CAGEfightR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CAGEfightR

此包适用于Bioconductor的3.7版;有关稳定的、最新的发布版本，请参见CAGEfightR．

基因表达帽分析(CAGE)数据的生物导体分析

Bioconductor版本:3.7

CAGE是一种广泛用于测定转录起始位点(TSS)活性的高通量检测方法。CAGEfightR是一个R/Bioconductor软件包，用于执行广泛的常见CAGE数据分析任务。核心功能包括:导入CAGE TSSs (CTSSs)，标签(或单向)聚类用于TSS识别，双向聚类用于增强子识别，注释转录和基因模型，计算TSS形状，将CAGE表达量化为表达矩阵。

作者:马尔特Thodberg

维护者:Malte Thodberg

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“CAGEfightR”)

文档

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超文本标记语言	R脚本	介绍CAGEfightR
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释，报道，DataImport，DataRepresentation，GeneExpression，GeneRegulation，GenomeBrowsers，归一化，PeakDetection，预处理，测序，软件，转录，转录组，可视化
版本	1.0.0
许可证	GPL-3 +文件LICENSE
取决于	R (> = 3.5),GenomicRanges(> = 1.30.1),rtracklayer(> = 1.38.2),SummarizedExperiment(> = 1.8.1)
进口	pryr(> = 0.1.3),为了(> = 0.2.0)、方法矩阵-12年(> = 1.2),Matrix.utils(> = 0.9.6),嗯……，BiocGenerics(> = 0.24.0),S4Vectors(> = 0.16.0),IRanges(> = 2.12.0),GenomeInfoDb(> = 1.14.0),GenomicFeatures(> = 1.29.11),BiocParallel(> = 1.12.0),GenomicFiles(> = 1.14.0),Gviz(> = 1.22.2)
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，org.Mm.eg.db，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/MalteThodberg/CAGEfightR
BugReports	https://github.com/MalteThodberg/CAGEfightR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CAGEfightR_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	CAGEfightR_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CAGEfightR_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEfightR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CAGEfightR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CAGEfightR/
包下载报告	下载数据