ramwas

DOI:10.18129 / B9.bioc.ramwas

这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ramwas。

快Methylome-Wide协会研究管道浓缩平台

Bioconductor版本:3.7

methylome-wide协会研究一个完整的工具集(mwa)。它是专门为数据浓缩甲基化分析为基础,但也可以应用于其他数据。分析管道包括七个步骤:(1)扫描一致从BAM读取文件,(2)计算的质量控制措施,(3)建立甲基化分数(覆盖率)矩阵,(4)主成分分析用于捕获批处理效果和检测的异常值,(5)关联分析对表型的利益而纠正顶级pc和协变量,(6)注释的重大发现,和(7)multi-marker分析使用弹性网(甲基化风险评分)。此外,RaMWAS包括methlyation和基因型数据的联合分析的工具。这项工作发表在生物信息学,Shabalin et al。(2018) 。

作者:安德烈Shabalin (aut (cre) (< https://orcid.org/0000 - 0003 - 0309 - 6821 >), Shaunna L克拉克(aut),穆罕默德·W Hattab (aut),卡罗丽娜一Aberg (aut),埃德温·J C G van den Oord (aut)

维护人员:安德烈Shabalin <安德烈。在gmail.com shabalin >

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HTML R脚本 1。概述
HTML R脚本 2。CpG集
HTML R脚本 3所示。BAM质量控制措施
HTML R脚本 4所示。甲基化和基因型数据的联合分析
HTML R脚本 5。分析来自其他来源的数据
HTML R脚本 6。RaMWAS参数
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BatchEffect,报道,DNAMethylation,DifferentialMethylation,归一化,预处理,PrincipalComponent,质量控制,测序,软件,可视化
版本 1.4.0
Bioconductor自 BioC 3.5 (r - 3.4)(1.5年)
许可证 LGPL-3
取决于 R(> = 3.3.0)、方法filematrix
进口 图形、统计、跑龙套,消化,glmnet,KernSmoothgrDevices,GenomicAlignments,Rsamtools平行,biomaRt,Biostrings,BiocGenerics
链接
建议 knitr,rmarkdown,老鸨,BiocStyle,BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805
SystemRequirements
增强了
URL //www.andersvercelli.com/packages/ramwas/
BugReports https://github.com/andreyshabalin/ramwas/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包 ramwas_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 ramwas_1.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) ramwas_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ramwas
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ramwas
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/ramwas/
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