Sitte | 基于路径的组学数据集成 |
| qcmetrics | 劳伦特与 | 质量控制框架 |
| QDNAseq | 达乌德您 | 染色体畸变的定量DNA测序 |
| qpcrNorm | 杰西卡3月 | 高通量qPCR数据的数据驱动规范化策略。 |
| qpgraph | 罗伯特Castelo | 从高通量基因组学数据估计遗传和分子调控网络 |
| qrqc | 文斯水牛 | 快速读取质量控制 |
| qsea | 马提亚Lienhard | IP-seq数据分析和可视化 |
| 限定符 | 迈克江 | 门控流式细胞术实验的质量控制 |
| quantro | 斯蒂芬妮·希克斯 | 测试何时使用分位数规范化 |
| quantsmooth | 1月东 | 分位数平滑和阵列数据的基因组可视化 |
| QuartPAC | 格里高利Ryslik | 蛋白质四级结构突变簇的鉴定。 |
| QuasR | 迈克尔·施 | 量化和注释短读R |
| QuaternaryProd | 卡尔·托尼·法克里 | 计算有符号和无符号因果图的第四元点积评分统计量 |
| QUBIC | 余张 | 一个R包定性双聚类，以支持基因共表达分析 |
| qusage | 克里斯托弗·保伦 | 用途:用于基因表达的定量集分析 |
| qvalue | 约翰D.斯托里，安德鲁J.巴斯 | 错误发现率控制的q值估计 |
| R3CPET | 穆罕默德·纳迪尔·杰基尔 | 3CPET:用层次Dirichlet过程在china - pet实验中寻找辅因子复合物 |
| r3Cseq | Supat Thongjuea | 染色体构象捕获与新一代测序(3C-seq)分析 |
| R453Plus1Toolbox | 汉斯克莱因 | 一个包导入和分析数据从罗氏的基因组测序系统 |
| R4RNA | 丹尼尔·赖 | 一个用于RNA可视化和分析的R包 |
| RaggedExperiment | 马丁•摩根 | 跨样本的稀疏实验和分析的表示 |
| 雨 | Paul F. Thaben | 结合非参数方法的节奏分析 |
| 罗摩 | 拉斐尔Gottardo | 微阵列鲁棒性分析 |
| RamiGO | 马库斯·施罗德 | AmiGO可视化R界面 |
| ramwas | 安德烈·A·沙巴林 | 用于富集平台的快速甲基组关联研究管道 |
| RandomWalkRestartMH | Alberto Valdeolivas Urbelz | 多路异构网络中带重启的随机漫步 |
| randPack | 罗伯特先生 | 临床试验随机化例程 |
| RankProd | 弗朗西斯科·德尔·卡拉托雷 | 秩积法鉴别差异表达基因及其在meta分析中的应用 |
| RareVariantVis | 托马斯Stokowy | 用于分析全基因组测序数据中的罕见基因组变异的套件 |
| Rariant | 朱利安格林 | 通过非一致碱基呼叫频率的变化识别和评估单核苷酸变异 |
| RbcBook1 | 文斯凯里 | 支持施普林格生物导体专著 |
| RBGL | Bioconductor Package维护者 | BOOST图形库的接口 |
| RBioinf | 罗伯特先生 | RBioinf |
| rBiopaxParser | 弗兰克·克莱默 | 解析BioPax文件并用R表示它们 |
| 遏制 | Dongmei李 | RBM:用于微阵列和RNA-Seq数据分析的R包 |
| Rbowtie | 迈克尔·施 | R领结包装纸 |
| Rbowtie2 | 郑魏 | 用于蝴蝶结和适配器移除的R包装器 |
| rbsurv | Soo-heang Eo | 基于微阵列数据的鲁棒可能性生存模型 |
| Rcade | 乔纳森·凯恩斯 | 基于r的ChIP-seq和差异表达分析-一个将基于计数的ChIP-seq分析与差异表达汇总数据集成的工具 |
| 美国广播公司 | 拉博拉Uyar | RNA中心标注系统 |
| RCASPAR | Douaa Mugahid, Lars Kaderali | 基于分段基线风险Cox回归模型的生存时间预测包。 |
| rcellminer | Augustin Luna, Vinodh Rajapakse, Fathi Elloumi | rcellminer: NCI-60细胞系的分子特征和药物反应 |
| rCGH | 弗雷德里克通讯器 | 基于数组的CGH数据分析和可视化综合管道 |
| Rchemcpp | 京特·Klambauer | 化合物的相似度测量 |
| RchyOptimyx | Adrin Jalali, Nima Aghaeepour | 流式细胞术优化细胞层次 |
| RcisTarget | 莎拉Aibar | RcisTarget:鉴定基因列表中富集的转录因子结合基序 |
| Rcpi | 南肖 | 药物发现中化合物-蛋白质相互作用的分子信息学工具箱 |
| RCy3 | Alexander Pico, Tanja Muetze, Paul Shannon | 访问和控制细胞景观的功能 |
| RCyjs | 保罗·香农 | 在cytoscape.js中显示和操作图形 |
| RDAVIDWebService | 克里斯托瓦尔弗雷斯诺 | 一个R包，用于使用Web服务API从DAVID检索数据到R对象。 |
| rDGIdb | 托马斯Thurnherr | 为DGIdb的R包装器 |
| Rdisop | 史蒂芬诺依曼 | 同位素模式分解 |
| RDRToolbox | Christoph Bartenhagen | 一个用Isomap和LLE进行非线性降维的包。 |
