rcistarget
doi：10.18129/b9.bioc.rcistarget
该包适用于生物导体的3.7版；对于稳定的最新版本，请参阅rcistarget。
rcistArget：识别富含基因列表的转录因子结合基序
生物导体版本：3.7
RCISTARGET识别基因列表中过度代表性的转录因子结合基序（TFB）。第一步，RCISTARGET选择了基因基因基因的转录起始位点（TSS）周围环境中明显代表的DNA基序。这是通过使用包含每个基序的全基因组跨物种排名的数据库来实现的。然后将其注释给TFS的主题以及具有高归一化富集评分（NES）的基序。最后，对于每个基序和基因组，RCISTARGET预测了候选靶基因（即基因组中排名最高的基因的基因）。
作者：Sara Aibar，Gert Hulselmans，Stein Aerts。计算生物学实验室。VIB-KU鲁汶大脑与疾病研究中心。比利时鲁汶
维护者：sara aibar
引用（从r内，输入引用（“ rcistarget”））：
安装
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文档
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| html | R脚本 | rcistArget：转录因子结合基序富集 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 结肠管制，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，图案，，，，软件，，，，转录，，，，转录组学 |
| 版本 | 1.0.2 |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | R（> = 3.4） |
| 进口 | Aucell（> = 1.1.6），生物基因，，，，Data.Table，，，，羽毛，图形，gseabase， 方法，r.utils，统计总结性特征，UTILS |
| 链接 | |
| 建议 | 生物酶，，，，生物使用，，，，生物比较，，，，多帕尔，，，，DT，，，，foreach，，，，Igraph，，，，尼特，，，，rcistarget.hg19.motifdbs.cisbponly.500bp，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，Visnetwork |
| 系统要求 | |
| 增强 | DOMC，，，，Dorng，，，，动物园 |
| URL | http://scenic.aertslab.org |
| BugReports | https://github.com/aertslab/rcistarget/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | rcistarget_1.0.2.tar.gz |
| Windows二进制 | rcistarget_1.0.2.2.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | rcistarget_1.0.2.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rcistarget |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/rcistarget |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/rcistarget/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
