mzR

DOI:10.18129 / B9.bioc.mzR

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见mzR．

解析器用于netCDF, mzXML, mzData和mzML和mzIdentML文件(质谱数据)

Bioconductor版本:3.7

mzR为质谱数据的通用文件格式和解析器提供了统一的API。它附带了ISB随机访问解析器的包装，用于质谱mzXML, mzData和mzML文件。这个包包含ISB编写的原始代码，以及用于mzML和mzIdentML的proteowizard库的一个子集。netCDF读取代码以前在XCMS中使用过。

作者:Bernd Fischer, Steffen Neumann, Laurent Gatto, Qiang Kou, Johannes Rainer

维护者:Steffen Neumann ， Laurent Gatto ， Qiang Kou

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“mzR”)

文档

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超文本标记语言	R脚本	获取原始质谱分析和鉴定数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，基础设施，MassSpectrometry，代谢组学，蛋白质组学，软件
版本	2.14.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Rcpp(>= 0.10.1)，方法，utils
进口	Biobase，BiocGenerics(> = 0.13.6),ProtGenerics(> = 1.9.1)
链接	Rcpp，zlibbioc，Rhdf5lib(> = 1.1.4)
建议	msdata(> = 0.15.1),RUnit，mzID，BiocStyle(> = 2.5.19),knitr，XML
SystemRequirements	c++ 11, GNU制作，NetCDF
增强了
URL	https://github.com/sneumann/mzR/
BugReports	https://github.com/sneumann/mzR/issues/
全靠我	MSGFgui，MSnbase，蛋白质组学
进口我	MSnID，msPurity，Pbase，ProteomicsAnnotationHubData，RMassBank，SIMAT，topdownr，xcms，山药
建议我	AnnotationHub，msdata，qcmetrics，RforProteomics
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	mzR_2.14.0.tar.gz
Windows二进制	mzR_2.14.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	mzR_2.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mzR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/mzR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/mzR/
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