| ReactomePA | Guangchuang余 | 反应途径分析 |
| readat | 理查德棉花 | 读取和操作SomaLogic ADAT文件的功能 |
| ReadqPCR | 詹姆斯·珀金斯 | 读取qPCR数据 |
| 犹太人的尊称 | 卡尔·j·戴科马 | 地域表达偏见 |
| 重新计票 | 莱昂纳多Collado-Torres | 探索和下载来自重新计票项目的数据 |
| 收回 | Panagiotis Moulos | 一个R包，用于创建复杂的基因组剖面图 |
| 红色的 | 毛罗·卡斯特罗 | 嵌套网络的交互式可视化和操作 |
| REDseq | 朱丽华 | 限制性内切酶高通量测序数据分析 |
| RefNet | 保罗·香农 | 可查询的分子相互作用的集合，从许多来源 |
| RefPlus | Kai-Ming常 | 外推策略(RMA+)和外推平均(RMA++)方法的函数集。 |
| 地区 | Bernat凝胶 | 基于排列测试的基因组区域关联分析 |
| regionReport | 莱昂纳多Collado-Torres | 生成一组基因组区域或DESeq2/edgeR结果的HTML或PDF报告 |
| regsplice | 卢卡斯·韦伯 | 基于l1正则化的差分拼接检测方法 |
| REMP | 忆南向郑 | 重复元件甲基化预测 |
| Repitools | 马克。罗宾逊 | 外遗传性工具 |
| ReportingTools | Jason A. Hackney, Gabriel Becker, Jessica L. Larson | 用于制作各种格式报告的工具 |
| ReQON | 克里斯托弗Cabanski | 重新校准核苷酸的质量 |
| restfulSE | 什维塔Gopaulakrishnan | 通过summarizedexexperiment接口访问类似矩阵的HDF5服务器内容或BigQuery内容 |
| rexposome | 卡莱斯Hernandez-Ferrer | 暴露探索和结果数据分析 |
| rfPred | 雨果Varet | 将rfPred功能预测分数分配给错义变体列表 |
| rGADEM | Arnaud所有权 | 从头开始发现母题 |
| RGalaxy | Bioconductor Package维护者 | 在Galaxy web平台上提供R功能 |
| Rgin | 赫克托耳Climente | R型琴 |
| RGMQL | 西蒙·帕洛 | R/Bioconductor的基因组学查询语言 |
| RGraph2js | 史蒂芬卡诺 | 将图形转换为D3js脚本 |
| Rgraphviz | 卡斯珀丹尼尔汉森 | 为R图形对象提供绘图功能 |
| rGREAT | Zuguang顾 | GREAT分析客户 |
| RGSEA | 成成马 | 随机基因集富集分析 |
| rgsepd | Stamm卡尔 | 基因集富集/投影显示 |
| rhdf5 | 迈克•史密斯 | HDF5接口到R |
| rhdf5client | Samuela波拉克 | 从h5serv访问HDF5内容 |
| Rhdf5lib | 迈克•史密斯 | hdf5库作为R包 |
| Rhtslib | Bioconductor Package维护者 | HTSlib高通量测序库作为R包 |
| rHVDM | 马蒂诺Barenco | 隐变量动态建模 |
| RiboProfiling | 答:Popa | 核糖体分析数据分析:从BAM到数据表示和解释 |
| riboSeqR | 托马斯·j·哈德卡斯尔 | 核糖体分析实验测序数据分析 |
| RImmPort | 胡自成，拉维·尚卡尔 | rimport:支持现成的分析免疫学研究数据 |
| 林格 | j . Toedling | 芯片-芯片寡阵列的研究 |
| RIPSeeker | 李越 | RIPSeeker:用于从RIP-seq实验中识别蛋白质相关转录本的统计软件包 |
| Risa | Alejandra Gonzalez-Beltran | 将实验元数据从isa标签转换为Bioconductor数据结构 |
| 日坛 | 迈克尔·齐默尔曼 | 术语标注与网络资源的快速整合 |
| 河 | Yungil金 | R包RIVER (RNA-Informed Variant Effect on Regulation) |
| RJMCMCNucleosomes | 阿斯特丽德Deschenes | 基于高通量短读数据(MNase-Seq)的全基因组核小体定位贝叶斯层次模型 |
| RLMM | Nusrat Rabbee | Affymetrix SNP阵列的基因型调用算法 |
| Rmagpie | 卡米尔Maumet | 基于微阵列基因表达的程序错误率估计 |
| RMassBank | 在eaway的massbank | 处理串联MS文件和建立MassBank记录的工作流程 |
| rMAT | 阿诺·德洛特和拉斐尔·戈达多 | R实现从MAT程序对平铺阵列和ChIP-chip数据进行归一化和分析。 |
| RmiR | 弗朗西斯科·Favero | 用R包装miRNA和miRNA靶标 |
| RNAdecay | 里德索伦森 | RNA降解数据的最大似然衰减模型 |
| RNAinteract | 贝恩德•菲舍尔 | 从多维特征估计成对交互 |
| RNAither | 佬司Kaderali | 高通量RNAi筛选的统计分析 |
| RNAprobR | Nikos Sidiropoulos | 一个用于分析基于大量平行测序的RNA结构探测数据的R包 |
