击杀

DOI:10.18129 / B9.bioc.SMITE

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见击杀．

整合转录组和表观基因组的显著性模块

Bioconductor版本:3.7

这个包建立在Epimods框架之上，该框架使用SpinGlass算法在Illumina Infinium 27k阵列上查找加权子网络(“模块”)，就像在iGraph包中实现的那样。我们创建了一类以基因为中心的注释，这些注释与p值、效应大小和来自任何研究人员先前统计结果的分数相关，以寻找功能模块。

作者:Neil Ari Wijetunga, Andrew Damon Johnston, John Murray Greally

维护者:Neil Ari Wijetunga ， Andrew Damon Johnston

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“SMITE”)

文档

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PDF	R脚本	击打教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，GenomeAnnotation，网络，NetworkEnrichment，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(2.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.3)，GenomicRanges
进口	尺度，plyr，Hmisc，AnnotationDbi，org.Hs.eg.db，ggplot2，reactome.db，KEGG.db，生命网络，goseq、方法、IRanges，igraph，Biobase、工具、S4Vectors，geneLenDataBase， grDevices，图形，统计，utils
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/GreallyLab/SMITE
BugReports	https://github.com/GreallyLab/SMITE/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	SMITE_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	SMITE_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SMITE_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SMITE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SMITE
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SMITE/
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