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RiboProfiling
DOI:10.18129 / B9.bioc.RiboProfiling
这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RiboProfiling。
核糖体分析数据分析:从BAM数据表示和解释
Bioconductor版本:3.7
BAM文件开始,这个包的质量评估提供了必要的功能,阅读起始位置校准,读取cd上的计算,3 'utr和5 'utr,策划的统计数据:对,日志叠化,密码子频率和覆盖评估,主成分分析在密码子的报道。
作者:亚历山德拉Popa
维护人员:a . Popa < alexandra.mariela。在gmail.com popa >
从内部引用(R,回车引用(“RiboProfiling”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite (“RiboProfiling”)
文档
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browseVignettes (“RiboProfiling”)
| R脚本 | 分析Ribo-Seq数据与“RiboProfiling”包 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 对齐,报道,PrincipalComponent,质量控制,RiboSeq,测序,软件 |
| 版本 | 1.10.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.2 (r - 3.2)(3年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 3.2.2)Biostrings |
| 进口 | BiocGenerics,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges,reshape2,GenomicFeatures、网格plyr,S4Vectors,GenomicAlignments,ggplot2,ggbio,Rsamtools,rtracklayer,data.table,sqldf |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,BiocStyle,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,testthat,SummarizedExperiment |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | RiboProfiling_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | RiboProfiling_1.10.0.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | RiboProfiling_1.10.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RiboProfiling |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RiboProfiling |
| 包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/RiboProfiling/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
