CRISPRseek

DOI:10.18129 / B9.bioc.CRISPRseek

这个包是3.7版本的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见CRISPRseek．

CRISPR-Cas9基因组编辑系统中靶向特异性引导rna的设计

Bioconductor版本:3.7

该软件包包括寻找输入目标序列的潜在引导rna，可选过滤没有限制性内切酶切割位点或没有成对引导rna的引导rna，全基因组搜索脱靶，评分，排名，获取侧翼序列以及指示目标和脱靶是否位于外显子区域的功能。用top5和topN脱靶位点的总分、topN错配位点的详细信息、限制性内切酶切割位点和成对的向导rna标注潜在的向导rna。如果安装了GeneRfold和GeneR (http://bioconductor.case.edu/bioconductor/2.8/bioc/html/GeneRfold.html, http://bioc.ism.ac.jp/packages/2.8/bioc/html/GeneR.html)，那么总结文件中将包含gRNA和gRNA主干常数区的最小自由能和二级结构的括号符号。该软件包利用Biostrings和BSgenome软件包。

作者:朱丽华，本杰明·r·霍姆斯，herveverpag，迈克尔·劳伦斯，Isana Veksler-Lublinsky, Victor Ambros, Neil Aronin, Michael Brodsky

维护者:朱丽华朱莉<朱莉。网址:umassmed.edu b>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“CRISPRseek”)

文档

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PDF	R脚本	CRISPRseek装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CRISPR，GeneRegulation，SequenceMatching，软件
版本	1.20.0
在Bioconductor中	BioC 2.14 (R-3.1)(4.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.0.1)，BiocGenerics，Biostrings
进口	平行,data.table，seqinr，S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges，BSgenome，BiocParallel，哈希
链接
建议	RUnit，BiocStyle，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我	crisprseekplus
进口我	GUIDEseq
建议我
链接到我
构建报告

包档案

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源包	CRISPRseek_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	CRISPRseek_1.20.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CRISPRseek_1.20.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/CRISPRseek
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/CRISPRseek
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CRISPRseek/
软件包下载报告	下载数据