twoddpcr

DOI:10.18129 / B9.bioc.twoddpcr

此包适用于Bioconductor的3.7版本;有关稳定的最新发布版本，请参见twoddpcr．

对二维液滴数字PCR (ddPCR)数据进行分类，量化起始分子数量

Bioconductor版本:3.7

twoddpcr软件包从Bio-Rad公司的QuantaSoft获取液滴数字PCR (ddPCR)液滴振幅数据，并可以对液滴进行分类。可以生成正/负液滴计数的摘要，然后可以使用泊松分布来估计分子数量。这是第一个开源包，它促进了一般双通道ddPCR数据的自动分类。之前的工作包括“definetherain”(Jones等人，2014年)和“ddpcRquant”(Trypsteen等人，2015年)，它们都只处理一个通道的ddPCR实验。CRAN上提供的“ddpcr”包(Attali等人，2016)只支持对特定类别的两通道ddpcr实验的自动门控。

作者:Anthony Chiu [aut, cre]

维护者:Anthony Chiu < Anthony at achi .me>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("twoddpcr")

文档

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browseVignettes(“twoddpcr”)

超文本标记语言	R脚本	twoddpcr:用于液滴数字PCR分析的软件包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，软件，ddPCR
版本	1.4.1
Bioconductor自	BioC 3.5 (R-3.4)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4)
进口	类，ggplot2，hexbin、方法、尺度，闪亮的,统计,跑龙套,RColorBrewer，S4Vectors
链接
建议	devtools，knitr，reshape2，rmarkdown，testthat，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	http://github.com/CRUKMI-ComputationalBiology/twoddpcr/
BugReports	http://github.com/CRUKMI-ComputationalBiology/twoddpcr/issues/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	twoddpcr_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	twoddpcr_1.4.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	twoddpcr_1.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/twoddpcr
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ twoddpcr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/twoddpcr/
包下载报告	下载数据