fastseg

DOI:10.18129 / B9.bioc.fastseg

此包适用于Bioconductor的3.7版本;有关稳定的最新发布版本，请参见fastseg．

Fastseg -一种快速分割算法

Bioconductor版本:3.7

Fastseg实现了一个非常快速和有效的分割算法。它具有与DNACopy类似的功能(Olshen和Venkatraman 2004)，但速度更快，更灵活。fastseg可以分割来自DNA微阵列的数据和来自下一代测序的数据，例如检测拷贝数段。此外，它还可以从RNA微阵列(如平铺阵列)中分割数据，以识别转录本。通常，它可以分割矩阵或向量形式的数据。各种数据格式可以用作输入，用于微阵列的fastseg类表达式集对象或用于数据排序的grange。fastseg的分割标准是基于贝叶斯框架下的统计检验，即网络t检验(Baldi 2001)。加速产生于以下事实:快速分割不需要采样，并且使用动态规划方法计算段的一阶和高阶矩。

作者:Guenter Klambauer

维护人员:Guenter Klambauer

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("fastseg")

文档

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browseVignettes(“fastseg”)

PDF	R脚本	fastseg: R包的手册
PDF		参考手册

细节

biocViews	分类，CopyNumberVariation，软件
版本	1.26.0
在Bioconductor公司	BioC 2.9 (R-2.14)(7年)
许可证	LGPL (>= 2.0)
取决于	R (>= 2.13)，GenomicRanges，Biobase
进口	方法，图形，数据，BiocGenerics，S4Vectors，IRanges
链接
建议	DNAcopy，益生元
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/fastseg/fastseg.html
全靠我
进口我	methylKit
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	fastseg_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	fastseg_1.26.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	fastseg_1.26.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fastseg
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/fastseg
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/fastseg/
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