TFHAZ

doi:10.18129/b9.bioc.tfhaz

该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅TFHAZ

转录因子高积累区

生物导体版本:3.7

它发现trascription因子(TF)高积累DNA区,即沿着基因组的区域,在那里存在不同的转录因子。从包含TF结合区域基因组位置的数据集开始,对于所选染色体的每个碱基,计算TFS的积累。可以使用三种不同类型的积累(TF,区域和基础积累),以及在单个基础积累计算中考虑的可能性,不仅在该单个基础中,而且在其附近,在其附近,在其附近,在其窗口中存在给定的宽度。可以使用两种不同的方法来搜索TF高积累DNA区,称为“结合区域”和“重叠”。另外,提供了一些功能,以分析,可视化和比较使用不同的输入参数获得的结果。

作者:Marco Masseroli的Alberto Marchesi

维护者:gmail.com上的Alberto Marchesi

引用(从r内,输入引用(“ TFHAZ”)):

安装

要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ tfhaz”)

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ TFHAZ”)

html R脚本 TFHAZ
PDF 参考手册

细节

生物浏览 生物问题,,,,chipseq,,,,覆盖范围,,,,软件,,,,转录
版本 1.2.0
执照 艺术2.0
要看 R(> = 3.4)
进口 基因组机,,,,S4VECTORS,grdevices,图形,统计,utils,iranges, 方法
链接
建议 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 tfhaz_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 tfhaz_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) tfhaz_1.2.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tfhaz
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/tfhaz
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/tfhaz/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • Bioc-devel邮件列表 - 包装开发人员2021欧洲杯体育投注开户