ChIPseeker

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPseeker

这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ChIPseeker。

ChIPseeker对芯片峰值注释、比较和可视化

Bioconductor版本:3.7

这个包实现函数来检索最近的基因在高峰,注释基因组区域的峰值,statstical方法估计芯片之间的重叠峰的数据集的意义,并结合地理数据库对用户比较自己的数据集与存入数据库。比较可以用来推断合作监管,因此可用于生成假设。一些可视化功能实现的报道总结峰实验,平均剖面和热图的山峰绑定TSS地区,基因组注释,距离TSS和重叠峰或基因。

作者:Guangchuang Yu (aut (cre) (< https://orcid.org/0000 - 0002 - 6485 - 8781 >),云颜施,Herve页(施),迈克尔·克鲁格(施),托马斯Schwarzl(施)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite (“ChIPseeker”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ChIPseeker”)

HTML	R脚本	ChIPseeker: R包芯片注释,峰值比较和可视化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,ChIPSeq,MultipleComparison,软件,可视化
版本	1.16.1
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	AnnotationDbi,BiocGenerics,引导,enrichplot,IRanges(> = 2.13.12),GenomeInfoDb,GenomicRanges(> = 1.31.8),GenomicFeatures(> = 1.31.3),ggplot2(> = 2.2.0),gplots、图形grDevices、网格gridBase,gtools、方法、plotrix,dplyr平行,magrittr,RColorBrewer,rtracklayer,S4Vectors(> = 0.17.25),统计数据,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,UpSetR,跑龙套
链接
建议	clusterProfiler,ReactomePA,org.Hs.eg.db,knitr,BiocStyle,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://guangchuangyu.github.io/software/ChIPseeker
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues
取决于我
进口我	esATAC,TCGAWorkflow
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	ChIPseeker_1.16.1.tar.gz
Windows二进制	ChIPseeker_1.16.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ChIPseeker_1.16.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPseeker
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPseeker
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ChIPseeker/
包下载报告	下载数据