基因组间

doi:10.18129/b9.bioc.genomicinmictractions

该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅基因组间

R用于处理基因组相互作用数据的软件包

生物导体版本:3.7

用于处理基因组相互作用数据的R软件包,例如CHIA-PET / HI-C,带有相互作用信息的基因组特征并产生各种图 /统计数据。

作者:Harmston,N.,Ing-Simmons,E.,Perry,M.,Baresic,A.,Lenhard,B。

维护者:liz ing-simmons

引用(从r内,输入引用(“基因组互相”)):

安装

要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源头(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ GenomicInteracions”)

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“基因组互相”)

html R脚本 chiapet_vignette.html
html R脚本 基因组互感
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 DataImport,,,,datarepresentation,,,,,,,,基础设施,,,,软件
版本 1.14.0
在生物导体中 Bioc 3.0(R-3.1)(4年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 3.5),互动集
进口 rsamtools,,,,rtracklayer,,,,基因组机(> = 1.29.6),iranges,,,,生物基因(> = 0.15.3),Data.Table,,,,Stringr,,,,GenomeInfodB,,,,GGPLOT2, 网格,栅格, 方法,Igraph,,,,S4VECTORS(> = 0.13.13),dplyr,,,,GVIZ,,,,生物酶,图形,统计,utils,grdevices
链接
建议 尼特,,,,生物使用,,,,测试
系统要求
增强
URL https://github.com/computationalRegulationgenomicsicl/genomicInteractions/
取决于我
进口我
建议我 芝加哥,,,,埃尔默,,,,塞文
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 GenomicInteractions_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 GenomicInteractions_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) GenomicInteractions_1.14.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genomicintractions
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/Genomicictractions
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/genomicinteractions/
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