msa

DOI:10.18129 / B9.bioc.msa

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见msa．

多序列比对

Bioconductor版本:3.7

“msa”包为多个序列比对算法ClustalW、ClustalOmega和Muscle提供了统一的R/Bioconductor接口。所有三种算法都集成在包中，因此，它们不依赖于任何外部软件工具，可用于所有主要平台。多个序列对齐算法由一个使用LaTeX包TeXshade的漂亮打印多个序列对齐的函数补充。

作者:Enrico Bonatesta, Christoph Horejs-Kainrath, Ulrich Bodenhofer

维护者:Ulrich Bodenhofer < Bodenhofer at bioinf.jku.at>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“msa”)

文档

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browseVignettes (msa)

PDF	R脚本	msa -一个多序列比对的R包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,MultipleComparison,MultipleSequenceAlignment,测序,软件
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(3.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(>= 3.1.0)，方法，Biostrings(> = 2.40.0)
进口	Rcpp(> = 0.11.1),BiocGenerics,IRanges(> = 1.20.0),S4Vectors、工具
链接	Rcpp
建议	Biobase,knitr,seqinr,猿,phangorn
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/msa/
全靠我
进口我	LymphoSeq,odseq
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	msa_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	msa_1.12.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	msa_1.12.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msa
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/msa
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/msa/
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