htseqgenie

doi:10.18129/b9.bioc.htseqgenie

该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅htseqgenie

NGS分析管道。

生物导体版本:3.7

进行NGS分析的库。

作者:Gregoire Pau,Jens Reeder

维护者:Jens Reeder

引用(从r内,输入引用(“ htseqgenie”)):

安装

要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ htseqgenie”)

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ htseqgenie”)

PDF R脚本 htseqgenie
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 软件
版本 4.10.0
在生物导体中 Bioc 2.11(R-2.15)(6年)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 3.0.0),GMAPR(> = 1.8.0),Shortread(> = 1.19.13),变体(> = 1.8.3)
进口 生物基因(> = 0.2.0),S4VECTORS(> = 0.9.25),iranges(> = 1.21.39),基因组机(> = 1.23.21),rsamtools(> = 1.8.5),生物弦(> = 2.24.1),chipseq(> = 1.6.1),HWRITER(> = 1.3.0),开罗(> = 1.5.5),GenomicFeatures(> = 1.9.31),生物比较,并行,工具,rtracklayer(> = 1.17.19),基因组签名,,,,变体工具(> = 1.7.7),GenomeInfodB,,,,总结性特征, 方法
链接
建议 txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,肺部,,,,org.hs.eg.db
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 htseqgenie_4.10.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(El Capitan)
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/htseqgenie
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/htseqgenie
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/htseqgenie/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • Bioc-devel邮件列表 - 包装开发人员2021欧洲杯体育投注开户