GenomicRanges
DOI:
10.18129 / B9.bioc.GenomicRanges
这个包是3.7版本的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见GenomicRanges。
基因组间隔和沿基因组定义的变量的表示和操作
Bioconductor版本:3.7
高效表示和操作基因组注释和比对的能力在分析高通量测序数据(又称NGS数据)时起着核心作用。GenomicRanges包定义了用于存储和操作基因组间隔和沿着基因组定义的变量的通用容器。在GenomicAlignments和summarizedexexperiment包中分别定义了用于根据参考基因组或类似矩阵的实验摘要来表示和操作短比对的更专门的容器。这两个包都建立在GenomicRanges基础设施之上。
作者:P. Aboyoun, H. pag， M. Lawrence
维护者:Bioconductor Package维护者< maintainer@bioconductor.org >
引用(来自R，输入引用(“GenomicRanges”)）：
安装
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文档
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browseVignettes(“GenomicRanges”)
细节
| biocViews |
注释，报道，遗传学，GenomeAnnotation，基础设施，测序，软件 |
| 版本 |
1.32.7 |
| 在Bioconductor中 |
BioC 2.6 (R-2.11)(8.5年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
R (>= 2.10)， methods, stats4，BiocGenerics(> = 0.25.3),S4Vectors(> = 0.17.32),IRanges(> = 2.14.4),GenomeInfoDb(> = 1.15.2) |
| 进口 |
跑龙套,统计数据,XVector(> = 0.19.8) |
| 链接 |
S4Vectors，IRanges |
| 建议 |
Biobase，AnnotationDbi(> = 1.21.1),注释，Biostrings(> = 2.25.3),Rsamtools(> = 1.13.53),SummarizedExperiment(> = 0.1.5),矩阵，GenomicAlignments，rtracklayer，BSgenome，GenomicFeatures，Gviz，VariantAnnotation，AnnotationHub，DESeq2，DEXSeq，刨边机，KEGGgraph，BiocStyle，消化，RUnit，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2，KEGG.db，hgu95av2.db，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，org.Sc.sgd.db，pasilla，pasillaBamSubset，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，hgu95av2probe |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
|
| URL |
|
| 这取决于我 |
AllelicImbalance，AneuFinder，annmap，AnnotationHubData，BaalChIP，Basic4Cseq，BasicSTARRseq，baySeq，biomvRCNS，BiSeq，bnbc，BPRMeth，BSgenome，bsseq，BubbleTree，bumphunter，咖啡馆，CAGEfightR，卡斯珀，ChAMPdata，负责，cheung2010，嵌合体，chimeraviz，ChIPanalyser，ChIPComp，ChIPpeakAnno，ChIPQC，chipseq，chroGPS，chromPlot，chromstaR，chromswitch，CINdex，cleanUpdTSeq，cn.mops，CNPBayes，cnvGSA，CNVPanelizer，compEpiTools，consensusSeekeR，CSAR，csaw，deepSNV，DEScan2，DESeq2，DEXSeq，DiffBind，diffHic，DMCHMM，DMRcaller，DMRcatedata，DMRforPairs，DNAshapeR，DOQTL，EatonEtAlChIPseq，EnrichedHeatmap，ensembldb，ensemblVEP，epigenomix，esATAC，exomeCopy，fastseg，fCCAC，FourCSeq，FunChIP，GeneBreak，geneRxCluster，GenoGAM，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicFiles，GenomicScores，GenomicTuples，genoset，geuvStore2，gmapR，GMRP，哥特，GreyListChIP，groHMM，gtrellis，GUIDEseq，吉他，Gviz，HelloRanges，hiAnnotator，HilbertCurve，HiTC，htSeqTools，IdeoViz，igvR，InPAS，InTAD，intansv，InteractionSet，感兴趣，IWTomics，karyoploteR，liftOver，工商管理硕士，metagene，methimpute，methyAnalysis，methylKit，methylPipe，minfi，msgbsR，MutationalPatterns，NADfinder，OmicCircos，ORFik，PGA，平，plyranges，podkat，QuasR，r3Cseq，RaggedExperiment，Rariant，Rcade，收回，地区，rfPred，rGREAT，riboSeqR，RIPSeeker，RJMCMCNucleosomes，RnBeads，RnBeads.hg19，RnBeads.hg38，RnBeads.mm10，RnBeads.mm9，RnBeads.rn5，Rsamtools，RSVSim，rtracklayer，Scale4C，segmentSeq，seqbias，seqCAT，测序，SGSeq，SICtools，SigFuge，击杀，SNPhood，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SomaticSignatures，SummarizedExperiment，TarSeqQC，三硝基甲苯，trackViewer，TransView，tra利用，tRNAscanImport，VanillaICE，VariantAnnotation，VariantTools，vtpnet，火神，wavClusteR，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，YAPSA |
