该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅稀有。
生物导体版本:3.7
“稀有”软件包根据匹配样品之间的双元分布的不匹配速率的差异从测序数据中识别单核苷酸变体。
作者:朱利安·盖林(Julian Gehring),西蒙·安德斯(Simon Anders),伯恩德·克劳斯(Bernd Klaus)
维护者:julian gehring
引用(从r内,输入引用(“稀有”)
):
要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// URL(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ rariant”)
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“稀有”)
html | R脚本 | 稀有 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 基因组变量,,,,测序,,,,软件,,,,somaticmmut,,,,统计信息,,,,变体挖出,,,,可视化 |
版本 | 1.16.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.14(R-3.1)(4。5年) |
执照 | GPL-3 |
要看 | r(> = 3.0.2),基因组机,,,,变体 |
进口 | 方法,生物基因,,,,S4VECTORS,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,GGBIO,,,,GGPLOT2,,,,外观复制,,,,躯体签名,,,,rsamtools,,,,闪亮的,,,,VGAM,,,,dplyr,,,,RESHAPE2 |
链接 | |
建议 | H5VCDATA,,,,测试,,,,尼特,,,,Optparse,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/juliangehring/rariant |
BugReports | https://support.bioconductor.org |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | rariant_1.16.0.tar.gz |
Windows二进制 | rariant_1.16.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | rariant_1.16.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rariant |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/稀有 |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/rariant/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |