辛克尔

doi：10.18129/b9.bioc.sincell

该包适用于生物导体的3.7版；对于稳定的最新版本，请参阅辛克尔。

R包装单细胞RNA-seq数据的细胞状态层次结构的统计评估包装

生物导体版本：3.7

细胞分化过程是通过单细胞RNA SEQ捕获的层次中间细胞群的连续体实现的。在由I）评估单元数据的一般工作流程中正式化了评估单细胞数据的细胞状态层次结构的现有计算方法，以评估单元间相似性（合并或不结合降低维度降低步骤），而II）图形构建算法（可选地利用单元格的步骤）。Sincell R软件包实现了一种方法学工具箱，允许在此类框架下灵活的工作流程。此外，Sincell为提供统计支持的细胞态层次结构提供了新的算法，同时考虑了单细胞RNA SEQ中的随机因子。提供图形表示和功能关联测试以解释层次结构。

作者：Miguel Julia ，Amalio telenti ，Antonio Rausell

维护者：Miguel Julia ，Antonio Rausell

安装

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文档

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PDF	R脚本	SINCELL：单细胞RNA-Seq的细胞态层次结构的分析
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文本		消息

细节

生物浏览	生物医学信息学，，，，细胞生物学，，，，聚类，，，，功能基因组学，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，GraphandNetwork，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，系统生物学，，，，可视化
版本	1.12.0
在生物导体中	Bioc 3.1（R-3.2）（3.5岁）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.0.2），Igraph
进口	RCPP（> = 0.11.2），熵，，，，STACTPLOT3D，，，，大量的，，，，TSP，，，，GGPLOT2，，，，RESHAPE2，，，，字段，，，，代理人， 平行，RTSNE，，，，Fastica，，，，簇，，，，Statmod
链接	RCPP
建议	生物使用，，，，尼特，，，，Biomart，，，，Stringr，，，，单片
系统要求
增强
URL	//www.andersvercelli.com/
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	sincell_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	sincell_1.12.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	sincell_1.12.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sincell
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/sincell
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/sincell/
软件包下载报告	下载统计