该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅TFHAZ。
生物导体版本:3.7
它发现trascription因子(TF)高积累DNA区,即沿着基因组的区域,在那里存在不同的转录因子。从包含TF结合区域基因组位置的数据集开始,对于所选染色体的每个碱基,计算TFS的积累。可以使用三种不同类型的积累(TF,区域和基础积累),以及在单个基础积累计算中考虑的可能性,不仅在该单个基础中,而且在其附近,在其附近,在其附近,在其窗口中存在给定的宽度。可以使用两种不同的方法来搜索TF高积累DNA区,称为“结合区域”和“重叠”。另外,提供了一些功能,以分析,可视化和比较使用不同的输入参数获得的结果。
作者:Marco Masseroli的Alberto Marchesi
维护者:gmail.com上的Alberto Marchesi
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html | R脚本 | TFHAZ |
参考手册 |
生物浏览 | 生物问题,,,,chipseq,,,,覆盖范围,,,,软件,,,,转录 |
版本 | 1.2.0 |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | R(> = 3.4) |
进口 | 基因组机,,,,S4VECTORS,grdevices,图形,统计,utils,iranges, 方法 |
链接 | |
建议 | 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
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建议我 | |
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构建报告 |
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源包 | tfhaz_1.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | tfhaz_1.2.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | tfhaz_1.2.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tfhaz |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/tfhaz |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/tfhaz/ |
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