esatac
doi：10.18129/b9.bioc.satac
该包适用于生物导体的3.7版；对于稳定的最新版本，请参阅esatac。
易于使用的ATACSEQ数据分析的系统管道
生物导体版本：3.7
该软件包提供了一个框架和完整的预设管道，用于量化和分析ATAC-Seq读取。它涵盖了原始测序读取预处理（FASTQ文件），读取对齐（rbowtie2），对齐读取文件操作（SAM，BAM和BED文件），峰值调用（F-SEQ）（F-SEQ），基因组注释（主题，GO，SNP分析）和质量控制报告。该软件包由数据流图管理。用户很容易在过程之间无缝传递变量并了解工作流程。用户可以通过端到端预设管道处理FASTQ文件，该管道可生产出漂亮的HTML报告，以进行质量控制和初步统计结果，或自定义从任何具有ESATAC功能的中间阶段开始的工作流程。
作者：Zheng Wei，Wei Zhang，Huan Fang，Yanda Li，Xiaowo Wang
维护者：zheng wei
引用（从r内，输入引用（“ esatac”））：
安装
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##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”）bioclite（“ esatac”）
文档
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| html | R脚本 | ESATAC简介 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | Atacseq，，，，结盟，，，，覆盖范围，，，，dnaseq，，，，DNASESEQ，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.2.3 |
| 执照 | GPL-3 |文件许可证 |
| 要看 | r（> = 3.5），rsamtools，，，，基因组机，，，，Shortread |
| 进口 | RCPP（> = 0.12.11），方法，尼特，，，，rbowtie2，，，，rtracklayer，，，，GGPLOT2，，，，生物弦，，，，Chipseeker，，，，clusterProfiler，，，，Igraph，，，，rjava，，，，雕刻，，，，马格里特，，，，消化，，，，BSGENOME，，，，AnnotationDbi，，，，GenomicFeatures，，，，r.utils，，，，GenomeInfodB，，，，生物基因，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，rmarkDown， 工具，Venndiagram， 网格，Jaspar2016，，，，TFBSTOOLS，grdevices，图形，统计，utils，并行，Corrplot，，，，Biocinstaller，，，，MotifMatchr |
| 链接 | RCPP |
| 建议 | bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，org.hs.eg.db，，，，diagrammersvg，，，，测试，，，，Webshot |
| 系统要求 | C ++ 11 |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/wzthu/esatac |
| BugReports | https://github.com/wzthu/esatac/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | esatac_1.2.3.3.tar.gz |
| Windows二进制 | esatac_1.2.3.3.zip（仅64位） |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | esatac_1.2.3.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/esatac |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/esatac |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/esatac/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