| rnaseqcomp | Mingxiang腾 | RNA-seq定量管道的基准 |
| rnaSeqMap | 米甲Okoniewski | rnaSeq二次分析 |
| RNASeqPower | Terry M Therneau | RNAseq研究的样本量 |
| RnaSeqSampleSize | 石林赵 | RnaSeqSampleSize |
| RnBeads | 费边穆勒 | RnBeads |
| Rnits | Dipen P. Sangurdekar | 时间序列数据的归一化与推理 |
| 咆哮 | 埃琳娜格拉希 | 从rna序列比对中鉴别不同的APA用法 |
| 中华民国 | 文斯凯里 | 用于ROC的实用程序，以数组为重点 |
| Roleswitch | 李越 | 使用来自单个样本的配对表达数据推断miRNA-mRNA相互作用 |
| 的方式 | 劳伦特与 | 本体查找服务的R接口 |
| ROntoTools | Calin Voichita | R Onto-Tools套件 |
| ropls | Etienne A. Thevenot | 用PCA、PLS(-DA)和ops (-DA)对组学数据进行多变量分析和特征选择 |
| 腐烂 | 今天Seyednasrollah | 重现性优化检验统计量 |
| 战 | 狮子座拉赫蒂 | RPA:用于探测级分析的稳健概率平均 |
| RProtoBufLib | 迈克江 | 协议缓冲区的c++头文件和静态库 |
| RpsiXML | 吉涛张大卫 | R接口到psi - mi2.5文件 |
| rpx | 劳伦特与 | ProteomeXchange存储库的R接口 |
| Rqc | Welliton Souza | 高通量测序数据质量控制工具 |
| rqt | 伊利亚·y·日班尼科夫 | Rqt:用于基因水平荟萃分析的工具 |
| rqubic | 吉涛张大卫 | 表达式数据分析的定性双聚类算法 |
| rRDP | 迈克尔Hahsler | 到RDP分类器的接口 |
| RRHO | 乔纳森Rosenblatt | 有序列表间一致性的推论 |
| Rsamtools | Bioconductor Package维护者 | 二进制对齐(BAM)、FASTA、变量调用(BCF)和tabix文件导入 |
| rsbml | 迈克尔•劳伦斯 | R支持SBML，使用libsbml |
| RSeqAn | 8月广 | R SeqAn |
| rSFFreader | 马特落定 | rSFFreader读取由Roche 454和Life Sciences Ion Torrent测序仪生成的sff文件 |
| Rsubread | 史伟，廖杨和戈登·K·史密斯 | 子读序列对齐和计数为R |
| RSVSim | Christoph Bartenhagen | RSVSim:一个用于模拟结构变化的R/Bioconductor包 |
| rTANDEM | 弗雷德里克·弗尔涅 | 接口串联蛋白鉴定算法在R |
| RTCA | 吉涛张大卫 | 开源工具包分析来自xCELLigence系统(RTCA)的数据 |
| RTCGA | Marcin辛斯 | 癌症基因组图谱数据整合 |
| RTCGAToolbox | 马塞尔·拉莫斯 | 导出TCGA消防软管数据的新工具 |
| 研制 | 毛罗·卡斯特罗 | 转录网络的重建和主要调控因子的分析 |
| RTNduals | 毛罗·卡斯特罗，克拉丽斯·格林内菲尔德 | “双规”的共规与推论分析 |
| RTNsurvival | Clarice Groeneveld, Mauro A. A. Castro | 使用RTN包推断的转录网络进行生存分析 |
| RTopper | 路易吉马尔基奥尼 | 该软件包旨在跨多个基因组平台执行基因集分析 |
| rtracklayer | 迈克尔•劳伦斯 | R接口的基因组注释文件和UCSC基因组浏览器 |
| Rtreemix | 嘉斯米娜Bogojeska | Rtreemix:突变树混合模型。 |
| rTRM | 迭戈Diez | 鉴定来自PPI网络的转录调控模块 |
| rTRMui | 迭戈Diez | rTRM的闪亮用户界面 |
| runibic | Patryk Orzechowski | runibic:基于行的双聚类算法，用于分析R中的基因表达数据 |
| RUVcorr | Saskia Freytag | 去除基因相关性和相关分析中不需要的变异 |
| RUVnormalize | 洛朗•雅各布 | 用于正则化表达式数组数据的RUV |
| RUVSeq | 大卫。Risso | 从RNA-Seq数据中去除不需要的变异 |
| 旅游房车 | 托马斯·谢尔曼 | 计算相关个体共享罕见变异的概率 |
| rWikiPathways | 埃贡·威利哈根，亚历山大·皮科 | rWikiPathways -用于WikiPathways API的R客户端库 |
| S4Vectors | Bioconductor Package维护者 | 实现类向量和类列表对象 |
| 安全 | 威廉·t·巴里 | 功能与表达的意义分析 |
| sagenhaft | 蒂姆Beissbarth | 用于读取和比较SAGE库的函数集合 |
| SAGx | 每Broberg | 基因芯片的统计分析 |
| samExploreR | shailesh tripathi | samExploreR包:高性能读取摘要计数向量与序列深度减少模拟的可用性 |
| sampleClassifier | Khadija El Amrani | 样本分类器 |
