该包适用于生物导体的3.7版;对于稳定的最新版本,请参阅NetSmooth。
生物导体版本:3.7
NetSmooth是用于网络平滑单细胞RNA测序数据的R软件包。NetSmooth使用诸如蛋白质 - 蛋白质相互作用的生物网络作为基因共表达的先验,从而改善了噪音,稀疏的SCRNASEQ数据的细胞类型识别。
作者:Jonathan Ronen [AUT,CRE],Altuna Akalin [AUT]
维护者:jonathan ronen
引用(从r内,输入引用(“ NetSmooth”)
):
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##尝试http://如果不支持https:// URL(“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”)bioclite(“ netsmooth”)
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html | R脚本 | NetSmooth示例 |
html | R脚本 | NetSmooth示例 |
参考手册 |
生物浏览 | 聚类,,,,维度,,,,基因表达,,,,GraphandNetwork,,,,网络,,,,正常化,,,,预处理,,,,rnaseq,,,,测序,,,,Singlecell,,,,软件,,,,转录组学 |
版本 | 1.0.2 |
执照 | GPL-3 |
要看 | r(> = 3.5),评分(> = 1.7.11),簇发酵(> = 1.99.1) |
进口 | 熵,,,,总结性特征,,,,Singlecellexperiment,,,,矩阵,,,,簇,,,,Data.Table,统计,方法 |
链接 | |
建议 | 尼特,,,,测试,,,,RTSNE,,,,Biomart,,,,Igraph,,,,StringDB,,,,NMI,,,,pheatmap,,,,GGPLOT2,,,,生物使用,,,,rmarkDown,,,,生物比较 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/bimsbbioinfo/netsmooth |
BugReports | https://github.com/bimsbbioinfo/netsmooth/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | netsmooth_1.0.2.2.tar.gz |
Windows二进制 | netsmooth_1.0.2.2.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | netsmooth_1.0.2.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netsmooth |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/netsmooth |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/netsmooth/ |
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