goexpress

doi：10.18129/b9.bioc.goexpress

该包适用于生物导体的3.7版；对于稳定的最新版本，请参阅goexpress。

使用基因本体学注释可视化微阵列和RNASEQ数据

生物导体版本：3.7

该软件包包含从微阵列或RNA-seq实验中可视化基因表达谱的方法，并提供了一种有监督的聚类方法来识别包含具有表达水平的基因的GO术语，这些基因具有最好的分类，这些基因可以最好地对两个或多个预定义的样品组进行分类。表达数据集中存在的基因的注释可以通过biomart软件包从eNembl获得，如果用户未提供。默认的随机森林框架用于根据感兴趣的因素评估每个基因群集样品的能力。最后，通过平均分别基因集的等级（替代得分）来群集样本来得分。可以计算P值以评估GO期限排名的重要性。可视化功能包括基因表达谱，基于基因本体的热图以及使用基因表达数据对实验样品进行分层聚类。

作者：Tharvesh M.L. Kevin Rue-Albrecht [AUT，CRE]Ali [CTB]，Paul A. McGettigan [CTB]，Belinda Hernandez [CTB]，David A. Magee [CTB]，Nicolas C. Nalpas [CTB]，Andrew Parnell [CTB]，Stephen V. Gordon [THS]，David [THS]，David [THS]E. Machugh [Ths]

维护者：kevin rue-albrecht

安装

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##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”）bioclite（“ goexpress”）

文档

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browsevignettes（“ goexpress”）

PDF	R脚本	用户指南
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，聚类，，，，datarepresentation，，，，差异性，，，，去，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，微阵列，，，，多重组合，，，，途径，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，时间科，，，，转录，，，，可视化
版本	1.14.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（4年）
执照	GPL（> = 3）
要看	R（> = 3.4），网格，统计，图形，生物酶（> = 2.22.0）
进口	Biomart（> = 2.18.0），Stringr（> = 0.6.2），GGPLOT2（> = 0.9.0），rcolorbrewer（> = 1.0），GPLOTS（> = 2.13.0），Randomforest（> = 4.6），rcurl（> = 1.95）
链接
建议	生物使用
系统要求
增强
URL	https://github.com/kevinrue/goexpress
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	goexpress_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	goexpress_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	goexpress_1.14.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/goexpress
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/goexpress
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/goexpress/
软件包下载报告	下载统计