| 进口我 |
ALDEx2，高山，amplican，AnnotationFilter，annotatr，apeglm，ArrayExpressHTS，ASpli，ATACseqQC，BadRegionFinder，舞会礼服，bamsignals，BBCAnalyzer，beadarray，击败，BiFET，biovizBase，BiSeq，分歧点，BSgenome，篮球选手，CexoR，cgdv17，冠军，别致的，chipenrich，chipenrich.data，ChIPexoQual，ChIPseeker，chipseq，ChIPseqR，ChIPSeqSpike，chromDraw，ChromHeatMap，chromVAR，cn，彗星，contiBAIT，conumee，copynumber，文案，COSMIC.67，CoverageView，crisprseekplus，CrispRVariants，customProDB，DChIPRep，debrowser，位深蓝，反编排，derfinder，derfinderPlot，diffloop，DMRcate，DMRScan，dmrseq，DominoEffect，DRIMSeq，easyRNASeq，EDASeq，埃尔默，ELMER.data，epivizr，epivizrData，erma，EventPointer，fitCons.UCSC.hg19，啪嗒啪嗒地响，FourCSeq，FunciSNP，GA4GHclient，gcapc，genbankr，geneAttribution，GeneGeneInteR，《创世纪》，GeneStructureTools，genomation，genomeIntervals，GenomicAlignments，GenomicDataCommons，GenomicInteractions，genotypeeval，GenVisR，GGBase，ggbio，GGtools，GOfuncR，GoogleGenomics，gQTLBase，gQTLstats，gwascat，h5vc，的热图，HiCcompare，hiReadsProcessor，HTSeqGenie，理想的，ima，检查，InterMineR，IsoformSwitchAnalyzeR，isomiRs，iteremoval，iva，JunctionSeq，karyoploteR，leeBamViews，loci2path，萝拉，光民，M3D，MACPET，MADSEQ，MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.GRCh38，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5，MafDb.gnomAD.r2.0.1.GRCh38，MafDb.gnomAD.r2.0.1.hs37d5，MafDb.gnomADex.r2.0.1.GRCh38，MafDb.gnomADex.r2.0.1.hs37d5，MafDb.TOPMed.freeze5.hg19，MafDb.TOPMed.freeze5.hg38，mCSEA，联合化疗，餐，MEDIPS，methInheritSim，methyAnalysis，methylInheritance，MethylSeekR，methylumi，MinimumDistance，米拉，MMDiff2，马赛克，motifbreakR，motifmatchr，MultiAssayExperiment，MultiDataSet，NarrowPeaks，normr，诊断，oligoClasses，OmaDB，openPrimeR，Organism.dplyr，OrganismDbi，panelcn.mops，Pbase，pcaExplorer，pepDat，pepStat，phastCons100way.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg38，phastCons7way.UCSC.hg38，π，图片，pqsfinder，prebs，proBAMr，PureCN，Pviz，pwOmics，QDNAseq，qpgraph，qsea，R3CPET，R453Plus1Toolbox，RareVariantVis，美国广播公司，rCGH，重新计票，recountWorkflow，地区，regionReport，REMP，Repitools，RGMQL，RiboProfiling，RNAprobR，rnaSeqMap，咆哮，RTCGAToolbox，scmeth，scoreInvHap，seq2pathway，SeqArray，seqPattern，seqplots，seqsetvis，SeqSQC，SeqVarTools，sevenC，ShortRead，签名者，simulatorZ，SNPchip，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP150.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38，soGGi，SomaticCancerAlterations，SparseSignatures，连接工具，SplicingGraphs，分裂，srnadiff，斯坦，SVM2CRM，systemPipeR，TCGAbiolinks，TCGAutils，TCGAWorkflow，TCseq，TFARM，TFBSTools，TFEA。芯片，TFHAZ，TFutils，TitanCNA，tracktables，transcriptR，trena，三层，tRNAscanImport，TSRchitect，TVTB，TxRegInfra，Uniquorn，VariantFiltering，VariantToolsData，waveTiling，wiggleplotr，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，yriMulti |
| 建议我 |
alternativeSplicingEvents.hg19，alternativeSplicingEvents.hg38，AnnotationHub，BeadArrayUseCases，biobroom，BiocGenerics，BiocParallel，芝加哥，腰带，epivizrChart，GenomeInfoDb，GeuvadisTranscriptExpr，Glimma，GSReg，GWASTools，HDF5Array，interactiveDisplay，IRanges，metaseqR，海市蜃楼，NarrowPeaks，NGScopy，omicsPrint，奥纳西斯，RTCGA，S4Vectors，SeqGSEA，Single.mTEC.Transcriptomes |
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