| SamSPECTRAL | Habil Zare | 在流式细胞术数据中识别细胞群。 |
| sangerseqR | 乔纳森山 | Sanger测序数据的工具 |
| 圣诞老人 | 亚历克斯·j·康沃尔 | 网络关联的空间分析 |
| sapFinder | 徐绍航，文博 | 猎枪蛋白质组学中变异肽检测和可视化软件包。 |
| savR | 布兰特·考尔德 | 解析和分析Illumina SAV文件 |
| SBMLR | 托马斯Radivoyevitch | SBML-R接口和分析工具 |
| SC3 | 弗拉基米尔•Kiselev | 单细胞一致聚类 |
| Scale4C | 卡罗琳沃尔特 | Scale4C:一个R/Bioconductor包，用于4C-seq数据的尺度-空间转换 |
| 扫描。通用产品 | Stephen R. Piccolo | 单通道阵列规范化(SCAN)和通用表达码(UPC) |
| 嘘 | 戴维斯麦卡锡 | 基因表达数据单细胞分析工具包 |
| scDD | 基冈Korthauer | 单细胞RNA-seq数据的混合建模，以识别具有差异分布的基因 |
| scde | 让粉丝 | 单细胞差异表达 |
| scFeatureFilter | Guillaume Devailly | 基于相关性的单细胞RNAseq数据质量过滤方法 |
| scfind | 弗拉基米尔•Kiselev | 单细胞RNA-seq数据的基因列表搜索工具 |
| ScISI | 托尼蒋介石 | 在silicon Interactome |
| scmap | 弗拉基米尔•Kiselev | 单细胞RNA-seq数据的无监督投射工具 |
| scmeth | Divy Kangeyan | 对甲基化数据进行质量控制分析 |
| SCnorm | 朗达巴彻 | 单细胞RNA-seq数据归一化 |
| 司康饼 | 迈克尔•科尔 | 单细胞规范化表达数据概述 |
| Sconify | 泰勒·J·伯恩斯 | 用于执行基于knn的流量和质量细胞计数数据统计的工具包 |
| scoreInvHap | 卡洛斯·鲁伊斯 | 获取预定义区域的反转状态 |
| scPipe | Luyi田 | 单细胞RNA-seq数据分析管道 |
| 食物 | 亚伦Lun | 单细胞RNA-Seq数据分析方法 |
| scsR | Andrea Franceschini, Roger Meier, Christian von Mering | 种子介导脱靶效应的SiRNA校正 |
| SDAMS | Yuntong李 | 代谢组学和蛋白质组学数据的差异丰度分析 |
| segmentSeq | 托马斯·j·哈德卡斯尔 | 从高通量测序数据中鉴定小RNA位点的方法 |
| SELEX | Harmen Bussemaker | 分析SELEX-seq数据的函数 |
| SemDist | 伊恩·冈萨雷斯 | 基于信息增长的功能预测器评估 |
| semisup | 阿明罗森伯格 | 检测对数量性状具有交互效应的snp |
| 国家环保总局 | 志诚记 | 国家环保总局 |
| SEPIRA | 个陈 | 调控活动的系统表观基因组学推断 |
| seq2pathway | 杨新安，洛伦佐·佩斯和安娜·玛丽亚·索科维奇贡献 | 功能基因集(或称为途径)分析下一代测序数据的新工具 |
| SeqArray | Xiuwen郑 | 全基因组序列变异呼叫的大数据管理 |
| seqbias | 丹尼尔·琼斯 | 高通量测序数据中每位偏差的估计 |
| seqCAT | Erik Fasterius | 高通量测序细胞认证工具包 |
| seqCNA | 大卫Mosen-Ansorena | 高通量测序癌症数据的拷贝数分析 |
| seqcombo | Guangchuang余 | 序列重组和重组可视化工具 |
| SeqGSEA | RNA-Seq数据的基因集富集分析(GSEA):整合差异表达和剪接 | |
| seqLogo | 奥利弗Bembom | 序列标识的DNA序列比对 |
| seqPattern | Vanja Haberle | 可视化寡核苷酸模式和基序出现在一组排序序列 |
| seqplots | Przemyslaw Stempor | 一个交互式工具，用于可视化NGS信号和序列基序密度沿基因组特征使用平均图和热图 |
| seqsetvis | 约瑟夫·R·博伊德 | 设置基于可视化的下一代测序数据 |
| SeqSQC | 钱氏 | 生物导体包样品质量检查与下一代测序数据 |
| seqTools | 沃尔夫冈•凯泽 | fastq文件的核苷酸、序列和质量含量分析 |
| SeqVarTools | Stephanie M. Gogarten | 用于可变数据的工具 |
| sevenbridges | 南肖 | 七桥平台API客户端和通用工作流语言工具Builder在R |
| sevenC | 乔纳斯Ibn-Salem | 基于CTCF基序的ChIP-seq相关计算染色体构象捕获 |
| SGSeq | 伦纳德·戈尔茨坦 | 基于RNA-seq数据的剪接事件预测和定量 |
| shinyMethyl | 让-菲利普•福丁 | Illumina甲基化阵列的交互式可视化 |
| shinyTANDEM | 弗雷德里克·弗尔涅 | 为rTANDEM提供GUI |
| ShortRead | Bioconductor Package维护者 | 快速q输入和操作 |
| SIAMCAT | 康拉德Zych | 微生物群落与宿主表型之间关联的统计推断 |
| SICtools | Xiaobin兴 | 查找两个bam文件之间的SNV/Indel差异 |
