minfi

DOI:10.18129 / B9.bioc.minfi

这个包是3.7版本的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本,请参见minfi

分析Illumina Infinium DNA甲基化阵列

Bioconductor版本:3.7

分析和可视化Illumina Infinium甲基化阵列的工具。

作者:卡斯珀·丹尼尔·汉森[cre, aut],马丁·阿耶[aut],拉斐尔·a·伊里扎里[aut],安德鲁·e·贾菲[ctb],约瓦娜·马克西莫维奇[ctb],安德烈斯·豪斯曼[ctb],让-菲利普·福廷[ctb],蒂姆·特里谢[ctb],山·v·安德鲁斯[ctb],彼得·f·希基[ctb]

维护者:Kasper Daniel Hansen

引用(来自R,输入引用(“minfi”)):

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超文本标记语言 R脚本 minfi用户指南
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文本 新闻

细节

biocViews DNAMethylationDataImportDifferentialMethylation表观遗传学MethylationArray微阵列多通道归一化预处理质量控制软件TwoChannel
版本 1.26.2
在Bioconductor中 BioC 2.9 (R-2.14)(7年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 方法,BiocGenerics(> = 0.15.3),GenomicRangesSummarizedExperiment(> = 1.1.6),Biostringsbumphunter(> = 1.1.9)
进口 S4VectorsGenomeInfoDbBiobase(> = 2.33.2),IRangesbeanplotRColorBrewer晶格nor1mixsiggeneslimmapreprocessCoreilluminaioDelayedMatrixStatsmclustgenefilternlme重塑质量quadprogdata.tableGEOquery、stats、grDevices、graphics、utils、DelayedArray(> = 0.5.23),HDF5ArrayBiocParallel
链接
建议 IlluminaHumanMethylation450kmanifest(> = 0.2.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19(> = 0.2.1),minfiData(> = 0.18.0),minfiDataEPICFlowSorted.Blood.450k(> = 1.0.1),RUnit消化BiocStyleknitrrmarkdown、工具
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/hansenlab/minfi
BugReports https://github.com/hansenlab/minfi/issues
这取决于我 bigmelon冠军conumeeDMRcateENmixFlowSorted.Blood.450kFlowSorted.CordBlood.450kFlowSorted.CordBloodNorway.450kFlowSorted.DLPFC.450kIlluminaHumanMethylation27kanno.ilmn12.hg19IlluminaHumanMethylation27kmanifestIlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19IlluminaHumanMethylation450kmanifestIlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b3.hg19IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19IlluminaHumanMethylationEPICmanifestmethylationArrayAnalysismethylumimethyvimDataminfiDataminfiDataEPICREMPshinyMethyl
进口我 funtooNormMethylAidmethylumimethyvimmissMethylquantroskewrTCGAbiolinksGUI
建议我 brgedata哈曼MultiDataSetRnBeads
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包 minfi_1.26.2.tar.gz
Windows二进制 minfi_1.26.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) minfi_1.26.2.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/minfi
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/minfi
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/minfi/
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