CoGAPS

DOI:10.18129 / B9.bioc.CoGAPS

这个包是3.7版本的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见CoGAPS。

模式集中的协调基因活性

Bioconductor版本:3.7

协同基因活动模式集(CoGAPS)实现了一种贝叶斯MCMC矩阵分解算法GAPS，并将其与基因集统计方法联系起来，以推断生物过程的活动。它可以用于对任何数据进行稀疏矩阵分解，当这些数据表示生物分子时，可以进行基因集分析。

作者:Thomas Sherman, waishing Lee, Conor Kelton, Ondrej Maxian, Jacob Carey, Genevieve Stein-O'Brien, Michael Considine, Maggie Wodicka, John Stansfield, Shawn Sivy, Carlo Colantuoni, Alexander Favorov, Mike Ochs, Elana Fertig

维护者:Elana J. Fertig ， Thomas D. Sherman

安装

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文档

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PDF	R脚本	GAPS/CoGAPS用户手册
超文本标记语言	R脚本	GWCoGAPS和patternmarker
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，聚类，DifferentialExpression，DimensionReduction，GeneExpression，GeneSetEnrichment，微阵列，MultipleComparison，RNASeq，软件，TimeCourse，转录
版本	3.0.2
在Bioconductor中	BioC 2.7 (R-2.12)(8年)
许可证	GPL (= = 2)
取决于	R (>= 3.4.0)，Rcpp(> = 0.11.0)它
进口	RColorBrewer(> = 1.0.5),gplots(>= 2.8.0)，图形，grDevices，方法，集群，闪亮的，统计，utils，doParallel，foreach，ggplot2，reshape2
链接	Rcpp，黑洞
建议	testthat，lintr，knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
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构建报告

包档案

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源包	CoGAPS_3.0.2.tar.gz
Windows二进制	CoGAPS_3.0.2.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CoGAPS_3.0.2.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/CoGAPS
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/CoGAPS
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CoGAPS/
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