该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅gcmapweb。
生物导体版本:3.7
GCMAPWEB R软件包提供了GCMAP软件包的图形用户界面。GCMAPWEB使用ROOK软件包,可以在本地计算机上使用,利用R的内部Web服务器,也可以在专用的Rapache Web服务器安装上运行。GCMAPWEB允许用户搜索自己的数据源和说明,以在包装中包括公共存储库中的参考数据集。该软件包支持三种常见的分析类型,特别是具有1的查询。一组或两组查询基因标识符,其成员有望在一致的方向上显示基因表达的变化。例如,上调的基因集可能包含由转录因子激活的基因,转录因子是一个被相同因子抑制的下调基因组靶标。2.一组查询基因标识符,其成员应显示出不同的差异表达(非方向查询)。例如,特定信号通路的成员,其中一些可能会响应刺激而下调。3.与差分表达分析实验的完整结果的查询。例如,来自先前的扰动实验的基因识别符和z得分。GCMAPWEB接受三种类型的标识符:Intreid,基因符号和微阵列探针ID,可以配置为与生物导体支持的任何物种一起工作。 For each query submission, significantly similar reference datasets will be identified and reported in graphical and tabular form.
作者:托马斯·桑德曼
维护者:thomas Sandmann
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##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ gcmapweb”)
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browsevignettes(“ gcmapweb”)
R脚本 | GCMAPWEB配置 | |
R脚本 | 重新创建广泛的连接图V1 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 差异性,,,,GUI,,,,基因表达,,,,基因烯,,,,微阵列,,,,软件,,,,转录,,,,可视化 |
版本 | 1.20.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.12(R-3.0)(5。5年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | 生物酶,,,,GCMAP(> = 1.3.0),方法,r(> = 3.4),,车 |
进口 | 酿造,,,,生物基因,,,,注释,,,,AnnotationDbi,图形,grdevices,gseabase,,,,HWRITER,并行,统计,utils,Yaml |
链接 | |
建议 | 副词,,,,ArrayExpress,,,,hgfocus.db,,,,HGU133A.DB,,,,mgug4104a.db,,,,org.hs.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,运行 |
系统要求 | |
增强 | BigMemory,,,,BigMemoryExtras |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | gcmapweb_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | gcmapweb_1.20.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gcmapweb |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/gcmapweb |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/gcmapweb/ |
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