gcmapweb

doi:10.18129/b9.bioc.gcmapweb

该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅gcmapweb

基因元素富集分析的网络界面

生物导体版本:3.7

GCMAPWEB R软件包提供了GCMAP软件包的图形用户界面。GCMAPWEB使用ROOK软件包,可以在本地计算机上使用,利用R的内部Web服务器,也可以在专用的Rapache Web服务器安装上运行。GCMAPWEB允许用户搜索自己的数据源和说明,以在包装中包括公共存储库中的参考数据集。该软件包支持三种常见的分析类型,特别是具有1的查询。一组或两组查询基因标识符,其成员有望在一致的方向上显示基因表达的变化。例如,上调的基因集可能包含由转录因子激活的基因,转录因子是一个被相同因子抑制的下调基因组靶标。2.一组查询基因标识符,其成员应显示出不同的差异表达(非方向查询)。例如,特定信号通路的成员,其中一些可能会响应刺激而下调。3.与差分表达分析实验的完整结果的查询。例如,来自先前的扰动实验的基因识别符和z得分。GCMAPWEB接受三种类型的标识符:Intreid,基因符号和微阵列探针ID,可以配置为与生物导体支持的任何物种一起工作。 For each query submission, significantly similar reference datasets will be identified and reported in graphical and tabular form.

作者:托马斯·桑德曼

维护者:thomas Sandmann

引用(从r内,输入引用(“ gcmapweb”)):

安装

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##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ gcmapweb”)

文档

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PDF R脚本 GCMAPWEB配置
PDF R脚本 重新创建广泛的连接图V1
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 差异性,,,,GUI,,,,基因表达,,,,基因烯,,,,微阵列,,,,软件,,,,转录,,,,可视化
版本 1.20.0
在生物导体中 Bioc 2.12(R-3.0)(5。5年)
执照 艺术2.0
要看 生物酶,,,,GCMAP(> = 1.3.0),方法,r(> = 3.4),,
进口 酿造,,,,生物基因,,,,注释,,,,AnnotationDbi,图形,grdevices,gseabase,,,,HWRITER,并行,统计,utils,Yaml
链接
建议 副词,,,,ArrayExpress,,,,hgfocus.db,,,,HGU133A.DB,,,,mgug4104a.db,,,,org.hs.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,运行
系统要求
增强 BigMemory,,,,BigMemoryExtras
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 gcmapweb_1.20.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(El Capitan) gcmapweb_1.20.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gcmapweb
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/gcmapweb
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/gcmapweb/
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