杂交

doi:10.18129/b9.bioc.crossmeta

该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅杂交

微阵列数据的跨平台荟萃分析

生物导体版本:3.7

实施Affymentrix,Illumina和Agilent微阵列数据的跨平台和跨物种荟萃分析。该软件包可以自动执行常见任务,例如下载,正常化和注释RAW GEO数据。然后,用户选择控制和治疗样本,以便对所有比较进行差分表达/途径分析。分别分析每个对比度后,用户可以为每个对比度选择组织源,并指定应为后续荟萃分析分组的任何组织源。最后,效应大小和途径荟萃分析可以进行,并以图形方式探索了结果。

作者:亚历克斯·皮克林

维护者:Alex Pickering

引用(从r内,输入引用(“ Crossmeta”)):

安装

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文本 执照

细节

生物浏览 注解,,,,批处理效应,,,,差异性,,,,GUI,,,,基因表达,,,,微阵列,,,,Onechannel,,,,预处理,,,,软件,,,,组织血液阵列,,,,转录
版本 1.6.0
在生物导体中 Bioc 3.4(R-3.3)(2年)
执照 麻省理工学院 +文件许可证
依靠 R(> = 3.3)
进口 副词(> = 1.52.0),affxparser(> = 1.46.0),AnnotationDbi(> = 1.36.2),生物酶(> = 2.34.0),生物基因(> = 0.20.0),Biocinstaller(> = 1.24.0),CCMAP,,,,DT(> = 0.2),Data.Table(> = 1.10.4),多帕尔(> = 1.0.10),Dorng(> = 1.6),fdrtool(> = 1.2.15),foreach(> = 1.4.3),GGPLOT2(> = 2.2.1),地球(> = 2.40.0),林玛(> = 3.30.13),矩阵(> = 0.51.0),(> = 3.1.2),代码(> = 0.8),miniui(> = 0.1.1),奥利戈(> = 1.38.0),潘德(> = 0.6.0),情节(> = 4.5.6),重塑(> = 0.8.6),rcolorbrewer(> = 1.1.2),rdrop2(> = 0.7.0),Stringr(> = 1.2.0),SVA(> = 3.22.0),闪亮的(> = 1.0.0),Stats(> = 3.3.3)
链接
建议 尼特,,,,rmarkDown,,,,Lydata,,,,org.hs.eg.db,,,,测试,,,,CCDATA
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我 CCMAP
链接到我
构建报告

包装档案

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源包 crossmeta_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 crossmeta_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) crossmeta_1.6.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crossmeta
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/crossmeta
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/crossmeta/
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