SparseSignatures

DOI:10.18129 / B9.bioc.SparseSignatures

这个包是3.7版本的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见SparseSignatures．

SparseSignatures

Bioconductor版本:3.7

基因组中发生的点突变可根据发生突变的碱基、发生突变的碱基及其两个侧翼碱基分为96类。因此，对于任何患者，都可以将该患者肿瘤中发生的所有点突变表示为长度为96的向量，其中每个元素表示该患者中给定类别的突变计数。突变特征表示由细胞内的诱变剂或诱变过程产生的突变模式。每个特征也可以由长度为96的向量表示，其中每个元素表示该特定诱变过程产生上述96个类别的突变的概率。在这个R包中，我们提供了一组函数来提取和可视化最能解释大量患者突变计数的突变签名。

作者:Daniele Ramazzotti [cre, aut]， Avantika Lal [aut]， Keli Liu [ctb]， Luca De Sano [ctb]， Robert Tibshirani [ctb]， Arend Sidow [aut]

维护者:Luca De Sano

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite(" sparsessignatures ")

文档

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PDF	R脚本	SparseSignatures
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，软件，SomaticMutation
版本	1．0．3
许可证	文件许可
取决于	R (>= 3.5)，NMF
进口	nnlasso，nnls平行,data.table，Biostrings，GenomicRanges，IRanges，BSgenome，BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5，GenomeInfoDb，ggplot2，gridExtra
链接
建议	BiocGenerics，BiocStyle，testthat，knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/danro9685/SparseSignatures
BugReports	https://github.com/danro9685/SparseSignatures
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	SparseSignatures_1.0.3.tar.gz
Windows二进制	SparseSignatures_1.0.3.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SparseSignatures_1.0.3.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/SparseSignatures
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/SparseSignatures
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SparseSignatures/
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