dmrcate

doi:10.18129/b9.bioc.dmrcate

该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅dmrcate

甲基化阵列和测序空间分析方法

生物导体版本:3.7

使用整个基因组双磷酸盐测序(WGB)和Illumina Infinium阵列(450K和EPIC)数据,从人类基因组中差异甲基化区域(DMR)的从头鉴定和提取。提供了可能被SNP和跨杂交混淆的过滤探针的功能。包括Granges生成和绘图功能。

作者:蒂姆·彼得斯

维护者:蒂姆·彼得斯(Tim Peters)

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PDF R脚本 DMRCATE软件包用户指南
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文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 DNAMETHYLATY,,,,差异性,,,,差甲基化,,,,基因表达,,,,遗传学,,,,基因数,,,,甲基化array,,,,微阵列,,,,多重组合,,,,Onechannel,,,,QualityControl,,,,软件,,,,时间科,,,,两通道
版本 1.16.0
在生物导体中 Bioc 2.14(R-3.1)(4。5年)
执照 文件许可证
要看 r(> = 3.3.0),Minfi,,,,DSS,,,,dmrcatedata
进口 林玛,,,,甲基小姐,,,,基因组机,并行,方法,图形,plyr,,,,GVIZ,,,,iranges,统计,utils,S4VECTORS
链接
建议 尼特,,,,运行,,,,生物基因,,,,Illuminahumanmethylation450Kanno.ILMN12.HG19,,,,Illuminahumanmethylationepicanno.ilm10b2.hg19
系统要求
增强
URL
取决于我 冠军,,,,甲基化arrayAnalysy
进口我 一顿饭
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包装档案

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源包 dmrcate_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 dmrcate_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan)
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dmrcate
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/dmrcate
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/dmrcate/
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