| sigaR | 范·维林根 | 整合基因组学分析的统计学 |
| SigCheck | 罗里斯塔克 | 对照随机特征、已知特征和排列数据/元数据检查基因特征的预后性能 |
| SigFuge | 帕特里克·金 | SigFuge |
| siggenes | Holger Schwender | 使用SAM和Efron的经验贝叶斯方法进行多重测试 |
| 风景 | Elika Garg | HTS的统计和诊断图表 |
| 签名者 | 升Valieris | 突变特征发现的经验贝叶斯方法 |
| 印 | 亚历山大·古伊 | signet:基因网络中的选择推理 |
| sigPathway | Weil赖 | 路径分析 |
| sigsquared | UnJin李 | 功能验证信号通路的基因签名生成 |
| SIM卡 | 蕾妮·x·德·梅内塞斯 | 两个人类基因组数据集的集成分析 |
| SIMAT | Nezami Ranjbar先生 | GC-SIM-MS数据处理分析工具 |
| SimBindProfiles | 贝蒂娜费舍尔 | 类似的绑定配置文件 |
| similaRpeak | 阿斯特丽德Deschenes | 估计两个ChIP-Seq档案之间相似程度的指标 |
| SIMLR | Daniele Ramazzotti | 题目:SIMLR和CIMLR多核学习方法 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的高层次分析Affymetrix数据 |
| simulatorZ | (张 | 独立基因组数据集的模拟器 |
| sincell | 米格尔·朱莉娅，安东尼奥·劳塞尔 | 从单细胞RNA-seq数据统计评估细胞状态层次的R包 |
| SingleCellExperiment | 大卫。Risso | 单个单元格数据的S4类 |
| singleCellTK | 大卫•詹金斯 | 单细胞RNA-Seq数据的交互分析 |
| singscore | Ruqian律 | 基于秩的单样本基因集评分方法 |
| SISPA | 巴克提已经受理 | 样本集成集剖面分析方法 |
| sizepower | Weiliang邱 | 微阵列研究中的样本大小和功率计算 |
| skewr | 瑞安帕特尼 | 可视化由Illumina的人甲基化450k头芯片产生的强度 |
| 激流回旋 | 戴维斯麦卡锡 | 单细胞RNA-Seq数据的因子潜变量建模 |
| SLGI | 诺尔温·勒穆尔 | 合成致死基因相互作用 |
| SLqPCR | 马蒂亚斯•科尔 | SIRS-Lab GmbH实时定量PCR数据分析功能 |
| SMAP | 罗宾·安德森 | 阵列- cgh拷贝数分析的段最大后验方法 |
| 击杀 | 尼尔·阿里·维杰通加，安德鲁·达蒙·约翰斯顿 | 整合转录组和表观基因组的基于意义的模块 |
| SNAGEE | 大卫Venet | 信号噪声在基因表达实验中的应用 |
| snapCGH | 约翰Marioni | aCGH数据的分割、归一化和处理。 |
| 球形结构 | 约翰·d·斯托里 | 微阵列的监督规范化 |
| SNPchip | 罗伯特Scharpf | 副本编号更改的可视化 |
| SNPediaR | 大卫褐煤 | 从SNPedia查询数据 |
| SNPhood | 基督教阿诺德 | SNPhood:使用NGS数据调查、量化和可视化SNPs的表观基因组邻域 |
| SNPRelate | Xiuwen郑 | SNP数据相关性和主成分分析的并行计算工具集 |
| snpStats | 大卫·克莱顿 | SnpMatrix和XSnpMatrix类和方法 |
| soGGi | 汤姆•卡罗尔 | 可视化ChIP-seq, MNase-seq和motif的出现，作为分组基因组间隔汇总的汇总图 |
| SomaticSignatures | 朱利安格林 | 体细胞签名 |
| SpacePAC | 格里高利Ryslik | 三维蛋白质空间突变簇的模拟识别。 |
| sparseDOSSA | 任伯宇，Emma Schwager, George Weingart | 模拟合成丰度的稀疏数据观测 |
| SparseSignatures | 卢卡·德·萨诺 | SparseSignatures |
| specL | Christian Panse, Witold E. Wolski | 制备肽谱匹配用于靶向蛋白质组学 |
| SpeCond | 弗洛伦斯卡瓦利 | 从表达式数据中进行条件特定检测 |
| SPEM | 欣阳 | s系统参数估计方法 |
| SPIA | 阿迪·劳伦提乌·塔卡 | 信号通路影响分析(SPIA)，结合信号通路过度表征和异常信号扰动的证据 |
| SpidermiR | 克劳迪娅静脉 | SpidermiR:一个R/Bioconductor软件包，用于集成miRNA数据的网络分析 |
| spikeLI | 恩里科Carlon | Affymetrix Spike-in Langmuir等温线数据分析工具 |
| spkTools | 马修·麦考尔 | 插入阵列的方法 |
| 飞溅 | 路加福音Zappia | 单细胞RNA测序数据的简单模拟 |
| splicegear | Laurent Gautier | splicegear |
| 连接工具 | Johannes Waage, Kristoffer Vitting-Seerup | 基于RNA-seq数据的可选剪接分类及编码电位预测。 |
| spliceSites | 沃尔夫冈•凯泽 | 用于从RNA-seq数据中探索排列间隙位置的生物导体包 |
