dada2

DOI:10.18129 / B9.bioc.dada2

此包适用于Bioconductor的3.7版本;有关稳定的最新发布版本，请参见dada2．

从扩增子测序数据进行精确、高分辨率的样本推断

Bioconductor版本:3.7

dada2包从高通量扩增子测序数据中推断出精确的扩增子序列变体(ASVs)，取代了更粗糙、更不准确的OTU聚类方法。dada2管道以解复用的fastq文件作为输入，并在去除替换和嵌合体错误后输出序列变体及其样本丰度。分类学分类可通过RDP朴素贝叶斯分类器的本机实现实现，并通过精确匹配进行属-种分配。

作者:Benjamin Callahan < Benjamin .j。卡拉汉在gmail.com >，Paul McMurdie, Susan Holmes

维护者:Benjamin Callahan < Benjamin .j。卡拉汉在gmail.com >

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("dada2")

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超文本标记语言	R脚本	介绍dada2
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细节

biocViews	分类，宏基因组，微生物组，测序，软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(2.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = 3.2.0),Rcpp(>= 0.11.2)， methods (>= 3.2.0)
进口	Biostrings(> = 2.42.1),ggplot2(> =魅惑,data.table(> = 1.9.4),reshape2(> = 1.4.1),ShortRead(> = 1.32.0),RcppParallel(>= 4.3.0)，平行(>= 3.2.0)，IRanges(> = 2.6.0),XVector(> = 0.16.0),BiocGenerics(> = 0.22.0)
链接	Rcpp，RcppParallel
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	http://benjjneb.github.io/dada2/
BugReports	https://github.com/benjjneb/dada2/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	dada2_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	dada2_1.8.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	dada2_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dada2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ dada2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/dada2/
包下载报告	下载数据