该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅蜘蛛网。
生物导体版本:3.7
Spidermir的目的是:i)促进网络从GeneMania数据中从GeneMania数据中检索网络,ii)使用适当的基因命名法制备数据,iii)在特定网络中将miRNA数据整合到特定网络中,iv)提供不同的标准分析和V)允许用户可视化结果。更详细地,该软件包提供了多种查询,准备和下载网络数据(GeneMania)的方法,并与经过验证和预测的miRNA数据集成(Mirwalk,Mirwalk,Mir2Disease,Mirtar,Mirtar,Mirtarbase,Mirandola,Mirandola,Pharmaco-Mir,Diana,Diana,Miranda,Miranda,Pictar,Pictar和TargetScan)以及标准分析(IGRAPH)和可视化方法(NetworkD3)的使用。
作者:Claudia Cava,Antonio Colaprico,Alex Graudenzi,Gloria Bertoli,Tiago C. C. C. Silva,Catharina Olsen,Houtan Noushmehr,Gianluca Bontempi,Giancarlo Mauri,Isabella Castiglioniiii castiglioniii
维护者:claudia cava
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Browsevignettes(“蜘蛛网”)
R脚本 | 蜘蛛网示例 | |
html | R脚本 | 使用蜘蛛包装 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 结肠管制,,,,网络,,,,软件,,,,mirna |
版本 | 1.10.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.3(R-3.3)(2。5年) |
执照 | GPL(> = 3) |
要看 | R(> = 3.0.0) |
进口 | NetworkD3,,,,httr,,,,Igraph,utils,统计,tcgabiolinks,,,,mirnatap,,,,mirnatap.db,,,,AnnotationDbi,,,,org.hs.eg.db,,,,GGPLOT2,,,,栅格,,,,GPLOTS,grdevices,格子,,,,LatticeExtra,,,,Visnetwork,,,,gdata |
链接 | |
建议 | 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,DevTools,,,,roxygen2 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/claudiacava/spidermir |
BugReports | https://github.com/claudiacava/spidermir/issues |
取决于我 | |
进口我 | Starbiotrek |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | spidermir_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | spidermir_1.10.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | spidermir_1.10.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spidermir |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/蜘蛛网 |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/spidermir/ |
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