| SplicingGraphs | h .页面 | 创建，操作，可视化拼接图，并分配RNA-seq读取到他们 |
| splineTimeR | 赫伯特Braselmann | 利用样条回归模型对时间序列差异基因表达数据进行分析，并进行基因关联网络重构 |
| 分裂 | 戴安娜低 | 转录的拼接解释器 |
| splots | 沃尔夫冈•休伯 | 以微滴板或载玻片形式显示高通量测定 |
| 海绵 | 马库斯列表 | 基因表达的稀疏偏相关 |
| spotSegmentation | 克里斯Fraley | 微阵列斑点块分割与网格划分 |
| SQUADD | 武术Sankar | SQUAD软件的附加组件 |
| SRAdb | 杰克朱 | NCBI SRA和工具的元数据汇编 |
| sRAP | 查尔斯·沃登 | 简化RNA-Seq分析流水线 |
| SRGnet | Isar Nassiri | SRGnet:一个基于转录组学数据研究基因突变协同反应的R包 |
| srnadiff | 马提亚Zytnicki | 小RNA-Seq的差异表达 |
| sscore | 理查德•肯尼迪 | Affymetrix寡核苷酸微阵列的S-Score算法 |
| sscu | 于太阳 | 所选密码子使用强度 |
| sSeq | 丹尼余 | 小样本量RNA-seq实验负二项模型中分散度的收缩估计 |
| ssize | 格雷戈里·r·沃恩斯 | 估计微阵列样本大小 |
| SSPA | 马丁·范·伊特森 | 微阵列和下一代测序数据的一般样本大小和功率分析 |
| ssviz | 戴安娜低 | 一个小的rna序列可视化和分析工具包 |
| 经验丰富的人 | Koen Van den Berge | stageR:分阶段分析R的高通量基因表达数据 |
| 斯坦 | 拉斐尔Campos-Martin | 基因组状态注释包 |
| staRank | Juliane Siebourg | 稳定的排名 |
| StarBioTrek | 克劳迪娅静脉 | StarBioTrek |
| 斯塔尔 | Benedikt米基罗 | 简单平铺阵列分析Affymetrix芯片芯片数据 |
| STATegRa | David Gomez-Cabrero, Núria Planell | 多组学数据集成的类和方法 |
| statTarget | 半的菜肴 | 代谢物谱的统计分析 |
| stepNorm | 肖渊源 | cDNA微阵列的逐步归一化函数 |
| 彩带 | 马丁•摩根 | 启用大文件的流处理 |
| STRINGdb | Damian Szklarczyk | 相互作用蛋白数据库检索工具 |
| STROMA4 | Sadiq萨利赫 | 给TNBC患者分配属性 |
| subSeq | 安德鲁·j·巴斯，约翰·d·斯托里 | 高通量测序计数数据的子采样 |
| SummarizedBenchmark | 亚历杭德罗·雷耶斯，帕特里克·基斯 | 用于执行基准比较的类和方法 |
| SummarizedExperiment | Bioconductor Package维护者 | SummarizedExperiment容器 |
| supraHex | 海方 | supraHex:用于分析表格组学数据的超六边形地图 |
| survcomp | Benjamin Haibe-Kains, Markus Schroeder, Catharina Olsen | 生存分析的绩效评估与比较 |
| 寿司 | 道格拉斯·H·潘斯蒂尔 | 可视化基因组数据的工具 |
| 股东价值分析 | Jeffrey T.韭菜，John D. Storey, W. Evan Johnson | 代理变量分析 |
| SVAPLSseq | Sutirtha Chakraborty | svaplsseq -一个R包，用于估计不需要的变异性的隐藏因素，并对它们进行调整，以实现基于RNAseq数据的更强大和准确的差异表达分析 |
| SVM2CRM | Guidantonio Malagoli Tagliazucchi | SVM2CRM:用于顺式调控元件检测的支持向量机 |
| SWATH2stats | 彼得Blattmann | 转换和过滤SWATH数据的统计包 |
| SwathXtend | Jemma吴 | SWATH扩展了库生成和统计数据分析 |
| swfdr | Simina M. Boca, Jeffrey T. Leek | 科学上的错误发现率和真实零假设估计的比例 |
| SwimR | 兰迪·布莱克 | 泳姿:一套定量秀丽隐杆线虫游泳行为的分析工具 |
| 开关箱 | Bahman Afsari, Luigi Marchionni, Wikum Dinalankara | 使用K-Top-Scoring-Pair (KTSP)算法训练和验证基于配对交换的分类器的实用程序 |
| switchde | 基兰•坎贝尔 | 单细胞轨迹上的开关样差异表达 |
| synapter | 劳伦·加托和塞巴斯蒂安·吉布 | 无标签的数据分析管道，最优的识别和定量 |
| synergyfinder | Liye他 | 计算和可视化药物组合的协同得分 |
| synlet | Chunxuan邵 | 合成致死RNAi筛选数据的命中选择 |
| systemPipeR | 托马斯Girke | systemPipeR: NGS工作流和报表生成环境 |
| TargetScore | 李越 | TargetScore:利用microRNA过表达数据和序列信息推断microRNA目标 |
| TargetSearch | Alvaro Cuadros-Inostroza | 用于分析GC-MS代谢物分析数据的软件包 |
| TarSeqQC | 加芙美利奴 | 靶向测序实验质量控制 |
| 移行细胞癌 | 孙建强，西山智明 | TCC:基于鲁棒归一化策略的标签计数数据差异表达分析 |
| TCGAbiolinks | Antonio Colaprico, Tiago Chedraoui Silva | tcgabiollinks:用于GDC数据综合分析的R/Bioconductor软件包 |
| TCGAbiolinksGUI | 蒂亚戈·席尔瓦 | TCGAbiolinksGUI:一个分析癌症分子和临床数据的图形用户界面 |
| TCGAutils | 马塞尔·拉莫斯 | 用于数据管理的TCGA实用程序函数 |
| TCseq | Mengjun吴 | 时序序列数据分析 |
| TDARACNE | Zoppoli Pietro | 网络逆向工程从时间过程数据。 |
| tenXplore | VJ凯里 | 从10x基因组学对130万个小鼠神经元的scrna序列进行本体论探索 |
| TEQC | 曼胡默尔 | 目标捕获实验的质量控制 |
| ternarynet | 马修·n·麦考尔 | 三元网络估计 |
| TFARM | 柳巴·娜乌西卡·马蒂诺 | 转录因子关联规则挖掘器 |
| TFBSTools | 通用电气谭 | 转录因子结合位点(TFBS)分析软件包 |
| TFEA。芯片 | 劳拉·普恩特Santamaría | 转录因子富集分析 |
| TFHAZ | 阿尔贝托Marchesi | 转录因子高富集区 |
| TFutils | 什维塔Gopaulakrishnan | TFutils |
| tigre | Antti Honkela | 基于高斯过程表达重建的转录因子推断 |
| tilingArray | (徐 | 高密度寡核苷酸平铺阵列转录本定位 |
| timecourse | 玉川台 | 发育微阵列时间过程数据的统计分析 |
| timescape | 玛雅史密斯 | 患者克隆时间逃逸 |
| 锡 | Bjarne Johannessen | 转录组不稳定性分析 |
| TissueEnrich | 阿施施耆那教徒的 | 组织特异性基因富集分析 |
| TitanCNA | Gavin Ha, Sohrab P Shah | 肿瘤全基因组测序的亚克隆拷贝数和LOH预测 |
| tkWidgets | j .张 | 基于R的tk小部件 |
| TMixClust | 莫妮卡Golumbeanu | 基于高斯混合效应模型和平滑样条的基因表达时间序列聚类 |
| 三硝基甲苯 | 总部位于马 | 基因组特征的交互式可视化 |
| tofsims | 洛伦兹格柏 | 导入、处理和分析飞行时间二次离子质谱(ToF-SIMS)成像数据 |
| ToPASeq | 路德维希Geistlinger | 基于拓扑的RNA-seq数据通路分析 |
| topdownr | 塞巴斯蒂安·吉布 | 自上而下蛋白质组学中片段化条件的研究 |
| topGO | Adrian Alexa | 基因本体的富集分析 |
| 泛太平洋伙伴关系 | 多罗斯蔡尔兹 | 分析热蛋白质组分析(TPP)实验 |
| tracktables | 汤姆•卡罗尔 | 构建IGV轨道和HTML报告 |
| trackViewer | Jianhong欧 | 一个R/Bioconductor包绘制优雅的交互式轨道或棒棒糖图，以促进多组学数据的综合分析 |
| transcriptogramer | 迭戈极其 | 基于转录图的转录分析 |
| transcriptR | Armen R. Karapetyan | 一种基于ChIP和RNA-Seq的初级转录物检测和定量的集成工具 |
| tRanslatome | Toma Tebaldi, Erik Dassi | 多水平基因表达的比较 |
| TransView | 尤利乌斯•穆勒 | 读取密度图的构建和加入。ChIPSeq和RNASeq数据集的可视化 |
| tra利用 | 李陈 | 基因组区间GWAS性状相关SNP富集分析 |
| treeio | Guangchuang余 | 系统发育树输入和输出的基类和函数 |
| trena | 保罗·香农 | 利用基因表达、先验、机器学习拟合转录调控网络 |
| 时尚的 | 朗达巴彻 | 时程表达式数据的断点分析 |
| triform | 托马斯•卡罗尔 | Triform在转录因子chip测序数据中发现富集区域(峰) |
| 触发 | 约翰·d·斯托里 | 基因表达的遗传学转录调控推断 |
| 三人组 | Holger Schwender | 病例-父母三重奏研究中SNP和SNP相互作用的检验 |
| 三层 | 雅罗西克亲爱的 | 在DNA中搜索和可视化分子内三联体形成序列 |
| tRNAscanImport | 菲利克斯·恩斯特 | 导入tRNAscan-SE结果文件作为GRanges对象 |
| TRONCO | BIMIB集团 | TRONCO，转化肿瘤学的R包 |
| TSCAN | 志诚记 | TSCAN:单细胞分析工具 |
| tspair | 杰弗里·t·李克 | 微阵列分类最高得分对 |
| TSRchitect | 泰勒·雷伯恩 | 启动子鉴定从大规模的TSS分析数据 |
| TSSi | 朱利安格林 | 转录起始位点鉴定 |
| TTMap | 瑞秋Jeitziner | Two-Tier Mapper:基于拓扑数据分析的聚类工具 |
| TurboNorm | 马丁·范·伊特森 | 适合微阵列归一化的快速散点图平滑器 |
| TVTB | 凯文Rue-Albrecht | TVTB: VCF工具箱 |
| tweeDEseq | 胡安·R·冈萨雷斯 | 使用泊松- tweedie分布族进行RNA-seq数据分析 |
| 《暮光之城》 | 斯蒂芬妮Scheid | 局部错误发现率的估计 |
| twoddpcr | 安东尼赵 | 对二维液滴数字PCR (ddPCR)数据进行分类，并定量起始分子的数量 |
| tximport | 迈克尔的爱 | 导入和总结转录水平的估计转录和基因水平的分析 |
| TxRegInfra | VJ凯里 | 转录调控网络多组规范的元数据管理 |
| TypeInfo | 邓肯·邓波儿·朗 | 可选型号规格 |
| 撤销 | Niya王 | 肿瘤-基质混合表达的无监督反卷积 |
| unifiedWMWqPCR | 尤里斯最大经济产量 | 统一Wilcoxon-Mann Whitney Test用于检测qPCR数据中的差异表达 |
| UniProt.ws | 马克·卡尔森 | 接口到UniProt Web服务 |
| Uniquorn | “Raik奥托” | 基于加权突变/变分指纹的癌细胞系鉴定 |
| 的作用 | 陈郝 | uSORT:基因选择的自精炼排序管道 |
| VanillaICE | 罗伯特Scharpf | 高通量基因分型阵列的隐马尔可夫模型 |
| variancePartition | 加布里埃尔·e·霍夫曼 | 量化和解释多层次基因表达实验中的各种变异 |
| VariantAnnotation | 瓦莱丽Obenchain | 基因变异注释 |
| VariantFiltering | 罗伯特Castelo | 编码和非编码遗传变异的过滤 |
| VariantTools | 迈克尔•劳伦斯 | 变量调用探索性分析工具 |
| vbmp | 尼古拉喇嘛 | 变分贝叶斯多项式概率回归 |
| 维加 | 桑德罗摩根氏菌属 | 一个R包，用于拷贝数数据分割 |
| VegaMC | 桑德罗摩根氏菌属 | VegaMC:一个实现变分分段平滑模型的软件包，用于识别癌症中驱动染色体失衡 |
| vidger | 布兰登Monier | 在R中创建RNAseq数据的快速可视化 |
| 毒蛇 | 马里亚诺·J·阿尔瓦雷斯 | 富集调控子分析对蛋白质活性的虚拟推断 |
| vsn | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据的方差稳定和校准 |
| vtpnet | VJ凯里 | 变异转录因子-表型网络 |
| 火神 | 费德里科·m·乔吉 | 虚拟芯片- seq数据分析使用网络 |
| 西瓜 | 利奥 | Illumina 450甲基化阵列归一化和指标 |
| wavClusteR | 费德里科•Comoglio | PAR-CLIP数据中rna -蛋白相互作用位点的敏感和高度分辨鉴定 |
| waveTiling | Kristof De Beuf | 基于小波的Tiling阵列转录组分析模型 |
| 韦弗 | 赛斯猎鹰 | 用于处理Sweave文档的工具和扩展 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | 生物导体网络接口 |
| widgetTools | Jianhua张 | 创建一个交互式tcltk小部件 |
| wiggleplotr | Kaur Alasoo | 从BigWig文件中创建读取覆盖图 |
| XBSeq | 远航刘 | RNA-seq数据的差异表达测试 |
| xcms | 史蒂芬诺依曼 | LC/MS和GC/MS数据分析 |
| XDE | 罗伯特Scharpf | 用于差异基因表达交叉研究分析的贝叶斯层次模型 |
| xmapbridge | 克里斯Wirth | 将绘图文件导出到xmapBridge，以便在X:Map中可视化 |
| xps | 基督教Stratowa | Affymetrix寡核苷酸阵列(包括外显子阵列、全基因组阵列和平板阵列)的加工和分析 |
| XVector | Herve页面 | 外部序列的表示和操作 |
| 山药 | 莱斯利敏 | 高通量代谢组学工具 |
| YAPSA | 丹尼尔Huebschmann | 另一个用于签名分析的包 |
| yaqcaffy | 劳伦特与 | Affymetrix表达数据质量控制和再现性分析 |
| 纱 | 约瑟夫·保尔森 | 纱线:鲁棒多条件rna序列预处理和归一化 |
| zFPKM | 罗恩·阿玛 | 一套促进zFPKM转换的函数 |
| zinbwave | 大卫。Risso | RNA-Seq数据的零膨胀负二项式模型 |
| zlibbioc | Bioconductor Package维护者 | 一个R包zlib-1.2.5 |
包»
Bioconductor的稳定的半年度版本:
Bioconductor（R）版本：
- 3.7 (3.5)
- 3.6 (3.4)
- 3.5 (3.4)
- 3.4 (3.3)
- 3.3 (3.3)
- 3.2 (3.2)
- 3.1 (3.2)
- 3.0 (3.1)
- 2.14 (3.1)
- 2.13 (3.0)
- 2.12 (3.0)
- 2.11 (2.15)
- 2.10 (2.15)
- 2.9 (2.14)
- 2.8 (2.13)
- 2.7 (2.12)
- 2.6 (2.11)
- 2.5 (2.10)
- 2.4 (2.9)
- 2.3 (2.8)
- 2.2 (2.7)
- 2.1 (2.6)
- 2.0 (2.5)
- 1.9 (2.4)
- 1.8 (2.3)
- 1.7 (2.2)
- 1.6 (2.1)
释放公告。
